Положению Православной церкви в Прибалтике придавал определенную устойчивость тот факт, что экзарх этого региона митр. Сергий (Воскресенский) остался в Риге. Несмотря на выражение лояльности к германским властям, митр. Сергий (Воскресенский), тем не менее, выступал против отрыва прибалтийского православия от РПЦ и препятствовал деятельности латышских и эстонских православных церковных сепаратистов. Их активности, которую они развили сразу же после прихода германских войск, способствовал исторический опыт существования в 1920–1930-х гг. вначале автономных, а затем фактически независимых от РПЦ и вошедших в юрисдикцию Константинопольского Патриархата Латвийской Православной Церкви и Эстонской Апостольской Православной Церкви (ЭАПЦ). Во главе Латвийской церкви находился митр. Августин (Петерсон), во главе ЭАПЦ — митр. Александр (Паулус), которые и возглавили церковное сепаратистское движение в Латвии и Эстонии сразу после прихода германских оккупантов. Попытка раскола православия в Латвии была усилиями митр. Сергия (Воскресенского) к февралю 1942 г. сведена на нет, чему способствовал тот факт, что 70% православных верующих в этом регионе были русскими по национальности. Однако в Эстонии, где только 25% приходов были русскими{815}, значительная часть православных священников и паствы (в основном эстонцев по национальности) провозгласила повторное отделение ЭАПЦ от РПЦ и к сентябрю 1941 г. добилась признания ЭАПЦ оккупационными властями (при этом большая часть русских приходов Эстонии осталась в составе РПЦ){816}. Таким образом, деятельность православных церковных сепаратистов в Латвии и Эстонии имела четко выраженный национальный аспект.

В отличие от своей политики на Украине и в Белоруссии, германские власти в Прибалтике не форсировали церковный сепаратизм и не стали принуждать митр. Сергия (Воскресенского) к автокефализации прибалтийского православия. Очевидно, иерарх смог убедить нацистов в том, что в случае отпадения православия в Прибалтике от РПЦ, оно перейдет под управление Константинопольского Патриарха, что противоречило интересам Рейха{817}. Тем не менее оккупационные власти пытались использовать авторитет митр. Сергия (Воскресенского) в своих пропагандистских целях. Так, в июле 1942 г. нацисты инспирировали выступление прибалтийских иерархов против патриотической деятельности главы РПЦ митр. Сергия (Страгородского) и отправку ими приветственной телеграммы Гитлеру{818}. Эта пропагандистская акция была призвана повлиять в антисоветском духе на верующую часть населения оккупированной территории, а также сгладить тот факт, что прибалтийское православие (кроме ЭАПЦ) осталось в составе РПЦ.

В августе 1941 г. при поддержке германских властей митр. Сергий (Воскресенский) создал «Православную миссию в освобожденных областях России» (т.н. «Псковская духовная миссия») — эксперимент по возрождению церковной жизни, который был осуществлен на оккупированной части Ленинградской обл. Кроме массового открытия церквей и распространения икон и религиозной литературы, на этой территории было установлено обязательное посещение богослужений и участие в церковных таинствах, проведены тысячи обрядов крещения детей и подростков, а также проделана большая идеологическая работа по привлечению молодежи к православию. Так, книга для чтения «Родная речь», изданная в 1942 г., содержала произведения на «религиозную тему» (стихотворение Д.С. Мережковского «Легенда о елке», рассказы А.П. Чехова «На страстной неделе», А. Ремизова «Пасха» и И. Шмелева «Под рождество» и «Катанье с гор на Масленице»){819}.

Германские власти пытались использовать авторитет митр. Сергия (Воскресенского) в своих целях. В июле 1942 г. в Риге был организован съезд православных епископов, на котором они во главе с митр. Сергием (Воскресенским), не порывая официально связи с РПЦ, выступили против патриотических обращений Патриаршего Местоблюстителя, митр. Сергия (Страгородского), а также послали приветственную телеграмму Гитлеру{820}.

Нацисты активно использовали в своих интересах Украинскую Греко-Католическую Церковь (УГКЦ). Еще до начала войны грекокатолический священник И.М. Грынех стал капелланом украинского отряда «Нахтигаль», созданного в структуре абвера{821}. Нацисты оказывали Униатской церкви поддержку в распространении влияния на восток Украины, где священники УГКЦ возобновляли работу ранее закрытых церквей (уже под флагом униатства), привлекали паству, организовывали сбор средств на постройку новых церквей. Под церкви использовали также клубы, столовые, жилые дома и даже палатки{822}.

В то же время УГКЦ оказывала поддержку украинским националистам. После провозглашения ОУН «независимости» Украины 30 июня 1941 г., глава УГКЦ митр. А. Шептицкий издал послание, в котором призвал народ поддержать украинское «правительство»{823}. Хотя деятельность ОУН формально не имела религиозной основы, эта организация не отказывалась от сотрудничества с УГКЦ и УАПЦ, священники и прихожане которых принимали участие в организационном и морально-идейном обеспечении деятельности ОУН. В оуновских вооруженных формированиях полевое духовенство было в основном из числа священнослужителей УГКЦ{824}.

Политика оккупационных властей по отношению к католической конфессии определялась мнением А. Розенберга и других нацистских идеологов о ее «опасности» для интересов Рейха «на востоке». Поэтому германские власти пресекали деятельность западноевропейских католических миссионеров в оккупированных регионах{825}, а также отслеживали «нежелательные тенденции» в деятельности местных католиков. Так, белорусский ксендз В. Годлевский был назначен помощником генерального комиссара Белоруссии В. Кубе по делам просвещения{826}, однако к концу 1941 г. попал в немилость за «националистическую деятельность» и в январе 1942 г. был расстрелян. Деятельность протестантской конфессии в Прибалтике была допущена «только в ограниченном масштабе», причем германские власти считали «желательным» ее «расщепление на возможно большее количество групп»{827}.

Нацисты вели активную пропагандистскую деятельность среди мусульман СССР. В оккупированном Крыму они покровительствовали исламу, в том числе разрешив открытие мечетей{828} (по некоторым данным, их было открыто около 40{829}). Деятельность среди мусульман на оккупированной территории СССР возглавил бывший Великий муфтий Иерусалима Х.М.А. эль-Хусейни, бежавший в Германию после провала антибританских восстаний в Палестине и Ираке в 1940 г.{830} Муфтий эль-Хусейни принимал активное участие в работе исламской религиозной школы («Муллашуле») при «Туркестанском комитете» — антисоветском коллаборационистском органе, созданном оккупантами в 1942 г.{831}, и неоднократно посещал лагеря мусульманских коллаборационистов-легионеров, где выступал с призывами к «священной войне против неверных» (то есть СССР) в союзе с Германией{832}. В коллаборационистский «Туркестанский легион» были направлены 5–6 мулл. В легионе был установлен еженедельный намаз{833}.