Другой проект Эрнста Шефера был связан с коневодством. Еще во время второй экспедиции он очень внимательно изучал живущих на воле лошадей. После начала войны с Советским Союзом тибетологу представилась возможность попробовать себя в роли зоолога-селекционера: нужно было вывести новую породу лошадей, не восприимчивую к суровым русским зимам.

По этой теме сохранилось не очень много материалов. Большинство из них вышло из стен Института военно-научных целевых исследований, созданного при «Аненербе». Некоторые документы были адресованы Главному хозяйственно-экономическому управлению СС, которым командовал Освальд Поль. Одновременно с этим Эрнст Шефер поддерживал контакты с Рудольфом Брандтом, который помогал ему подбирать необходимых ученых и специалистов.

Опыты по селекции предпринимались в 1942–1943 годах. При этом Шефер делал ставку на монгольских лошадей и лошадей Пржевальского. Где осуществлялись работы по селекции, можно установить лишь приблизительно, но известно, что речь шла об оккупированных восточных территориях. В 1944 году, в условиях отступления немецкой армии на запад, Эрнст Шефер принял решение перевести всех лошадей на конезавод в Познани. Оттуда они должны были отправиться в Венгрию, где уже было подготовлено три специальных предприятия.

Еще одним крупным проектом Эрнста Шефера стал фильм, выпущенный по итогам третьей экспедиции. Во время путешествия Эрнст Краузе снимал почти каждый шаг на портативную кинокамеру. Сразу же после возвращения возникла идея создать из отснятых материалов (более 50 часов) документальный фильм, который способствовал бы повышению общественного интереса к Тибету.

Осенью 1939 года киноматериалы были переданы в берлинскую фирму «Тобис Фильм» на проявку и обработку. Шефер был заинтересован в быстром выходе фильма на экраны хотя бы из меркантильно-финансовых соображений, но лента предварительно должна была пройти цензуру.

Всю последующую историю создания фильма можно проследить по переписке, шедшей между Эрнстом Шефером и Рудольфом Брандтом, начальником персонального штаба рейхсфюрера СС. С самого начала им было ясно, что нет возможности сохранить работы над киноматериалами в тайне. В итоге Брандт предупредил Гельмута Шрайбера, возглавлявшего «Тобис Фильм», что не должно быть ни одного официального упоминания о киноленте до тех пор, пока рейхсфюрер СС лично не даст приказ провести премьеру. В тайне должна была сохраняться не только работа Шрайбера: в конце января 1940 года Гиммлер издал директиву, в которой требовал согласовывать с ним лично текст всех публикаций и докладов, посвященных тибетской экспедиции. В итоге во время разработки проекта института Свена Гедина сведения о третьей тибетской экспедиции Эрнста Шефера ограничивались общими декларациями и заявлениями о ее сенсационности. Однако во всех публикациях чувствовался дефицит фактического материала. Кое-где мельком упоминалось, что участники экспедиции планируют подготовить фильм, но ни о дате, ни о приблизительном содержании никто ничего не мог сказать. Шеферу приходилось вести себя очень осторожно, так как его постоянно приглашали на различные радиопередачи, предлагали дать интервью, просили написать статью или прочитать доклад. После консультаций с Гиммлером тибетолог почти во всех этих случаях отказывался от всех заманчивых предложений.

Понятно, что такой запрет больно ударял по самолюбию ученого. Так, например, Брюссельское энциклопедическое общество весной 1940 года пригласило Эрнста Шефера сделать доклад о прошедшей экспедиции и запланированных на будущее исследованиях. Шефер тут же проинформировал рейхсфюрера СС о поступившем предложении. Несмотря на то, что не было официального запрета на чтение докладов за рубежом, Гиммлер попросил исследователя сказаться больным и вежливо отклонить приглашение. В итоге Рудольф Брандт передал в Брюссель следующую информацию:

К великому сожалению, в настоящее время д-р Шефер страдает тяжелой болезнью глаз, для лечения которой он направлен в мюнхенскую клинику. По данной причине подготовка доклада временно невозможна.

