В это время на корабле было замечено падение остойчивости, которое выражалась в том, что при перекладывании руля даже на малом ходу корабль быстро кренился и медленно выпрямлялся. Положение ещё более ухудшилось от проникновения воды через поврежденные угольные ямы левого борта в соседние и от поступления её через пробоины каземата левого борта. Скорость упала ниже семи узлов. Поскольку оба гироскопических компаса вышли из строя, а карты были испорчены, командир корабля по радио попросил командующего 2-й разведывательной группой выделить крейсер для навигационного обеспечения при проходе мели Амрум.

Линейный крейсер "Зейдлиц" возвращается после Ютландского боя.

В 9 ч. 45 м. подошёл легкий крейсер "Пиллау" и попытался развернуть линейный крейсер кормой вперед, чтобы при буксировке можно было уменьшить давление воды на носовую поперечную переборку, но у него неоднократно лопались буксиры. Следуя на буксире за "Пиллау", "Зейдлицу" в конце концов удалось двигаться кормой вперед со скоростью 3-5 узлов. Ввиду того, что водоотливные средства работали с большим напряжением, пользование ими было ограничено, и к полудню 1 июня крен корабля дошел до 8° на левый борт.

Около 10 ч. 00 м. по траверзу Хорнума "Зейдлиц" ещё раз коснулся мели и лишь в 11 ч. 25 м. смог войти в проход у мели Арнум. Попытки буксирования линейного крейсера "Зейдлиц" слабосильными тральщиками, высланными ему на помощь командованием утром 1 июня, оказались безрезультатными. В 15 ч. 30 м. положение "Зейдлица" было критическое, поскольку ветер усилился до 8 баллов, и он держался на воде только благодаря воздушным мешкам, образовавшимся в противоторпедной переборке. Раненые были подготовлены к эвакуации с корабля.

Подошли два спасателя "Бореас" и "Крафт", которые всё время шли рядом и непрерывно откачивали из крейсера воду. Мощный портовый буксир начал буксировку поврежденного корабля. Работа отливных помп этих спасателей оказалась неэффективной из-за чрезмерно большого диаметра приемных шлангов у центробежных помп, которые часто выходили из строя.

Самым тяжелым его положение стало в 17 ч. 00 м. 1 июня, когда расчетное количество воды, попавшее внутрь корабля, составляло 5 329 т, что придало ему осадку 14 м носом и 7,4 м кормой при крене 8° на левый борт. Для выравнивания крена на левый борт в 18 часов было решено затопить кормовые креновые цистерны правого борта, и тогда корабль получил крен на правый борт, дошедший до 8°.

Утром 2 июня 1916 г. достигли плавучего маяка, выставленного на время войны во внешней части залива Яде и отпустили в базу легкий крейсер "Пиллау" и миноносцы. Погруженный в воду по передние порты казематов, "Зейдлиц" в общей сложности принял 5300 т воды, что составляло 21,2 % от его водоизмещения, но, несмотря на это и потерю остойчивости, он, хотя и с большим трудом, смог вернуться в Вильгельмсхафен, встав в 4 ч. 25 м. 3 июня на якорь в глубоком бассейне перед входным фарватером внутри бонового заграждения. Здесь с корабля эвакуировали 55 раненых и снесли на берег тела 98 убитых.

За 57 часов своего возвращения в базу при столь тяжелых повреждениях корабль остался на плаву и не погиб благодаря высокому качеству постройки и упорной борьбе личного состава за живучесть, а также энергичному руководству командира корабля капитана 1-го ранга фон Эгиди и непрерывной самоотверженной борьбе дивизиона живучести под командованием корветен-капитана Альвенслебена. Вследствие больших размеров пробоины (15,2 кв.м), явившейся основным источником поступления большого количества воды, заделать её на ходу было невозможно; точно так, как и нельзя было это сделать с пробоинами левого борта.

Напряженная бесперебойная работа водоотливных средств в неповрежденных отсеках, в которые вода попала из соседних помещений, давала возможность понижать её уровень в XIII, XV и XVI отсеках или поддерживать XIV отсек в сухом состоянии.

Линейный крейсер "Зейдлиц" Изменения в надстройках, произведенные в 1918 г.

Во время стоянки на якоре демонтировали орудия и часть брони носовой башни, но сильное течение препятствовало постановке пластырей. 6 июня в высокую воду "Зейдлиц" прошёл первый Южный Лок, который имел глубину при среднем уровне полной воды 13,7 м у внешнего порога шлюза и 11 м у внутреннего. Здесь произвели временный ремонт. Орудия левой бортовой башни сняли, и 13 июня "Зейдлиц" был прибуксирован в шлюз с максимальной осадкой 10,4 м и вошел в плавучий док для капитального ремонта. С 15 июня по 1 октября 1916 г. (107 дней) он находился в ремонте на Государственной верфи в Вильгельмсхафене и в ноябре снова был в полной боевой готовности, став флагманским кораблем вице-адмирала Хиппера (до 26 октября 1917 г). С 20 августа 1916 г. командующий 1-й разведывательной группы получил в свое распоряжение в качестве штабного корабля легкий крейсер "Ниобе", поэтому он и его штаб в дальнейшем появлялись на "Зейдлице" только на время боевых походов.

П осле восстановления боеспособности в свой первый боевой поход в район Датского полуострова "Зейдлиц" вышел 4/5 ноября 1916 г. Соединение во главе с командующим 1-й разведывательной группой при поддержке линкоров "Рейнланд" и "Нассау", двух крейсеров и временно переданной из состава морских сил Балтийского моря 3-й эскадры линкоров должно было попытаться в районе Бовбьеборг (Ютландский полуостров) снять с мели и отбуксировать в базу немецкие подводные лодки U-20 и U-30.

В то время как 4-я полуфлотилия миноносцев предпринимала отчаянные попытки снятия с мели и буксировки этих подводных лодок, в охранении одиннадцати линкоров, двух линейных и четырех легких крейсеров остались только 9 миноносцев. В этих условиях британской подводной лодке J-1 удалось поразить торпедами два немецких линкора "Кронпринц" и "Гроссер Курфюрст", попав в каждый одной торпедой, но, несмотря на это, линкоры смогли удержать свое место в строю. Из двух подводных лодок только U-30 удалось снять с мели и отбуксировать в базу. U-20 оставили у побережья Дании.

В последующий период, когда в боевых действиях на море подводная война вышла на первое место и флот Открытого моря всё чаще привлекался для обеспечения выхода и прикрытия подводных лодок, с "Зейдлицем" никаких особых событий не происходило. С ноября 1917 г. флагманским кораблем 1-й разведывательной группы стал только что построенный линейный крейсер "Гинденбург". 23 апреля 1918 г. "Зейдлиц" принял участие в последнем походе германского флота, 30 июля/1 августа 1918 г. – в операции по выводу группы подводных лодок на "путь 500" и в конце ноября находился в боевой готовности к новым, но уже не осуществленным боевым операциям.

После заключения перемирия 19 ноября 1918 г. "Зейдлиц" в составе передаваемых для интернирования кораблей под командованием контр-адмирала Рейтера вышел из Вильгельмсхафена в Скапа-Флоу, куда прибыл 24 ноября. Там его назначили лидером кораблей 1-й разведывательной группы, и командир "Зейдлица" капитан 1-го ранга Тагерт стал старшим среди командиров кораблей (командующий 1-й разведывательной группы являлся старшим начальником всего передаваемого соединения и находился на линкоре "Фридрих-дер-Гроссе").