Первым делом Манухин предпринял попытку прекратить забастовку. По его указанию на прииске были развешаны объявления, призывающие людей выйти на работу и тем самым «облегчить расследование». Сам Манухин в разговоре с членами правления «Лензото» признался, что обращение к рабочим с просьбой начать работу, хотя бы временно, было с его стороны тактическим шагом, так как он «не заблуждался относительно дальнейших намерений буйного элемента», но все же надеялся, что большинство рабочих прислушаются к его призыву и «не поддадутся дальнейшей агитации».

Однако рабочие вначале на эту уловку не попались. Тогда в уговоры активно включились адвокаты. Рабочий И. Кудряшов вспоминал впоследствии: «Батюшка Александр Фёдорович (Керенский. — Авт.) около нас, феодосийцев, три дня бился на собрании, пока своим слезливым голосом не убедил большинство выйти на работу».

10 июня работа на приисках возобновилась. Комиссия Манухина предложила выработать новый договор администрации с рабочими. Вскоре проект был готов, но рабочие отказались его подписывать и потребовали своего вывоза из края. Манухин и администрация «Лензото» вынуждены были принять это предложение. Эвакуация рабочих с приисков началась 4 июля и продолжалась в течение месяца. К 5 августа Ленский край покинули свыше 8 тысяч рабочих с семьями. Перед отъездом рабочим дважды пытались навязать принятие резолюции о «вынесении благодарности» Манухину за расследование и просить его «повергнуть к стопам монарха верноподданнические чувства». Однако это предложение большинством было решительно отвергнуто.

За время своей работы Комиссия Манухина собрала огромнейший следственный материал — несколько десятков томов. Здесь были документы по истории Ленского золотопромышленного товарищества, о его финансово-экономической и производственной деятельности, сведения о начале и ходе забастовки, об условиях найма рабочих, расценках, заработной плате, бытовом, медицинском, продовольственном обеспечении населения края и др. Комиссия изучила также все материалы о привлечении рабочих к судебной и административной ответственности, о штрафах и взысканиях (производства мировых судей, прокурорского надзора и т. п.). Были собраны многочисленные заявления и жалобы рабочих на обсчеты при выдаче заработной платы, на плохие условия труда, антисанитарное состояние жилищ, снабжение недоброкачественными товарами. Комиссия допросила сотни лиц, так или иначе причастных к забастовке и расстрелу рабочих: членов правления «Лензото», рабочих, служащих, членов их семей, офицеров и солдат воинской команды.

Председатель Комиссии С. С. Манухин работал очень интенсивно, лично беседовал с рабочими, изучал материалы, вел большую переписку с председателем Совета министров, Министерством юстиции и другими ведомствами по всем возникавшим вопросам. Однако должной решительности по привлечению к уголовной ответственности виновников расстрела рабочих он не принял, что значительно снизило эффективность проведенных мероприятий и вызвало справедливое недоверие к нему со стороны рабочих.

Комиссия Манухина покинула Ленские прииски 5 июля и продолжала свою работу в Иркутске. Там сенатор вынес постановление о возбуждении уголовного преследования в отношении жандармского ротмистра Н. В. Трещенкова по обвинению его «в преступном бездействии и превышении власти». От своей должности он был освобожден еще иркутским генерал-губернатором Князевым, как только последний узнал о выезде в Ленский край правительственной комиссии.

В конце ноября 1912 года С. С. Манухин представил императору всеподданнейший доклад и подробный отчет о результатах расследования. В нем довольно объективно излагались как обстоятельства забастовки и ее причины, так и последующие события. В докладе подчеркивался «мирный характер общего настроения толпы», шедшей с петицией к прокурору. Вот как описывает Манухин начало расстрела рабочих: «Тульчинский (окружной горный инженер. — Авт.) обратился к собравшимся около него рабочим, настойчиво упрашивая их вернуться в свои казармы или идти другой дорогою. Один из рабочих в это время подал ему прошение от имени рабочих Александровского прииска с ходатайством о прекращении арестов. Бегло просмотрев прошение, Тульчинский снова обратился к толпе, взволнованным голосом умоляя ее вернуться. Находившиеся около него рабочие, часть которых стояли спиной к воинской команде, стали уже выражать готовность исполнить его просьбу, но раздался залп, и вся головная часть толпы, окружавшая Тульчинского, а равно и находившаяся на дороге, легла».

Далее в докладе отмечается, что в момент выстрелов толпа приостановилась в своем движении, что «явствует с несомненностью» из целого ряда показаний как рабочих, так и лиц, наблюдавших со стороны (среди них были, в частности, товарищ прокурора Преображенский и мировой судья Хитун). Все свидетели категорически утверждали, что при первых выстрелах многие рабочие сидели на изгороди и на штабелях, некоторые закуривали.

«После залпа, — писал Манухин, — стрельба прекратилась, и лежавшие, удостоверившись, что солдаты более не стреляют, вскочили и бросились в разные стороны, но в этот момент стрельба возобновилась, причем воинская команда стреляла учащенным огнем, пачками».

Непосредственно командовали солдатами штабс-офицеры Лепин и Санжаренко. Однако сигнал к стрельбе Лепин подал после того, как начальник местной полиции ротмистр Трещенков передал ему полномочия на «рассеяние толпы оружием». Сам Трещенков объяснял это «действиями толпы». На самом же деле, как установил Манухин, рабочие никакой агрессивности не проявляли. Более того, в отчете отмечалось, что раненые и умирающие в ночь на 5 апреля рабочие все до одного заявили, что они шли к Надеждинскому прииску с одной лишь целью — передать прошение товарищу прокурора, и недоумевали, за что же в них стали стрелять. Они утверждали, что ничего, кроме спичек и папирос, с собой не имели. В отчете отражена и такая характерная деталь — на всю трехтысячную толпу на месте происшествия был найден лишь один кривой кинжал.

Хотя преступный характер действий властей был вне всякого сомнения, виновные фактически не понесли никакого наказания, в том числе и сам организатор бойни ротмистр Трещенков.

Власти вполне обоснованно опасались, что на его жизнь может быть совершено покушение, поэтому с большой предосторожностью он был переправлен в Петербург, где жил под фамилией Кашин. Там его прикомандировали к жандармскому управлению, причем он получал не только прежнее жалованье, но и добавочное в размере 2 тысяч рублей. Дело в отношении него всячески затягивалось. Только 6 марта 1914 года следователь направил дело прокурору Иркутской судебной палаты. Здесь оно пролежало еще шесть месяцев, после чего было переслано министру внутренних дел Н. А. Маклакову. Последний не усмотрел в действиях Трещенкова никакого преступления и сумел добиться высочайшего повеления на прекращение дела. Сам Трещенков поступил в действующую армию и в мае 1915 года был убит в бою с австрийцами. По другой версии, его расстреляли в Иркутске в 1920 году.

На докладе С. С. Манухина государь начертал: «Рассмотреть в Совете министров». Такое обсуждение состоялось 17, 24 и 31 января 1913 года и, по выражению председателя Совета министров В. Н. Коковцова, доставил ему«немало хлопот и неприятностей».

Подробная запись об этом была сделана в особом журнале Совета