Сулейман не стал увеличивать налоги на большинство населения. Однако разрешил Рустему собирать их с чиновников, заступающих на новую должность. Очень скоро такие сборы превратились в крупные выплаты визирю и чиновничеству, то есть попросту во взятки. Должность стал получать тот, кто платил больше. В свою очередь, вступив в должность, чиновник стремился нажиться за счет подчиненных. Пока вы не принесете подарок (бакшиш), говорили иностранцы, бесполезно добиваться, чтобы эти люди вас выслушали.

Имущество Рустема-паши, исчисленное после его смерти, состояло из 1700 рабов, 2900 лошадей, 1106 верблюдов, 700 тысяч золотых монет, 5 тысяч кафтанов, множества драгоценных камней, а также изделий из серебра и золота.

В описи имущества Рустема обнаружились странные вещи. Кроме привычных земельных угодий, скота, водяных мельниц, рабов и золотых монет, визирь каким-то образом собрал 800 Коранов, переплеты многих из которых были украшены драгоценными камнями, 1110 шапок золота, 600 седел, отделанных серебряным орнаментом. Хотя в отличие от Ибрагима и Искандера Челеби Рустем не располагал личными вооруженными формированиями, у него был довольно приличный склад оружия, 2900 обученных для военной службы лошадей и столько же кольчуг, масса золотых шлемов и огромное количество золотых стремян. Эти ценности было легко продать. Только каждый из 32 принадлежащих ему крупных бриллиантов, лунных камней и изумрудов стоил целого состояния.

В 1541 году в Старом дворце (Eski saray), где размещался гарем, случился пожар, и Роксолана вместе со всем своим окружением перебралась в Новый дворец (Yeni saray), куда до этого женщинам ходу не было. Здесь она уже была постоянно возле Сулеймана. Они разлучались только на время походов.

В 1549 году Сулейман объявил о своем желании построить для нее отдельный дворец. Однако Роксолана не выразила по этому поводу особого восторга, ведь это означало, что она будет реже видеться со своим любимым супругом. Хюррем выступила с встречным предложением – пусть величайший архитектор всех времен и народов Синан построит мечеть имени Сулеймана.

Когда в 1558 году Роксолана умерла в своем дворце после тяжелой болезни, Сулейман был очень опечален, но старался не показывать подданным своей скорби.

После смерти матери обострилась вражда между ее сыновьями, наследником престола Селимом и его младшим братом Баязидом. Чтобы уменьшить ее, Сулейман направил их в качестве наместников в разные провинции. Баязид был любимцем отца и янычар, тогда как Селима все порицали за беспробудное пьянство, но по праву старшинства он являлся наследником престола. В письмах Сулейман убеждал сына бросить пить вино, «эту дурманящую красную жидкость». Потеряв надежду, что Селим когда-нибудь прекратит кутежи, однажды султан велел казнить одного из его собутыльников. Тогда Селим, чтобы не подводить друзей, принялся пьянствовать тайком и по большей части в одиночку.

Бусбек свидетельствовал: «Сулейман рассматривал военные приготовления младшего сына (против Селима) как угрозу своей власти, тем не менее большей частью обходил их молчанием. Этот осторожный старик не хотел раздражать Баязида, но тем самым подтолкнул его к мятежу».

Вскоре между братьями вспыхнула гражданская война, в которой султан встал на сторону Селима.

Чтобы предотвратить вооруженный конфликт между братьями, султан направил сурового арбитра Соколлу, который схватил в свое время самозванца Мустафу, с отрядом янычар и сипахов в военный лагерь Селима. Соколлу прихватил с собой сорок пушек. Узнав об этом, Баязид открыто пригрозил сералю: «Я подчиняюсь моему отцу, султану, во всем, кроме того, что разделяет меня и Селима».

В южном городе Конья сторонники Баязида напали на войска Селима, в составе которых находился и отряд султана. Раскаявшись, Баязид написал отцу письмо, в котором признал свою вину и заверял, что больше не предпримет односторонних действий, но будет полностью полагаться на суд султана.

