В течение пяти месяцев после ареста Караев не признавал себя виновным ни в чём, несмотря на то, что его жестоко избивали. Но силы и физические возможности человека небеспредельны, и 4 декабря 1937 г. Караев вынужден был оговорить себя в преступлениях, которые он не совершал, назвал «членов» антисоветской организации. На следующий день он отказался от этих показаний, в связи с чем были составлены два акта. В результате продолжавшихся избиений 8 декабря 1987 г. Караев вновь признал себя виновным, после чего его больше не допрашивали.

Дело Караева было рассмотрено Военной коллегией Верховного Суда СССР 21 апреля 1938 г. В суде Караев заявил, что на предварительном следствии он вынужден был оговорить себя. По делу фактически не установлено никаких доказательств виновности Караева в совершении вменявшихся ему преступлений. Тем не менее он был признан виновным в том, что вёл активную борьбу против советской власти. В 1929 г. якобы вошёл в состав контрреволюционной националистической организации в Азербайджане, а в 1933 г. стал одним из её руководителей. В Москве являлся членом центра и руководителем Московской группы контрреволюционной националистической организации, был инициатором совершения террористических актов в отношении руководителей партии и правительства и подготовки вооружённого восстания. Ни одного из этих преступлений Караев не совершал.

Караев приговорён к расстрелу и расстрелян. К длительному сроку лишения была осуждена его жена — Шабанова.

На процессе 1956 г. были всесторонне исследованы обстоятельства, связанные с фальсификацией так называемых «шемахинского» и «али-байрамлинского» дел. Суть их заключалась в том, что стараниями работников АзНКВД под руководством Багирова была создана легенда, подкреплённая арестами большого числа людей, согласно которой на территории Азербайджана якобы действовала широко разветвлённая сеть контрреволюционных организаций, готовивших вооружённое восстание под руководством бывшего секретаря ЦК КП/б/ Азербайджана Р. Ахундова, бывшего наркома коммунального хозяйства Г. Султанова и бывшего наркома земледелия Г.С. Везирова.

Кто они такие?

Рухулла Али оглы Ахундов родился в 1897 г. С 1917 г. являлся членом азербайджанской группы левых эсеров, и в тесном контакте с большевиками принимал участие в революционном движении в Азербайджане. В 1919 г. вступил в партию большевиков. После восстановления Советской власти в Азербайджане в 1920 г. возглавлял отдел ЦК АКП/б/, затем был секретарём Бакинского комитета партии. В 1924–1930 гг. — секретарь ЦК КП/б/ Азербайджана, с 1930 г. — секретарь Заккрайкома ВКП/б/. Был народным комиссаром просвещения АзССР и находился на научной работе. Перевёл на азербайджанский язык сочинения К. Маркса, Ф. Энгельса, В.И. Ленина. Имел научные труды по истории, литературе, искусству.

В судебных заседаниях Багиров характеризовал Ахундова как глубоко партийного человека, наиболее подготовленного партийного руководителя. В то же время, сославшись на то, что верил Сумбатову, возглавлявшему НКВД Азербайджана, не мог спасти Ахундова, на которого было «получено много прямых показаний арестованных». В этой связи, по меньшей мере наивно прозвучит вопрос: «Неужели Багиров не знал, как получались тогда «прямые показания?». Конечно же, знал. И здесь, как и в других случаях, проявилось двоедушие Багирова, который был одним из творцов царившего в то время беззакония.

Ахундова арестовали 17 декабря 1936 г. по требованию Багирова. В тот же день состоялось постановление Бюро ЦК АКП/б/ об исключении Ахундова из партии как «контрреволюционера, троцкиста». Это постановление подписал Багиров. Перед арестом Ахундов был директором Азербайджанского филиала Академии наук СССР и начальником Управления по делам искусств при СНК Азербайджанской ССР.

