Служилый хан доживал свои дни в Кирилло-Белозерском монастыре. Но и там царственный монах Стефан внушал тревогу Шуйским. Симеон был женат на сестре Мстиславского, и это вызывало особые подозрения. 29 мая 1606 г. пристав Федор Супонев получил приказ спешно забрать «старца Стефана» и отвезти его в Соловки.

Бояре стремились использовать междуцарствие для того, чтобы расширить свои земельные владения. Боярское правление как нельзя лучше отвечало их стремлениям. Князья вспомнили о давно утраченных удельных столицах. После избрания царя, записал в дневнике поляк Станислав Немоевский, члены думы никак не могли прийти к соглашению: «Из знатнейших каждый желал государствовать; самым последним в свою очередь хотелось быть участниками царских доходов, почему склонялись к той мысли, чтобы царство было разделено на разные княжества».

Борис Годунов пользовался полной поддержкой церковного руководства, что помогло ему занять трон. У Василия Шуйского взаимоотношения с высшим духовенством не ладились с первых дней.

Приверженец Шуйского крутицкий митрополит Пафнутий рассчитывал разделить с новым царем плоды его успеха. Но когда дума и Священный собор начали совещаться насчет избрания патриарха, партии Шуйских не удалось сделать патриархом Пафнутия. В конце концов решено было возвести на патриарший престол Филарета Романова.

Почему при выборе патриарха дума и духовенство отдали предпочтение иерарху, получившему сан митрополита из рук Лжедмитрия? Очевидно, в думе оставалось слишком много людей, всецело обязанных Отрепьеву карьерой. Они боялись за свое будущее и избегали крутых перемен.

Матерью Филарета Романова была княжна Е. А. Горбатая-Шуйская. Как некогда Борис Годунов после своего избрания, так и Василий Шуйский одинаково пытались привлечь на свою сторону род Романовых. Но ни тому, ни другому это не удалось.

Следствие о волнениях в Москве дало Шуйскому повод отменить решение об избрании на патриаршество Филарета Романова. По словам современников, Филарета обвинили в том, что он был причастен к составлению «подметных» писем о спасении «Дмитрия», «за что его (патриарха. — P.C.) и сложили». После смерти Лжедмитрия в народе немало толковали, что во главе государства должен встать один из Романовых. Об этом упоминает немецкое донесение из Нарвы от 27 мая 1606 г. Шуйский не мог не знать о притязаниях Романовых. Но санкции против Филарета он осуществил после своей коронации. Романов был одним из самых популярных деятелей своего времени.

Заточив в монастырь князя Ивана Хворостинина, бывшего кравчим у самозванца, царь пожаловал этим придворным чином князя Ивана Борисовича Черкасского, племянника Филарета. Следствие об измене привело к внезапной отставке Черкасского.

После переворота во дворце был найден тайник, в котором Лжедмитрий хранил секретные договоры с Сигизмундом III и с Мнишеком, переписку с папой римским и иезуитами. Бояре тотчас объявили об этой находке народу, хотя они и не сразу разобрались в содержании документов, требовавших перевода.

Тайник был указан Яном Бучинским, попавшим в руки заговорщиков при штурме дворца. В страхе за свою жизнь член Ближней канцелярии готов был подтвердить клевету, которую бояре давно распространяли в городе.

«Дмитрий», заявил он, велел выволочь весь московский наряд (пушки) за посад, чтобы во время стрельбы поляки могли перебить всех бояр и лучших дворян. В грамоте к уездным городам список жертв был расширен: к боярам прибавлены приказные люди, гости и лучшие посадские люди.

Провинция могла поверить чему угодно, но в столице такая откровенная ложь не могла пройти. Истребив бояр, самозванец, по словам Бучинского, намеревался разорить веру и ввести «люторство и латинство» (католичество) разом. Показания Яна Бучинского оправдывали заговорщиков, убивших венчанного царя.

30 мая власти созвали народ на Красной площади.

На Лобное место явились бояре, и в их присутствии дьяки зачитали грамоту с объяснением причин убийства самозванца и изложением официальной версии избрания на трон царя Василия. Примечательно, что в извещении народу Шуйский утверждал, будто принял посох Российского царства «благословением патриарха». То была полуправда.

Первоначально власти действительно предполагали провести коронацию после посвящения Филарета Романова в сан патриарха и торжественной церемонии захоронения мощей царевича Дмитрия в Архангельском соборе.

Однако царь был напуган попыткой мятежа и решил короноваться за три дня до возвращения Романова и перенесения останков царевича в столицу.

Коронационные торжества, по словам очевидцев, прошли «в присутствии более черни, чем благородных», и без особой пышности.

В соборе священнодействовал не патриарх, а новгородский митрополит Исидор, которому помогал Пафнутий. Исидор надел на царя крест святого Петра, возложил бармы и царский венец, вручил скипетр и державу. При выходе из собора царя Василия осыпали золотыми монетами.

По традиции любая коронация сопровождалась щедрыми царскими пожалованиями. Однако Василий Шуйский скупо жаловал думные чины и деньги. Дворяне были недовольны этим, и за Шуйским прочно утвердилась репутация скупца. Конечно же, царь Василий избегал денежных трат в силу необходимости. Ему поневоле пришлось довольствоваться скромной коронацией и сократить денежные раздачи.

Отставка Филарета была встречена в столице с неодобрением. Смута ширилась, и церкви нужен был авторитетный руководитель, который мог бы твердой рукой повести за собой разбредшуюся паству. В конце концов царь Василий остановил свой выбор на казанском митрополите Гермогене. Ровесник царя Ивана IV, Гермоген пережил четырех царей, из которых по крайней мере двое побаивались упрямого и несговорчивого пастыря.

В дни междуцарствия после смерти царя Федора Борис Годунов надолго задержал митрополита в Казани, чтобы воспрепятствовать его участию в царском избрании.

Владыка один не побоялся открыто осудить брак Лжедмитрия I с католичкой Мариной Мнишек, за что был сослан. Царь Василий мог не сомневаться в том, что Гермоген решительно поддержит его в борьбе со сторонниками Лжедмитрия. Ко времени занятия патриаршего престола Гермогену исполнилось 75 лет. Он достиг глубокой старости.

О жизни Гермогена известно не много. Происходил он, видимо, из посадской среды. В Вятке сохранилась икона с записью о том, что этой иконой патриарх Гермоген в 1607 г. благословил «зятя своего Корнилия Рязанцева», посадского человека с Вятки. Оставив семью, будущий иерарх бежал в дикое поле. Поляк Александр Гонсевский, хорошо знавший владыку, имел письменное свидетельство о нем одного московского священника. По словам священника, Гермоген пребывал «в казаках донских, а после — попом в Казани».

Казаки выдвинули из своей среды многих известных деятелей Смуты, к которым следует отнести и патриарха.

Какое-то время Ермолай (Ермоген) провел в походах и войнах. Первое упоминание о Гермогене как священнослужителе относится ко времени, когда ему было 50 лет. Тогда он был попом одной из казанских церквей. Этот факт имеет документальное подтверждение.