Не дождавшись ответа, Баязид взял в долг денег у богатых купцов сколько смог и объявил, что собирает войска под собственным штандартом.

Баязида тревожило не столько назначение в Амасию, сколько то, что Селиму дали в управление Магнизию, где когда-то до провозглашения его султаном правил сам Сулейман.

Селим с помощью присланных отцом войск в 1559 году разгромил Баязида под Коньей.

В короткий летний период с мятежом в пограничных провинциях было покончено. Неумолимый Соколлу настиг мятежные войска. Баязиду удалось оторваться от преследователей. Вместе с четырьмя сыновьями, женщинами, караваном груженых верблюдов и преданными всадниками он перебрался в Персию. В горных перевалах Баязид со своими сторонниками отбил атаки кавалерии султана и направился ко двору шаха Тахмаспа, который воздал младшему сыну султана самые высокие почести и поклялся, что гость будет в полной безопасности на персидской земле.

Когда после поражения Баязид с четырьмя сыновьями и остатками армии стал искать убежища при дворе шаха Ирана Тахмаспа, Сулейман стал опасаться, что мятежный сын может получить поддержку Ирана и возобновить борьбу за престол.

Тахмасп предложил Сулейману назначить Баязида наместником в Эрзурум, контролирующий горные перевалы на восточной границе Турции, или в Багдад, в междуречье Тигра и Евфрата (оба города к этому времени вновь перешли под контроль персов).

В ответ султан заключил союз с узбекским ханством в Самарканде, угрожая Ирану новой войной.

Сулейман дал ясно понять Тахмаспу: если шах хочет сохранить мир, он должен выдать Баязида. За это шаху было обещано еще и денежное вознаграждение. Представители Тахмаспа начали торговаться: сын Сулеймана – гость их повелителя, невозможно отдавать его в неволю, а тем более на верную смерть.

Баязида шах сначала принял как дорогого гостя, с почестями и дорогими подарками. Баязид не остался в долгу, подарив шаху 50 туркменских скакунов в богатой сбруе, на которых продемонстрировали чудеса джигитовки его кавалеристы, приведя в восторг Тахмаспа и его приближенных.

Однако шах в тот момент не был готов воевать с султаном. К тому же он опасался, что, взойдя на престол, Баязид забудет об иранской помощи и продолжит давнюю османскую политику войн с Ираном. Но главным все-таки было осознание того, что иранских войск для того, чтобы дойти до Стамбула, явно не хватит, а надежд на то, что турецкая армия взбунтуется против Сулеймана и перейдет на сторону его мятежного сына, практически не было. Сулейман до самой своей смерти так и не утратил своей популярности ни у войска, ни у остальных подданных.

Далее последовал обмен дипломатическими письмами между послами султана, требовавшими выдачи или казни Баязида, и шахом, который для вида сопротивлялся, ссылаясь на законы мусульманского гостеприимства. Сначала Тахмасп рассчитывал даже использовать своего гостя-заложника для того, чтобы как следует поторговаться, потребовав возвращения завоеванных османами земель в Месопотамии. Но очень скоро он убедился в тщетности надежд на столь высокую цену за возвращение беглого принца. Баязида пришлось взять под стражу под угрозой немедленного возобновления султаном войны, к которой шах не был готов. В конечном итоге шах Тахмасп был вынужден пойти на довольно подлый компромисс, позволивший ему до некоторой степени сохранить лицо. Сулейман прислал шаху 400 тыс. золотых. Сторонников Баязида люди шаха убили, обвинив в заговоре, а самого Баязида схватили, когда он пировал вместе с шахом, и отправили в Турцию с эскортом под тем предлогом, что его передадут брату, а не султану. Но беглый принц недалеко отъехал от Тебриза. Согласно достигнутой договоренности, Баязид должен был быть казнен на иранской земле, но людьми своего отца. Таким образом Сулейман хотел убедиться, что его сын действительно убит и что шах не прячет его где-нибудь в глубине Ирана, лишь заявив о его убийстве. В обмен на 400 тыс. золотых дукатов шах передал Баязида палачу, прибывшему из Стамбула.