Вне зависимости от сомнений в правдивости сообщенных Колаковским сведений, Военное министерство не могло игнорировать даже малейшую возможность существования германского заговора. По меньшей мере необходимо было поставить в известность великого князя Николая Николаевича, чьей жизни угрожала опасность. Сухомлинов приказал полковнику Ерандакову из контрразведки немедленно отправиться в Барановичи в главную штаб-квартиру армии и в подробностях проинформировать Ставку.

Тем временем в Петрограде Колаковского отпустили на свободу, установив, однако, за ним наблюдение. Помимо нескольких сексуальных контактов, ничего важного отмечено не было — похоже, Колаковский не предпринимал никаких подозрительных действий. В конце концов решили сделать из поручика героя. Его наградили и предусмотрительно перевели на Кавказ, на турецкий фронт, где он был вне досягаемости германской разведки46. Колаковский пережил войну и революцию и умер несколько десятилетий спустя в Буэнос-Айресе.

Из показаний Колаковского следовало, что Мясоедов — предатель, и, естественно, русская контрразведка не могла оставить подобное обвинение без внимания. Центральное контрразведывательное управление при Генеральном штабе в Петрограде приказало тщательно расследовать деятельность Мясоедова и круг его общения. За его квартирой тут же было установлено наблюдение, целая армия тайных агентов не спускала с него глаз, а также допрашивала его друзей, соседей и знакомых. Обобщающий отчет, датированный 12 (25) февраля 1915 года, содержал мельчайшие подробности о жене, детях, родственниках и всех, с кем Мясоедов имея дела, включая барона Гротгуса, высланную бывшую журналистку Анну Аурих и импортера лекарств Валентини47. Тем временем контрразведывательное отделение Северо-Западного фронта тоже не сидело без дела. В начале января возглавлявший его полковник Н.С. Батюшин приказал филеру Дистергофу, представившись новым «помощником» Мясоедова, постоянно находиться рядом с ним и ежедневно докладывать обо всем, чем тот занимается. Более месяца Дистергоф, приставший к Мясоедову как банный лист, не оставлял его буквально ни на минуту, вместе с ним обедал, жил и ездил. Хотя Дистергоф своими глазами не видел, чтобы Мясоедов занимался какой-либо предосудительной деятельностью, он сообщил своему куратору, что, по его мнению, полковник только делает вид, что собирает сведения о немцах, а на самом деле он работает на них.

17 февраля генерал-лейтенант А.А. Гулевич, начальник штаба Северо-Западного фронта, отдал приказ об аресте Мясоедова, для чего прибегли к грубому розыгрышу. 18 февраля (4 марта) начальник Ковенского жандармского управления послал Сергею Николаевичу приглашение на обед. Только Мясоедов приехал, его позвали к телефону. Оставив саблю, он подошел и взял трубку. В этот момент в комнату ворвались прятавшиеся за дверью полицейские и схватили его сзади48. Мясоедов так мало уделял внимания окружившим его тайным недоброжелателям и до такой степени не замечал готовившейся ему ловушки, что вечером того же дня, уже будучи в ковенской тюрьме, тайно передал Дистергофу записку, предназначенную матери. Дистергоф сунул бумажку (в ней Сергей умолял мать обратиться к командующему фронтом Рузскому) в карман и не мешкая отдал ее военно-судебным властям49. Разбирательство дела Мясоедова было с самого начала дискредитировано вопиющими процедурными нарушениями. Несмотря на то что по закону расследование дел в отношении находящихся на действительной службе офицеров находилось в ведении исключительно военной прокуратуры, первоначально дело Мясоедова собирались передать в гражданский окружной суд в Варшаве, специализировавшийся на политических преступлениях, под тем предлогом, что тут может быть замешано большое число гражданских лиц. Однако вскоре от этого способа рассмотрения отказались. По совету генерал-квартирмейстера Северо-Западного фронта М.Д. Бонч-Бруевича великий князь Николай Николаевич приказал судить Мясоедова особым военно-полевым судом в Варшавской цитадели50. Теоретически военно-полевые суды создавались только для тех случаев, «когда учинение преступного деяния является настолько очевидным, что нет надобности в его расследовании», — случай Мясоедова заведомо не подходил под это определение51. Полиция немедля перевела обреченного в Александровскую цитадель, огромное мрачное здание на берегу Вислы в северной часта Варшавы. В цитадели имелись часовня, казармы и арсенал, а также печально знаменитая политическая тюрьма, где томились поколения поляков, боровшихся за национальную независимость.

Несмотря на предательство Дистергофа, Мясоедову все же удалось сообщить семье о своем аресте. Вскоре в Варшаву приехали его мать и сестра, 2 (15) марта к ним присоединился Николай Николаевич Мясоедов, старший брат Сергея. Все трое писали прошения и обращения с просьбами о скором и благоприятном рассмотрении дела Сергея. Вот типичное письмо Николая генералу Рузскому, написанное 6 (19) марта: «Страшный позор, обрушившийся на нашу семью, вынуждает меня беспокоить Вас в это горячее время». Если брат совершил хотя бы часть преступлений, в которых его очевидно обвиняют, тогда, уверял Николай Рузского, он желал бы «повесить его своими руками». Однако сердце и разум подсказывают Николаю, что Сергей ни в чем не виноват и его арест — ошибка. Если Рузский даст себе труд вникнуть в дело, ему придется с этим согласиться52. Рузский оставил прошение без ответа, такова же была судьба всех официальных обращений Мясоедовых в связи с делом Сергея.

Тем временем Сергея Николаевича допрашивал варшавский чиновник Министерства юстиции по фамилии Матвеев, на которого было возложено рассмотрение дел всех гражданских лиц, содействовавших Мясоедову в его преступлениях. Благодаря допросам у Матвеева Сергей по крайней мере начал понимать, в чем, вероятно, заключаются эти «преступления». Во-первых, его обвиняли в шпионаже в пользу Германии, которым он занимался еще до начала войны (хотя и без уточнений, где, как предполагалось, он этим занимался, в Вержболово или в Петрограде, или везде). Во-вторых, его обвиняли в том, что он возобновил свою предательскую деятельность, оказывая помощь и поддержку врагу уже после своего зачисления в состав 10-й армии. Матвеева особенно интересовал один документ, который оказался при Мясоедове в момент ареста. Эта записка, озаглавленная «Адреса 19 января 1915», представляет собой список диспозиций подразделений российской армии в районе Немана. Именно Бонч-Бруевич первым отметил очень нехороший смысл этих «Адресов». В письме Матвееву от 11 (24) марта он заметил, что «передача этого документа и сообщение из него сведений нашим противникам могли повести к неудачам наших войск в наступивших после 19 января этого года боях, так как давали возможность действовать наверняка, а не прибегать к ненадежным средствам использовать мелких шпионов для приоткрытая завесы над вероятными нашими действиями…»53.

Таким образом, Бонч-Бруевич первым сформулировал идею о том, что Мясоедов один виноват в поражении России в зимних Мазурских боях, и катастрофический разгром 20-го корпуса есть исключительно дело его рук. Матвеев требовал от Мясоедова подробного отчета о его отношениях с Фрейдбергами, Евгенией Столбиной, военным министром Сухомлиновым, Борисом Сувориным, Александром Гучковым и множеством других лиц, а также специально интересовался еще одним вопросом. Говорят, что Мясоедов воровал вещи из домов, брошенных вражеским гражданским населением, — действительно ли он совершил это преступление, за которое в военное время полагается смертная казнь?