Трудности с определением существа расхождений приверженцев вышеназванных школ дали основание Г. П. Мещерякову считать произошедшее разделение искусственным, так как «взгляды Д. Ф. Масловского на задачи, содержание, методы военно-исторической науки принципиально не отличались от взглядов Г. А. Леера». Согласиться с подобным утверждением нельзя. Представители двух соперничающих направлений по-разному определяли роль науки в развитии «практического» военного дела, вели жаркие дискуссии о важности материально-технических средств и духовно-нравственных факторов в деле боевой подготовки военнослужащих. В поисках аргументов, подтверждающих собственную правоту, «академисты» и сторонники «русской школы» обращались к событиям военной истории. Анализ их концептуальных высказываний, доводов и используемых примеров позволяет утверждать, что главным пунктом расхождений стал вопрос о возможности создания универсальной военной науки, способной «подвести частные явления под общие законы». Убежденными сторонниками необходимости теоретического обоснования всех аспектов военного дела являлись Г. А. Леер и его последователи. В своих построениях они использовали материалы, полученные в ходе изучения войн и военных конфликтов прошлых веков, но лишь для подтверждения достаточно умозрительных гипотез. Военной истории Леер отводил роль лаборатории военной науки, разработав критико-исторический метод исследования, ставивший цель научного поиска в зависимость от необходимости теоретического определения основных закономерностей военного искусства. Один из его учеников П. А. Гейсман полагал, что «вечные и неизменные принципы» организации вооруженных сил и ведения военных действий «были прежде, суть теперь и будут представлять и впредь нечто иное, как руководящие основания в деле решения вопросов, подлежащих военному искусству, как практическому делу» («Гейсман П. А. Краткий курс истории военного искусства в средние и новые века. Ч. 1. СПб., 1893. С. 1). Далее он писал, что изучение теории и практики вооруженной борьбы должно идти параллельно с исследованием истории развития народов и обществ, в противном случае «неполнота изучения и освещения будет иметь следствием узость взглядов и односторонность или недостаточную многосторонность заключительных выводов». Однако если исходный материал не укладывался в разработанные «академистами» схемы, Гейсман легко отказывался от его использования в своих работах. Так, из второго издания «Краткого курса военного искусства» он исключил все примеры, касающиеся российской истории, объяснив это следующим образом: «Сопоставление генералов русских с западноевропейскими, войн России с войнами других государств и т. п. совершенно бесполезно. На этом пути невозможно добиться сколько-нибудь удовлетворительных результатов, сколько-нибудь определенных выводов». С утверждением Гейсмана не согласился еще один представитель «академической школы» П. О. Бобровский, постоянно обращавшийся к изучению организации вооруженных сил в Московском государстве XVI и особенно XVII вв. Столь пристальный интерес к эпохе, предшествующей коренной перестройке русской армии, начатой Петром I, объяснялся стремлением опровергнуть существующее в науке утверждение о том, что военно-правовые установления первого российского императора имели исключительно иноземный характер, так как он заимствовал лишь то, что могло прижиться в России. В наиболее полном виде взгляды Бобровского представлены в работе «Переход России к регулярной армии», где изложение конкретного материала предваряет весьма характерное заявление автора: «Сопоставляя события отечественной истории с соответствующими явлениями на Западе в переходную эпоху военного искусства, нельзя не заметить неизбежности у нас перелома в устройстве и содержании войск за многие десятки лет до начала великой северной войны». Значительную часть процитированной работы «Переход России к регулярной армии» (СПб., 1885) Бобровский посвятил изучению состава, комплектования, вооружения и обучения армии Московского государства. В отличие от предшественников им были использованы не только нарративные источники, но и официальные документы, опубликованные в многотомных сборниках «Собрание государственных грамот и договоров», «Акты археографической экспедиции», а также «Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до военной науки» Онисима Михайлова и «Учение и хитрость ратного строения пехотных людей». Однако содержавшуюся в источниках информацию Бобровский использовал весьма односторонне, привлекая только факты, свидетельствовавшие о неудовлетворительном состоянии вооруженных сил России в допетровское время.