Для пущей правдоподобности тибетолог должен был найти какое-нибудь глазное заболевание, широко распространенное на Востоке. Даже в этой ситуации Генрих Гиммлер хотел, чтобы все выглядело реалистично. В итоге, к великому сожалению Шефера, широкая публика так и не узнала о сути его исследований. Возможно, в подобные минуты Шефер жалел, что находился под патронажем рейхсфюрера СС.

Несмотря на строжайший запрет сообщать любые сведения о готовящемся документальном фильме, весной 1940 года произошла утечка. В одной из гамбургских газет появилась заметка, в которой сообщалось, что на студии «Тобис Фильм» монтируется кинолента, посвященная тибетской экспедиции СС под руководством Эрнста Шефера. Гиммлер пришел в ярость. 12 марта 1940 года он написал Шеферу и вновь потребовал сохранять секретность.

Именно в это время готовилась масштабная военная операция в Тибете. Сохранение в тайне факта подготовки фильма обретало военно-тактическое значение, став мерой предосторожности против действий британской разведки.

Эрнст Шефер отказался брать на себя ответственность за утечку информации. Тогда Гиммлер запретил Гельмуту Шрайберу заниматься фильмом: он опасался, что могут произойти и другие утечки. Рудольф Брандт направил в «Тобис Фильм» уведомление, что информация о тибетском фильме секретна, поэтому сотрудники кинофирмы несут ответственность за соблюдение мер предосторожности. В ответ Шрайбер не выдержал и прояснил ситуацию. Оказывается, информация в газету попала после доклада в узком кругу, который Шефер делал в Гамбурге. Тибетолог получил строгий выговор.

В июне 1940 года Эрнст Шефер направил Рудольфу Брандту первый отчет о деятельности возглавляемого им отдела «Аненербе». В нем тибетолог подробно описывал работу над фильмом, а также принципы взаимодействия его отдела с «Тобис Фильм». На тот момент в фильме отсутствовал только синхронный звук и музыкальный фон. В целом из представленного материала получался полнометражный научно-популярный фильм. Не без чувства гордости Шефер приводил слова Гельмута Шрайбера, что это «не просто хороший фильм, а достижение, лучшая немецкая лента». Также тибетолог сообщал, что кинолента будет готова к прокату в октябре 1940 года. Для начала ее демонстрации требовалось только разрешение рейхсфюрера СС. Кроме того, Шефер подчеркивал, что было бы неплохо подготовить специальную пропагандистскую статью, посвященную тибетскому фильму.

Шефер полагал, что показ фильма стимулирует волну общественного интереса к Центральной Азии, а это в свою очередь станет предпосылкой для более активного финансирования его отдела в составе «Аненербе» и поддержки других инициатив. Гельмута Шрайбера интересовала касса, которую при правильной подаче мог собрать этот фильм. Но директива, поступившая от Гиммлера, перечеркнула надежды обоих. Шеф СС в очередной раз запрещал привлекать внимание государственных органов и европейской общественности к проблемам Тибета.

После изучения отчета Брандт вновь обратил внимание Шефера на сохранение полной секретности:

Позаботьтесь, пожалуйста, о том, чтобы ни из-под Вашего пера, ни из-под пера какого-либо участника Вашей экспедиции не появлялись статьи и материалы, которые не были бы согласованы с рейхсфюрером СС. Рейхсфюрер СС считает недопустимым, чтобы наши враги смогли установить связь между путешествием д-ра Шефера в Тибет и возможностью повторения экспедиции в данный регион с военными целями. По этой причине фильм не может появиться в ближайшее время в прокате. Как только рейхсфюрер посчитает, что пришло время, он тут же воспользуется Вашими предложениями насчет организации рекламы фильма. До этого момента Вы не должны распространяться о киноленте ни среди знакомых, ни среди работников газет. Рейхсфюpep с нетерпением ждет закрытого кинопоказа, который вы должны провести для него после монтажа ленты.