В 1888 году Папюс вместе со своим другом Люсьеном Шамуэлем основал издательство «Библиотека чудесного» («Librarie du Merveilleux») и с 1889-го стал издавать ежемесячный журнал «Посвящение» («L’Initiation»), выходивший до 1914 года.

В 1891-м он формирует в Париже Верховный совет ордена мартинистов и становится его Великим магистром. В 1893 гаду Пагтюса одним из первых посвящают в епископы Французской гностической церкви (Eglise Gnostique de France), которая была основана в 1890 году в легендарном Лангедоке Жюлем Дуанелем с целью восстановления религии катаров. Через два года, в 1895-м, Дуанель складывает с себя полномочия примаса гностической церкви Франции и оставляет управление синоду, состоящему из трех епископов, одним из которых является Папюс. А 23 марта того же 1895 года Папюс вступает в храм Ахатор, созданный при парижском отделении гностического ордена «Золотой рассвет».

К слову сказать, Папюс никогда не принадлежал к регулярному масонству ложи «Великого Востока». Напротив, он критиковал ложу за то, что она (в отличие от «тайного христианства» гностической церкви, Каббалистического ордена розенкрейцеров и ордена мартинистов) отменила для своих членов обязательную веру в высшую сущность — Бога — и стала атеистической. Поэтому, стремясь соединить свой орден с оккультным масонством, 12 июля 1899 года Папюс был посвящен лишь в масонскую ложу Мемфиса и Мицраима, не признаваемую «ортодоксальными» масонами.

В 1907 году совместно с Луи-Софроном Фугероном, еще одним епископом гностической церкви, и Жаном Брико, членом ордена мартинистов, он основал католическую гностическую церковь (Eglise Catholique Gnostique), которая включила в себя некоторые обряды Римско-католической церкви. Год спустя она была переименована во Вселенскую гностическую церковь.

24 июня 1908 года Папюс организовал в Париже конгресс масонов и спиритуалистов, получивший название «Международной масонской конференции». На ней «доктор магии» получил от главы O.T.O. Теодора Ройсса патент на учреждение в Париже «Высшего Великого Генерального совета объединенных обрядов древнего и общедоступного масонства для Великого Востока Франции и зависимых от него стран». Очевидно, тогда же Ройсс даровал Папюсу высший административный градус, или степень, O.T.O. — Х°. В свою очередь Папюс посвятил Ройсса в епископы католической гностической церкви, что впоследствии позволило последнему включить эту церковь в систему O.T.O. В 1913 году, после смерти известного розенкрейцера Джона Иаркера, Папюс был избран его преемником в должности Великого иерофанта (международного главы; в Древнем Египте это звание присваивалось представителям высшего жреческого сословия) древних и общедоступных обрядов Мемфиса и Мицраима, что позволило ему стать Великим магистром O.T.O. и ложи Мемфиса и Мицраима во Франции.

Что касается врачебной практики, то здесь у Папюса дела шли далеко не столь блестяще и порой случались досадные осечки. История с Матильдой, на которую предписанные доктором магические амулеты не возымели никакого действия, оказалась далеко не последней. Обычно Папюс старался не думать о своих врачебных неудачах, однако история, произошедшая в 1898 году с его ближайшим другом и сподвижником Станисласом де Гюайта, произвела на него удручающее впечатление. Именно этот случай и заронил в душу доктора первые семена сомнений в собственных силах.

В один из дней 1898 года Гюайта внезапно вызвал к себе друга: он принял чересчур большую дозу кокаина, и ему становилось все хуже и хуже. При первом же взгляде на маркиза Папюс понял, что тот находится на грани смерти. Оставалось лишь уповать на помощь духов. «Вызывай же скорее! — хрипел белый, как полотно, перепуганный Станислас. — Не видишь, я сейчас испущу дух!»

Нарисовав магический круг с символами-оберегами, Папюс призвал ангелов-хранителей, но это не помогло; маркиз угасал прямо на глазах. Через два дня он умер. Поскольку Станислас сам был очень сильным черным магом и у него имелись многочисленные ученики и последователи, Папюс начал всерьез опасаться мести с их стороны. И не напрасно: однажды ночью, когда он возвращался в карете с заседания ложи, лошади, напуганные чем-то, внезапно понесли, и карета опрокинулась. Жерар был уверен, что это месть со стороны духа покойного. Но гораздо больше Папюса испугало не это, а другое: в его почтовый ящик анонимные недоброжелатели (очевидно, из числа поклонников де Гюайта) стали регулярно подкидывать письма, в которых Папюс именовался обманщиком и шарлатаном (это, однако, не помешало нашему герою занять главный пост в Каббалистическом ордене розенкрейцеров и стать тем самым последним его руководителем).

Папюс в России, или Придворный оракул. На рубеже XIX–XX веков Россия тоже не оставалась в стороне от прочего мира и была активно вовлечена в «оккультный бум», что привело к появлению множества оккультных и спиритических организаций самого различного толка, причем одной из наиболее влиятельных было мартинистское движение во главе с Верховным иерофантом — Папюсом. Нет сомнения, что мартинизм пустил глубокие корни в России при активном содействии Папюса, однако некоторые факты указывают на то, что это движение существовало там задолго до появления французского мага-врачевателя, который явился на уже подготовленную почву.

Известно, например, что мартинисты существовали в России еще в XVIII веке. К их числу принадлежали довольно влиятельные в светских кругах просветители-литераторы, такие, как Новиков, Лопухин, Шварц и другие. Кроме того, тогда же в Санкт-Петербурге в эмиграции проживал некто Жозеф де Мэстр, страстный поклонник и последователь Святого Мартина, одно время бывший учителем Чаадаева. Однако при Николае I масонство и мартинизм были явно не в фаворе и всячески изгонялись, так что говорить о наличии какой-то единой организации в те годы вряд ли уместно.

Нельзя сбрасывать со счетов и тот факт, что старший современник Папюса маркиз Жозеф Александр Сент-Ив д’Альвейдр (1842–1910), автор книги «Синархия», которого он на протяжении жизни считал своим оккультным наставником, еще до Е. П. Блаватской отстаивал идею о существовании на Востоке (предположительно, в Тибете или Гималаях) тайной подземной страны Агарты (или Шамбалы), где якобы пребывают бессмертные посвященные, незримо соучаствующие в управлении делами мира (тема, являвшаяся центральной в русском мартинизме!), был женат на русской аристократке, графине Марии Викторовне Келлер (урожденной Ризнич), активно общался с русскими же аристократами, жившими во Франции, и докучал русскому царю всякого рода мистическими посланиями. Д’Альвейдру принадлежит и пророческое сочинение «Миссия рабочих», основные положения которого явно перекликаются с идеями «Единого трудового братства», основанного в начале XX века писателем-оккультистом и гипнотизером Александром Васильевичем Барченко, куда входили такие видные представители русской интеллигенции, как Николай и Елена Рерихи, Петр Шандерович (ученик Г. Гурджиева), академик Ольденбург, скульптор Сергей Меркуров, Павел Мокиевский, заведующий отделом философии петербургского журнала «Русское богатство», и многие другие мартинисты. Поэтому все говорит за то, что в России — при содействии баронессы Керн — организация мартинистского или «синархистского» толка существовала еще до Папюса.