Основной причиной слабости московской армии он считал иррегулярный ее характер. «Боярский сын, стрелец, пушкарь, — писал Бобровский, — в одно и то же время был и воином и гражданином. По окончании войны помещик — сын боярский, дворянин, складывал свое оружие и обращался в сельского хозяина или чиновника; стрелец или городовой казак принимался за прибыльный для него промысел, или отправлялся торговать за прилавок». Временной являлась и служба «войск позднейшей формации» — полков солдатского, рейтарского и драгунского строя, появившихся в России в XVII в. Несмотря на вооружение военнослужащих этих частей иноземным оружием и обучение их строевым приемам, они, по мнению Бобровского, «не выделялись из остальной массы народонаселения», так как после окончания похода распускались по домам, «в мирной обстановке не отличаясь от поселян и посадских, занимались хозяйством, промыслами, чем могли». Вследствие такой организации службы, они «военного дела не знали». Категоричность формулировок Бобровского приводит к серьезным ошибкам. Нельзя согласиться с заявлением автора о том, что «почти все начальники и офицеры разных родов войск, не исключая и иноземцев, обращались в помещиков». Как правило, поместный оклад получали «немцы», принявшие православие, так как правительство запрещало иноверцам приобретать земли, населенные православными людьми. В архивных документах постоянно упоминаются «поместные» и «кормовые» иноземцы «разных чинов».

П. О. Бобровский обратил внимание на значение службы тяглых людей, в случае большой военной опасности привлекавшихся на помощь дворянскому ополчению, однако сделанный историком вывод грешит прямолинейностью. Он полагал, что «города обороняли служилыми «посадками» (?) или черными людьми, засечные линии — подымными» людьми. В действительности, в случае вражеского нападения в отражении его принимало участие все население близлежащего к атакованному рубежу или городу уезда. Посошные и даточные люди участвовали в военных действиях, включаясь в состав походных ратей.

Представители «русской школы» не разделяли убеждения «академистов» в возможности создания универсальной, единой для всех времен и обществ военной науки, стараясь доказать, что моральное состояние войск, боевой опыт и традиции более важны для военной практики, чем техническое изменение средств вооруженной борьбы. Первостепенную роль в понимании ценности «духовного элемента» сыграли занятия русской историей, показавшие значительные различия в организации вооруженных сил стран Запада и Московского государства. Основоположником нового направления стал профессор Николаевской академии Генерального штаба Д. Ф. Масловский, автор первого академического курса истории русского военного искусства («Записки по истории военного искусства в России». Вып. 1–2. СПб., 1891–1894). Повторив ставшее к тому времени аксиомой утверждение о том, что «Петр Великий резко видоизменил направление военного искусства в России», историк поставил перед собой цель «обратить более серьезное внимание на значение допетровского времени, выяснить коренные особенности русского военного искусства этого периода, историческую подготовку к реформам». Он полагал необходимым выяснить «национальные особенности ведения войны и боя», ибо только так можно было установить степень «участия народа в деле самозащиты и тем облегчить разумное пользование средствами земли, искони готовой отдать все нужное своей национальной армии». Отличительную черту организации вооруженных сил Московского государства Масловский видел в основополагающем принципе устройства русских войск в виде поместной системы, которая, по мнению автора, имела глубокие и прочные корни в русской истории, окончательно сформировавшись к середине XVI в. К поместным войскам Масловский относил дворянскую конницу, городовых казаков, стрельцов, людей «пушкарского чина» и подразделения иноземного строя. При этом он исходил из ложной посылки получения всеми служилыми людьми поместных участков, которые являлись основным видом вознаграждения, в дополнение к которому стрельцы и казаки получали денежное жалованье. Хлебной казной, по мнению историка, жаловались лишь московские стрельцы. Это утверждение Масловского, воспринятое его последователями, в корне ошибочно. Действительно, в составе стрелецких и казацких гарнизонов находилось известное число воинов, несших службу «с земли», но еще больше стрельцов и казаков «служили с денежного и хлебного жалованья». Так, по «Росписи» Стрелецкого приказа 1631 г. земельными участками были «устроены» служилые люди «по прибору» в 27 южных городах. В 33 городах стрельцы несли службу только «с денежного и хлебного жалованья, еще в 8 городах (по преимуществу в южных и юго-западных уездах) часть гарнизона обеспечивалась земельным, другая — денежным и хлебным жалованьем. Стрельцы, находившиеся в Москве, Пскове, Ярославле, Костроме, Великом Новгороде, Вязьме, Переяславле-Рязанском земельных дач не получали. Как видно из сохранившейся «Росписи», говорить о стрельцах и городовых казаках как о «поместном войске» не приходится, да и хлебное жалованье получали не только московские, но и городовые стрельцы и казаки, но в значительно меньших размерах по сравнению с воинами столичного гарнизона.