В 1895 году кресло министра юстиции занял набиравший силу честолюбивый прокурор Н. В. Муравьёв. Свою деятельность он начал с грандиозного пересмотра Судебных уставов 1864 года. Анатолий Фёдорович как один из самых опытных юристов своего времени также был привлечен к работе комиссии. Здесь он отчаянно бился со всеми попытками Муравьёва покуситься на основные принципы судоустройства и судопроизводства, отстаивал суд присяжных, несменяемость судей и т. п. На этой почве между ним и министром сложились неприязненные отношения. В конце декабря 1896 года Кони вынужден был подать рапорт об увольнении с должности обер-прокурора уголовного кассационного департамента сената. Просьбу немедленно удовлетворили, а самому Кони велено было присутствовать в том же департаменте сенатором.

В 1900 году Анатолий Фёдорович окончательно распрощался с судебной деятельностью. Указом императора его перевели в общее собрание первого департамента сената. Тогда же он снова занялся педагогической деятельностью, заняв кафедру уголовного судопроизводства в Императорском Александровском лицее (до него кафедрой руководил профессор И. Я. Фойницкий).

Летом 1906 года П. А. Столыпин, ставший председателем Совета министров, задумал создать так называемый «кабинет общественных деятелей». Он предложил Анатолию Фёдоровичу войти в состав его правительства в качестве министра юстиции и генерал-прокурора. Вначале такое предложение поступило к Кони через П. А. Гейдена, а затем и лично от самого Столыпина. Вездесущие журналисты даже поспешили опубликовать в «Биржевых ведомостях» крупными буквами заголовок: «А. Ф. Кони — министр юстиции». Однако Анатолий Фёдорович после тщательного обдумывания ситуации категорически отказался стать министром юстиции.

Впоследствии он так писал об этом: «Судьба продолжала свою злую иронию надо мною, посылая мне слишком поздно все то, о чем я имел право мечтать как человек и гражданин. Она оставила меня почти бесплодным „протестантом“ в течение многих лет против безумной политики правительства, тащившей Россию насильственно к революции; она дала возможность презренным слугам этого правительства, вроде Плеве и Муравьёва, обречь меня на бесцветную деятельность, поглотившую мою силу и разбившую во мне энергию и душевный подъем. И теперь, когда я стар, когда у меня больное сердце, когда каждый спор, каждая публичная лекция, каждое сильное впечатление лишают меня сна, вызывают сердечные припадки, сопровождаемые крайним упадком сил, она посылает мне самый боевой пост в борьбе с революцией и реакцией, для которого нужно железное здоровье, стальные нервы, воля, не считающаяся с голосом сердца, и разум, прямолинейно смотрящий вперед и не способный поддаваться в своем мышлении влиянию образов…»

В январе 1907 года Кони становится членом Государственного совета. В этой должности он пребывал до мая 1917 года. В 1910 году ему был присвоен чин действительного тайного советника. Он был удостоен еще нескольких высоких российских орденов, включая орден Святого Александра Невского (1915 год).

Одновременно с ответственной служебной и преподавательской работой Анатолий Фёдорович Кони много и плодотворно трудится на научно-публицистической и литературной ниве. Он выступал в печати с многочисленными статьями и судебными очерками, читал публичные лекции, которые неизменно собирали большую аудиторию. Круг его интересов был очень обширен, а тематика лекций, докладов, статей весьма разнообразна. У него были глубокие познания не только в юриспруденции, но и в вопросах литературы, искусства, медицины. Он читал лекции и писал статьи о писателях и поэтах: И. А. Гончарове, А. А. Апухтине, Ф. М. Достоевском, К. К. Павловой, И. С. Тургеневе, А. Ф. Писемском, А. Н. Островском, Л. Н. Толстом, В. Г. Короленко, артистах: М. Г. Савиной и И. Ф. Горбунове, судебных деятелях: Д. Н. Замятнине, Д. А. Ровинском, И. С. Зарудном, Н. А. Буцковском, Д. Н. Набокове, Г. Н. Мотовилове, В. Д. Спасовиче, А. М. Бобрищеве-Пушкине и еще многих других знаменитых современниках. Он заново открыл обществу полузабытого «неисправимого филантропа» доктора Фёдора Петровича Гааза, главного врача московских тюрем, который всеми силами стремился улучшить жизнь и быт заключенных, за что его прозвали «святым доктором». О нем он сделал блестящий доклад на годовом собрании юридического общества, а затем опубликовал биографический очерк отдельным изданием (1897 год), который до революции выдержал пять изданий.

В 1888 году Кони выпустил книгу — «Судебные речи (1868–1888)», выдержавшую несколько изданий. В 1896 году вышел другой труд Кони — «За последние годы. Судебные речи (1888–1896)». В 1906 году Кони собрал под одной обложкой свои публичные лекции, речи, статьи, заметки по несудебным вопросам, которые составили книгу «Очерки и воспоминания». В 1912–1913 годах вышли первые два тома его новой книги «На жизненном пути». Два последующих тома были выпущены в свет в 1922–1923 годах в Ревеле и Берлине, а пятый том — в 1929 году в Ленинграде. К 50-летию Судебных уставов им было подготовлено фундаментальное издание «Отцы и дети судебной реформы» (1914 год).

В апреле 1890 года Советом Харьковского университета А. Ф. Кони присвоена степень доктора уголовного права (по совокупности работ). В январе 1900 года его избрали почетным академиком Академии наук по разряду изящной словесности.

В 1901 году Академия наук наградила его Пушкинской Золотой медалью за критический разбор сочинения Н. Д. Телешова «Повести и рассказы», а затем еще трижды удостаивала его золотых медалей (в 1907, 1909 и 1911 годах) за рецензирование и разбор художественных произведений и активное участие в рассмотрении сочинений, присланных на конкурс.

Анатолий Фёдорович был избран почетным членом многих юридических, филологических, медицинских, психиатрических и иных обществ. В его архиве, переданном им Пушкинскому Дому в 1920 году, хранится 148 документов, удостоверяющих избрание его в различные общества.

А. Ф. Кони знали и ценили многие выдающиеся деятели литературы и искусства, ученые и политические деятели. О многих из них, в частности, о Л. Н. Толстом, А. П. Чехове, П. Д. Боборыкине, А. Ф. Писемском, он оставил интересные воспоминания. Но в круг его друзей входили не только знаменитости. Он общался и поддерживал дружеские связи со многими людьми, представителями всех слоев населения. К нему тянулись разные лица за советом, поддержкой, помощью. В его архиве насчитывается более тысячи визитных карточек лиц, приходивших к нему. Здесь и писатели, и артисты, и чиновники, и общественные деятели.

Тридцатого мая 1917 года Анатолий Фёдорович по указу Временного правительства был назначен первоприсутствующим (председателем) в общем собрании кассационных департаментов Правительствующего сената, где оставался до 25 декабря того же года (до упразднения этого органа).

Когда постановлением Временного правительства была образована Комиссия по восстановлению основных положений Судебной реформы 1864 года и согласованию их с произошедшей переменой в государственном устройстве, А. Ф. Кони также вошел в ее состав, в число 60 лучших юристов и общественных