Как показал допрошенный по делу свидетель Нуриев, Ахундов был арестован вскоре после крупной ссоры с Багировым, которого Ахундов обвинил в деспотизме и в том, что Багиров хочет единолично управлять Азербайджаном, не считаясь ни с чьим мнением.

Установлено, что даже письма, обнаруженные при обыске у Ахундова, были посланы Багирову. После ознакомления с их содержанием Багиров направил наркому внутренних дел республики Сумбатову письмо такого содержания: «Из присланных сегодня […] на моё имя пачки писем, обнаруженных у Рухуллы Ахундова, посылаю вам обратно копии двух писем Талыблы на имя Рухуллы Ахундова, Этих писем достаточно для того, чтобы немедленно арестовать Талыблы и, в совокупности со всеми данными, которые до сих пор имелись, допрашивать его как махрового мусаватиста, в течение ряда лет ведшего в Азербайджане мусаватистскую работу.

О ваших мероприятиях прошу сообщить мне.

Секретарь ЦК и БК КП/б/ Багиров М.Д.».

Что это, как не указание первого партийного лица республики об аресте конкретного лица? Вот такая страшная система была сформирована к середине 30-х годов.

В течение длительного времени Ахундов категорически отрицал свою вину в приписывавшихся ему деяниях. К нему применялись изощренные методы принуждения к даче нужных следствию показаний, его жестоко избивали и пытали. В допросах Ахундова участвовал и Багиров.

О том, как велось «следствие» по делу Ахундова, свидетельствуют следующие факты, отраженные в нем. Из протокола допроса от 22 июня 1937 г. и двух актов, составленных следователями, видно, что «с вечера 21 июня и до 5 часов дня 22 июня 1937 г. от Ахундова добивались ответа о его принадлежности к контрреволюционной националистической организации». В течение двух суток 16 и 17 июля 1937 г. следователи добивались от Ахундова признания в том, что он вёл борьбу против политики партии и советской власти.

В июле 1937 г. воля Ахундова была сломлена, и он на допросах 24 и 27 июля дал пространные показания о своей враждебной деятельности, назвал многих лиц, якобы являвшихся членами националистических контрреволюционных организаций. Однако 29 июля 1937 г. он отказался от этих показаний и, как указано в составленном в связи с этим акте, его показания 24 и 27 июля 1937 г. не соответствуют действительности.

С целью изобличения названных Ахундовым лиц в совершении тяжких преступлений копии протоколов его допросов 24 и 27 июля 1937 г. были размножены и приобщены к делам соответствующих арестованных, акт же об отказе Ахундова от своих показаний скрыли.

В фальсификации дела по обвинению Ахундова участвовали Григорян и Атакишиев. Последний подписал постановление о предъявлении Ахундову дополнительного обвинения в подготовке восстания, во вредительстве и в подготовке террористических актов.

Дело Ахундова было рассмотрено Военной коллегией Верховного Суда СССР 21 апреля 1938 г. Его признали виновным в том, что он в 1920–1921 гг. был активным участником троцкистской оппозиции, вёл борьбу против единства Коммунистической партии. В 1929 г. являлся одним из организаторов, а впоследствии — и руководителем националистической организации в Азербайджане. Под его руководством, указывалось в приговоре, осуществлялось вредительство в сельском хозяйстве, проводились диверсии в нефтяной промышленности, создавались повстанческие вооружённые отряды во многих районах Азербайджана для борьбы против Советской власти, готовились террористические акты в отношении руководителей партии и правительства, насаждалась шпионская сеть для сбора и передачи шпионских сведений германской, турецкой и английской разведкам, создавались повстанческие ячейки в армейских частях, дислоцированных на территории Азербайджана, создан повстанческий центр в Азербайджане. Вот такой букет «преступлений» был вменён в вину Ахундову. По этому, от начала до конца сфальсифицированному делу, Ахундов был приговорён к расстрелу. Приговор был приведён в исполнение.