Вместе с Англией под властью Вильгельма оказалась древняя церковь, обладавшая богатыми традициями и пользовавшаяся уважением и влиянием во всем королевстве. Внешним обликом она была совершенно не похожа на нормандскую церковь. Ее постройки в архаичном стиле были маленькими и тесными, но хранили поразительные сокровища; ее священники большей частью были сторонниками местных культурных традиций, а ее святые носили имена, непривычные для нормандского уха. Помимо этого, существовало множество тех тонких отличий в обычаях и обрядах, которые обычно и вызывают самые бурные споры. Кроме того, в последнее время для английской церкви были характерны небрежное отношение к различным уставам, некоторые нарушения нормы и, как следствие, отсутствие взаимопонимания с Римом. Хотя в 1066 г. английская церковь переживала не лучшие времена, она сохраняла ортодоксальность, пользовалась почетом и не была чужда искусству. Если она и не находилась на пороге реформ, то, во всяком случае, вполне была готова принять их из чужих рук. Ее представителями были некоторые выдающиеся прелаты: Стиганд Кентерберийский, архиепископ без паллия, чья несколько загадочная карьера тогда уже подходила к концу, но который тем не менее был одаренным человеком и оказывал влияние на государственные дела еще со времен Кнута; Эльдред Йоркский, еще один опытный в мирских делах епископ, который довольно быстро добился известности и уважения среди нормандцев благодаря своим познаниям в управлении и военном деле; и, наконец, Вульфстан Вустерский, яркий представитель островной цивилизации, заслуживший доверие Завоевателя своим стремлением к простоте и благочестием, благодаря которым он был канонизирован в XII в.

Теперь эта церковь досталась Вильгельму. Английское духовенство привыкло подчиняться королям и, за очень редкими исключениями, было готово безоговорочно покориться завоевателю. Епископы убедительно доказали свою верность новому господину в годы беспорядков — разве что лишь епископ Даремский имел отношение к мятежам, — а аббаты, несмотря на то что они чаще проявляли недовольство и были менее надежны, в целом также оставались преданными королю. В качестве вознаграждения за свои услуги самые влиятельные епископы, возможно, ожидали, что человек, покоривший их страну, проявит хотя бы терпимость, однако это была тщетная надежда. В определенной мере Вильгельм проявлял к ним благосклонность лишь для того, чтобы ввести их в заблуждение. Из-за целого ряда причин его вмешательство в дела церкви было неизбежным — нужен был только удобный повод. Он рассматривал герцогскую, а затем и королевскую церковь как часть своей собственности и привык контролировать ее деятельность. Так как в управлении государством Вильгельм намеревался во многом полагаться на епископов, ему было необходимо ближе познакомиться с этими людьми. От аббатов он требовал, чтобы они занимались мирскими заботами в меньшей степени, чем епископы, и служили, таким образом, примером для подражания, однако вскоре осознал, что английские аббаты в этом смысле многое утратили. Он был горячим приверженцем реформ и знал, что монашество нуждается в серьезных преобразованиях. Вильгельм принадлежал к числу тех христиан-традиционалистов, которые с неодобрением относились к незнакомым обычаям, и, кроме того, по своему темпераменту он неприязненно воспринимал присущую английской церкви снисходительность. Наконец, нужно упомянуть о давлении, которое на него оказывали все те, кто хотел получить свою долю церковной добычи, т. е. герцогские священнослужители, требовавшие получения лучших английских приходов, и монахи — сторонники реформы, жаждавшие привести в порядок здешние обители. Если Стиганд полагал, что он справится с таким клубком проблем, а, по-видимому, так оно и было, то просто память о прошлых успехах затмила ему разум, мешая рассуждать здраво.

До 1070 г. Вильгельм в большой степени полагался на английскую церковь и ее самых высокопоставленных представителей, попирая ее права только при конфискациях, с помощью которых он хотел вознаградить церкви, посодействовавшие его экспедиции в Англию, и покрыть свои военные расходы. Король всецело доверял Эльдреду Йоркскому и по крайней мере одному аббату — Этельвигу Ившемскому, а к Стиганду относился с глубоким уважением. Когда в 1067 г. место главы Дорчестерской епархии оказалось вакантным, Стиганду было даже позволено рукоположить в епископы человека, назначенного Вильгельмом, и тот факт, что им оказался монах из Фекана, нисколько не удивил и не встревожил архиепископа. В 1070 г. Вильгельм решил отказаться от такого своего отношения к местному духовенству. Нажим с различных сторон возрастал, побуждая его к действиям, и теперь наступил подходящий момент. Эльдред Йоркский умер, восстания почти сошли на нет, множество нормандцев получили в надел английские имения, поэтому чистка верхушки английской церкви не могла бы ни ослабить положение Вильгельма, ни привести к более сильным волнениям.

Было решено для начала низложить некоторых епископов-англичан. С новыми людьми во главе церкви путь для реформы был бы открыт. Чтобы провести в жизнь свои планы, Вильгельм попросил папу прислать легатов — так же, как и в 1054–55 гг. в случае с архиепископом Можером. Хотя Александр II и был плохо осведомлен о происходящем и получал искаженные сведения, он послал в Англию своего опытного слугу Эрменфрида, епископа Ситтенского, в сопровождении двух кардиналов-священников. Епископ был в какой-то степени знаком с делами нормандской и английской церкви, так как участвовал в отстранении Можера, а в 1062 г. был, вероятно, направлен в Англию вместе с архиепископом Эльдредом для проведения инспекции церкви и осуществления с общего согласия некоторых реформ. Прибыв в Англию в 1070 г., легаты созвали всех епископов вместе с аббатами их епархий на собор в Винчестере 7 апреля, чтобы «искоренить все то зло, что произрастает в вертограде Господа Саваофа, и насадить то, что будет благотворным для здоровья и души, и тела». Вполне вероятно, что епископы и аббаты явились на собор в страхе и трепете.

Видимо, легаты прибыли с указаниями сместить архиепископа Стиганда и всех рукоположенных им епископов. Однако такой поворот событий был не нужен Вильгельму, так как Стиганд посвятил в сан первых священнослужителей, назначенных королем, и, кроме того, в этот черный список попали епископы, заслужившие в церкви безупречную репутацию. И Вильгельм добился своего. Впоследствии Александр II не был вполне уверен, что все было сделано по справедливости или, по крайней мере, что были соблюдены все необходимые формальности. Однако его полные беспокойства послания не принесли никакого эффекта. Возможно, из-за того, что политические мотивы в этом деле преобладали над церковными, точная формулировка обвинений против низложенных впоследствии клириков нам так и не известна. По-видимому, самого Стиганда тоже обвинили в узурпации чужих прав, поскольку паллий ему пожаловал антипапа, а также в обслуживании нескольких епархий. В случае со смещенными епископами мы можем предположить только политические причины: Этельмер из Восточной Англии был братом Стиганда, Этельвин из Дарема когда-то встал на сторону мятежников-нортумбрийцев, а Этельрих из Селси возглавлял стратегически важную епархию. Чтобы избежать отстранения, от своего места сам отказался Леофвин, женатый монах из Личфилда. Из двенадцати епископов Эдуарда Исповедника, здравствовавших в 1070 г., осталось семеро, причем только двое или трое из них были коренными англичанами.