Далее, по мере того как ташкентское руководство взяло курс на узбекизацию общественной и культурной жизни, оставаться привязанным к Узбекистану на подчиненных позициях уже не казалось столь удачным выбором. Однако изменить ситуацию было уже непросто. К тому же, создавать отдельную союзную республику в пределах границ горной автономии фактически означало, что будущее образование сохранит свое зависимое и подчиненное положение по отношению к Ташкенту. В ходе долгих споров с участием союзного руководства, где фигурировали в том числе и призывы отделить от Узбекистана Самарканд и Бухару, в 1929 году Таджикистан добился статуса союзной республики. Границы Таджикистана были расширены, однако не за счет Самарканда. В качестве компромисса в состав республики оказалась включена Ленинабадская область. Таким образом, Ленинабад, население которого было смешанным, оказался присоединен к Таджикистану скорее из экономических и культурных соображений. В составе республики должна была находиться относительно развитая промышленная область. Географически область была отделена от остального Таджикистана и уже поэтому находилась на особом положении. Со временем, однако, именно Ленинабад стал главным поставщиком кадров республиканского партийного руководства (что отчасти также объяснялось промышленным уровнем региона и относительно большим уровнем образования его населения). Разумеется, не стоит говорить о том, что власть ленинабадцев была безраздельной – для сохранения своих позиций и стабильного руководства республикой они должны были предлагать приемлемые условия и представителям других областей. Как обычно бывает в случае, если речь заходит о договоренностях региональных кланов, в них существовали те, кто получал наибольшие выгоды, и те, кто считал себя обделенным. Возможное нарушение равновесия почти неизбежно должно было привести к борьбе между разными региональными силами за пересмотр прежних порядков.

Традиционно ленинабадскому (ходжентскому) клану необходимо было поддерживать союзнические отношения с кланом Гиссарской долины, где располагалась столица Таджикистана Душанбе. Однако условием такого союза было подчиненное положение гиссарцев (что потенциально могло побуждать их на то, чтобы добиваться более выгодных условий альянса). В роли отодвинутых от политических и экономических рычагов чувствовали себя представители Гармских районов на востоке Таджикистана. Этот относительно удаленный от центра регион был мало затронут индустриализацией и в советское время считался одним из оплотов традиционного ислама в Таджикистане (в нем, в частности, было довольно много неофициальных мечетей – обычно они существовали под видом чайхан, куда в определенные дни по вечерам приходили "свои" люди для молитвы и изучения ислама). Также на большее представительство в республиканских структурах активно претендовали памирцы, жители Горно-Бадахшанской области, наиболее удаленного и отсталого региона Таджикистана. Как ни странно, именно среди выходцев из этой области наблюдался наивысший процент лиц с высшим образованием. Учеба оказывалась одним из немногих доступных бадахшанцам социальных лифтов. При этом практически никто из получивших диплом не стремился вернуться в Бадахшан. Так в Душанбе образовывалась особая прослойка памирской интеллигенции (впрочем, следует учитывать и то, что на огромной территории Горного Бадахшана проживало и проживает около 3 % населения Таджикистана).

Кулябский регион (в настоящее время – Кулябская зона Хатлонской области) на юге Таджикистана долгое время пребывал вне серьезной борьбы кланов. Представители этого аграрного хлопководческого региона не претендовали на серьезные позиции во властных структурах и были в целом лояльны Ленинабаду, предпочитая концентрировать влияние на региональном уровне (кулябцы были, впрочем, заметно представлены в органах безопасности, что в дальнейшем сыграет свою роль в событиях гражданской войны).

Особое место занимал Курган-Тюбинский регион (сейчас также часть Хатлонской области). Вахшская долина, расположенная в этом регионе, была достаточно пестра по этническому составу (там проживало немало узбеков и представителей локальных тюркских народностей). Область также была важным центром миграционных потоков, направляемых в регион советскими властями для крупных сельскохозяйственных и индустриальных проектов. В результате таджикское население области также представляло разные регионы – кулябский, гармский и памирский. Смешения между этими потоками не происходило, а интересы пересекались. Это делало регион потенциально конфликтогенным, что в полной мере проявилось в начале 1990-х.

Перестройка и последующее крушение СССР означало автоматическое ослабление Ленинабадского клана вместе с подрывом позиций республиканской компартии, которая была одним из главных ресурсов его влияния. Коммунисты, точнее, коммунистическое руководство, теперь становилось объектом узаконенной критики. А значит, следовало искать новые способы закрепления собственных позиций.

Следует отметить, что уже в середине 1980-х годов партийное руководство Таджикистана начало задумываться об уязвимости своих позиций и предпринимать маневры по выстраиванию новых договоренностей с региональной номенклатурой. Тогда с приходом на пост первого секретаря ЦК КП Таджикистана Кахора Махкамова (как и почти все его предшественники – выходца из Ленинабада) многие важные посты были перераспределены в пользу представителей Гарма и Горного Бадахшана. В частности, Госплан республики возглавил гармец Бури Каримов, а министром внутренних дел стал представитель Памира Мамадаёз Навджуванов. Однако сохранить равновесие надолго не удалось. И одной из причин неудач стало появление и активная деятельность оппозиции – теперь договоренность с региональной партийной номенклатурой не означала устранения главных угроз нестабильности. На власть и влияние стали претендовать другие общественные силы. Первым сигналом стали беспорядки в Душанбе в феврале 1990 года. Волнения в городе начались из-за слуха, связанного с другим региональным конфликтом – погромами армян в Баку в январе 1990 года. Тогда в Душанбе начали говорить, что квартиры в возводимых новостройках будут в первоочередном порядке предоставляться армянским беженцам. 11 февраля это стало поводом для многотысячного митинга у здания ЦК компартии Таджикистана. Уже к вечеру митинг перерос в уличные беспорядки с требованием отставки республиканского руководства. 13 февраля власть фактически потеряла контроль над городом, 14 февраля под давлением митингующих Кахор Махкамов и другие члены республиканского руководства подписали заявление о своей отставке. При этом в качестве возможного преемника стал называться Бури Каримов, начавший переговоры с представителями митингующих. От их лица в это время начали выступать активисты уже сформировавшихся в Таджикистане оппозиционных групп, в частности, движения "Растохез". Сложно сказать, чем бы кончились эти переговоры, однако вскоре в город были введены армейские подразделения, которые, в том числе силой оружия, подавили беспорядки. Отставка Махкамова была немедленно переиграна. Зато Бури Каримов был лишен всех постов и вынужден был покинуть Душанбе. "Растохез" в течение долгих месяцев назывался в республиканской прессе организатором беспорядков. На какое-то время ситуация стабилизировалась. Однако события августа 1991 года, нанесшие окончательный удар по позициям КПСС, не могли не привести к новому раунду борьбы за власть в Душанбе. Теперь республиканское руководство было обвинено в поддержке ГКЧП. О том, какие основания имелись для подобного обвинения, сказать сложно. Кахор Махкамов всего лишь не выступил с однозначным осуждением комитета. Однако в те дни подобное обвинение было легитимным поводом потребовать устранения той или иной не устраивающей кого-то во власти фигуры. И правило это соблюдалось на всем пространстве от Львова до Кушки.