Деятельность русского военного командования в занятом Илийском крае была многопланова и разнообразна. Прежде всего были созданы и обеспечены условия для нормальной хозяйственной деятельности, торговли, развития сельского хозяйства и предпринимательства.

Стремясь к упрочению своего влияния в Илийском крае, русские власти направляли туда специалистов-медиков, инженеров, учителей, агрономов, которые быстро завоевали расположение местного населения и тем самым способствовали приобщению его к русской культуре. Крепли и развивались связи местного приграничного населения России и населения Илииского края.

Вскоре после занятия Илииского края цинское правительство предложило царскому правительству провести переговоры о возвращении этого края в Китай. В Петербурге отнеслись к этому предложению с пониманием и пошли навстречу китайскому предложению. Для ведения соответствующих переговоров по «принятию» края китайское правительство уполномочило илийского цзянцзюня Жун Цзюаня. Российское правительство направило в Сер-гиополь (Аягуз) генерала Богуславского.

Российский посланник в Пекине А. Влангали получил из Петербурга указания предупредить цинское правительство о двух русских предварительных условиях — возвращение Илииского края состоится только в том случае, если Жун Цзюань «1) будет снабжен достаточною вооруженною силой для вступления в фактическое обладание краем; 2) привезет амнистию всем жителям или замешанным в дунганском восстании».

Аналогичные указания содержались в утвержденной российским императором 16 марта 1872 года инструкции генералу Богуславскому.

8 мая 1872 года в Сергиополе начались переговоры между двумя посланниками. Цзянцзюнь Жун Цзюань заявил, что прибыл на переговоры, имея полномочия взять на себя власть в Илийском крае, однако войск у него нет. В этой ситуации генерал Богуславский, выполняя волю императора, вынужден был отклонить настойчивые попытки цинского представителя утвердить свой авторитет. Переговоры в Сергиополе были прерваны.

Между тем цинские власти, оправившись после тяжелых поражений от рук повстанцев в Синьцзяне, мобилизовали и собрали достаточные силы для ликвидации повстанческого движения в Северо-Западном Китае. Руководство карательной экспедицией цинских войск на запад было поручено генерал-губернатору провинций Шэньси и Ганьсу Цзо Цзунтану, одному из самых решительных и безжалостных военачальников цинской армии, «отличившемуся» в подавлении тайпинского восстания.

Первоначально действия китайских войск развернулись в приграничных районах провинций Ганьсу и Синьцзян, но уже весной 1875 года китайские войска вошли в Синьцзян.

Повстанческая армия Якуб-бека не могла противостоять организованной военной силе Пекина: один за другим населенные пункты Джунгарии оказываются в руках Цинов. Вторгшиеся в Синьцзян китайские войска наводят «порядок» самыми жестокими методами, не останавливаясь перед широкомасштабным уничтожением местного уйгурского и дунганского населения.

В критический момент борьбы — в июне 1877 года — Якуб-бек неожиданно умирает. Потеря яркого, авторитетного национального лидера катастрофическим образом сказалась на судьбе повстанческого движения в целом. К концу 1877 года положение Джеты-Шаар стало критическим. Новый правитель Бек Кулибек не смог сплотить и повести за собой народные массы. Военное давление Цинов было непропорционально мощным — военные отряды Джеты-Шаар были полностью разгромлены.

С остатками своих верных отрядов Бек Кулибек перешел на территорию России в Ферганскую область. Вместе с ним от преследования и репрессий цинских властей в пределы Ферганской и Семиреченской областей Российской империи бежало более 10 тысяч населения.

Китайские войска при подавлении народно-освободительного движения в Синьцзяне прибегли к самым жестоким репрессиям. По словам очевидцев, «все постройки сжигались, скот и имущество подвергались разграблению, жители без различия пола и возраста убивались. Везде валялись трупы и лилась рекой кровь».

Требуя от русских властей выдачи одного из вождей дунган — Баян-Ахуна, цинские сановники открыто похвалялись, что в течение двух лет карателями было убито более 100 тысяч повстанцев.

После подавления восстания в Синьцзяне правительство Цинской империи вновь предложило русскому правительству вывести войска из Илийского края. Переговоры начались в Петербурге в начале 1879 года и продолжались несколько месяцев.

20 сентября 1879 года в Ливадии был подписан Договор об уточнении границы между Россией и Китаем и порядке вывода русских войск. В статье I договора российская сторона соглашалась «на восстановление власти китайского правительства в Илийском крае, временно занятом русскими войсками с 1871 года». В статье VII определялось, что «западная часть этого края и долина реки Текес отходят в овладение России для поселения в них жителей Илийского края, которые пожелают принять российское подданство».

В статье VI было зафиксировано обязательство правительства Цинской империи уплатить российскому правительству суммы в 5 млн. металлических рублей на покрытие издержек, которые потребовались на занятие русскими войсками Илийского края с 1871 года, а также на удовлетворение разных денежных претензий русских подданных.

Ливадийский договор предусматривал также амнистию всем жителям Илийского края, порядок перехода их в российское подданство, право русских подданных на недвижимую собственность в этом крае, порядок передачи управления краем, учреждение русских консульств в ряде китайских городов и порядок сношения их с местными властями, право подданных Российской империи на ведение торговли на китайской территории. Договором также уточнялась граница России с Китаем на ряде участков.

Этот договор, однако, не был ратифицирован цинским императором. Под влиянием провокационной деятельности англичан, крайне заинтересованных в ослаблении позиций России в Центральной Азии, цинское правительство стало открыто выступать против России, высказываться за объявление войны России и предприняло ряд мер, направленных на подготовку к войне.

Россия ответила тем же. На пограничных рубежах с Цинской империей было увеличено количество войск. На Дальний Восток была отправлена военная эскадра под командованием адмирала Лесовского.

И все же ни русская, ни китайская стороны не были заинтересованы (и не были готовы!) к большой войне. В конце концов конфликтная ситуация была передана на суд дипломатов — летом 1880 года в Петербург прибыл для переговоров уполномоченный цинского правительства, бывший китайский посланник в Лондоне Цзэн Цзицзэ.

Российскую делегацию на переговорах по передаче Китаю Илийского края возглавил управляющий Министерством иностранных дел Н. Гире и чрезвычайный посланник и полномочный министр в Китае Е. Бютцов[3].

В общей сложности переговоры велись почти семь месяцев. Китайская сторона настаивала на полном возвра-щении Илийского края, в то время как русская сторона требовала определенных территориальных изменений, основывая свою позицию положениями Ливадийского договора. И все же компромисс был достигнут. 12 февраля 1881 года договор был подписан, а вскоре и ратифицирован обеими сторонами. 7 августа в Санкт-Петербурге состоялся обмен ратификационными грамотами.