В то же время первый опыт эксплуатации ЮГ-1 выявил ряд недостатков. Текли баки, заедали бензопомпы, работавшие от ветрянок, лопались масляные трубки, подтекали радиаторы, закрепленные слишком жестко, пронашивались пятки костылей, лопались хомуты крепления глушителей, текли бензокраны, выходили из строя приборы, отказывало освещение кабин, целлулоид в окнах трескался и коробился, Экипажи отмечали непригодность системы внутренней связи.

Много претензий было связано с вооружением. Две верхние установки закрывались частично остекленными целлулоидными колпаками. Из эскадрильи докладывали: «Чересчур мутный целлулоид не позволяет без вращения башни вести наблюдение». С этим недостатком справились просто — постепенно выбили все целлулоидные пластинки, а затем срезали и каркасы башен, сделав турели открытыми. Судя по фотографиям, это произошло где-то осенью 1927 г. Кроме этого, имелись нарекания на перекос направляющих турелей, из-за чего их трудно было провернуть, малый размер подножек для стрелков в башнях. Особые претензии выдвигались по нижней «башне В». Стрелки жаловались, что в ней сильно задувает, а в шубе (являвшейся в то время зимним обмундированием летного состава) и даже в куртке работать в ней очень неудобно. Указывалось также, что из всех трех точек обстрел вперед весьма ограничен.

Отмечалось неудачное расположение бомбового прицела «Герц». Трехмоторная компоновка не давала разместить штурмана-бомбардира (тогда писали — бомбометчика) в носовой части фюзеляжа. Чтобы обеспечить ему хоть какой-то обзор вперед-вниз, его вместе с прицелом расположили в «башне В». Но она являлась выдвижной и в полете вибрировала. Вместе с ней трясся и прицел. Только втянув башню в фюзеляж, можно было добиться приемлемого для бомбометания состояния, но тогда резко ухудшался обзор.

Немецкий бомбосбрасыватель у нас признали совершенно непригодным. Новую конструкцию предложил мастер Щербаков с завода ГАЗ № 1. По его предложению один самолет ос настил и в Москве девятью советскими бомбодержателями Дер-ббис и тремя новыми сбрасывателями. Переделку испытали, одобрили и отправили машину в Троцк.

Вслед за ним туда отправился и Щербаков, чтобы руководить переоборудованием остальных самолетов.

Уже в августе 1927 г. 57-я эскадрилья приняла участие в маневрах Красной армии. Самолеты вели разведку и имитировали налеты на части условного противника. При этом летали и ночью. 11 августа при возвращении с ночной разведки один из «юнкерсов» задел на посадке верхушки деревьев и потерпел аварию. Обошлось без жертв, никто из экипажа даже не был ранен, но самолет пришлось везти в Москву на капитальный ремонт.

С ноября 1927 г. ЮГ-1 начали пополнять 55-ю эскадрилью, ранее вооруженную «Голиафами». Готовился переход на новые штаты. Теперь эскадрилья должна была иметь по два отряда по четыре тяжелых самолета в каждой.

Авария ЮГ-1 из 57-й эскадрильи в районе Троцка (Гатчины), август 1927 г.

Ожидавшееся поступление отечественных тяжелых бомбардировщиков задерживалось, и пришлось вновь обратиться к фирме «Юнкерс». 17 ноября 1927 г. с ней подписали договор о покупке восьми ЮГ-1 по 60 тысяч долларов за каждый. Самолеты этой партии отличались установкой советских турелей Тур-6 бис (открытых), радиостанциями «Телефункен» вместо «Маркони», упрочненными бензобаками, усиленным креплением глушителей и электрогенераторов.

Самолеты третьего заказа, как и предыдущие, собирались в Лимхамне. Заказ состоял из двух серий по четыре машины. Прибытие самолетов в СССР ожидалось к I января 1928 г., но фирма несколько запоздала. Предварительная приемка в Швеции завершилась только 14 января. На следующий день из Мальме ушел пароход «Леонид Красин», увозя первые бомбардировщики в нашу страну. Везли их довольно странно — вместо того, чтобы напрямую доставить в Ленинград, где планировали вести сборку, самолеты 22 января выгрузили в Мурманске, а уже оттуда отправили в Ленинград по железной дороге. Лыжи и запасные части отгружали напрямую из Дессау.

Все восемь машин на этот раз прибыли в СССР без вооружения. Его монтировали в Филях. «Юнкерсы» получили по 12 бомбодержателей Дер-ббис, девять кронштейнов под установку Дер-5бис и три бомбосбрасывателя Сбр-8 (Щербакова). Под этот стандарт постепенно подогнали и ранее полученные бомбардировщики.

В августе 1928 г. 55-ю эскадрилью привлекли к маневрам на Украине. Четыре ЮГ-1 и два Р-1 вошли в состав сил «синих». Из Гомеля они совершали ночные налеты на железнодорожные узлы Бахмач, Кобыжин, Носовка, Нежин и аэродромы условного противника. Посадку в темноте проводили, обозначая посадочные площадки светом керосиновых фонарей. На этих маневрах также впервые использовали для этой цели прожектора, которые работали и как световые маяки.

«Юнкерсы» обеспечивали и дальнюю разведку «синих». По окончанию учений ЮГ-1 совершили групповой перелет по маршруту Одесса— Киев— Витебск— Гатчина, причем часть пути самолеты шли без видимости земли, по приборам.

До поступления отечественных бомбардировщиков ТБ-1 трехмоторные машины «Юнкерса» являлись самыми мощными боевыми самолетами ВВС РККА. Они единственные могли нести бомбы весом в три и пять пудов (о старых десятипудовых даже и не заикались).

Осенью 1928 г. обе тяжелые эскадрильи перебазировали на аэродром Кречевицы под Псковом. Тяжелобомбардировочная авиация тогда была весьма немногочисленна: в январе 1929 г. она начитывала всего 14 самолетов. Из этого числа 55-я эскадрилья имела шесть ЮГ-1 и три ФГ-62, а 57-я — пять ЮГ-1. «Голиафы» были сильно изношены и использовались уже только как учебные самолеты. Основную ношу боевой подготовки несли «юнкерсы».

И «фарманы», и ЮГ-1 подвергались в СССР доработкам по результатам эксплуатации. В феврале 1929 г. и те, и другие получили храповики на втулках винтов для запуска моторов с помощью автостартера. На «Голиафах» усилили баки и поставили советские пропеллеры производства завода ГАЗ № 8. На немецких самолетах с ноября 1928 г. стали ставить более прочные лыжи конструкции Лобанова, изготовлявшиеся тем же ГАЗ № 8.

Личный состав отряда особого назначения во главе с командиром С.А. Шестаковым (который позже слетал в США на «Стране Советов») у ЮГ-1.

Осенью 1929 г. 55-я эскадрилья полностью перешла на «юнкерсы», а ФГ-62 передали как учебные эскадрильям формируемой 11-й авиабригады в Воронеже. Последний раз их использовали в маневрах на Украине в январе 1930 г. Из двух самолетов, прибывших в Харьков, один совершил два транспортных полета для перевозки комсостава.

ЮГ-1 ненадолго стал единственным типом тяжелого бомбардировщика в ВВС РККА. Несмотря на недостатки, общая надежность немецких машин была выше, чем у многих отечественных машин и значительно выше, чем у «Голиафов». В 1930 г. 55-ю и 57-ю эскадрильи признали лучшими по безаварийности полетов в Ленинградском военном округе. Но в том же году ВВС РККА получили первые отечественные бомбардировщики ТБ-1, на которые начали поспешно перевооружать тяжелобомбардировочные части.