На глазах халифа-имама ал-Мустансира, правившего почти 60 лет, империя Фатимидов претерпевала многочисленные внутренние изменения, а со временем окончательно пришла в упадок. Расовое соперни чество в фатимидской армии служило основным источником волне ний в Египте. Фракционная борьба формирований берберов, тюрок выходцев из Дайлама и Африки началась в 454/1062 году, когда вой ска Фатимидов вступили в открытые столкновения между собой близ Каира. Позднее, когда Насир ад-Давла, начальник победоносных тюрк ских войск, восстал против ал-Мустансира, в хутба и в Александрии; других местах Нижнего Египта стали упоминать Аббасидов. Тем временем Египет лихорадили волны непрекращавшегося кризиса, население страдало от нехватки продуктов и голода, вызванных низким уровнем воды в Ниле на протяжении 7 лет (457–464/1065—1072). Жестокость тюркских войск привела в конечном счете к воцарению в стране беззакония и анархии. В 461/1068-1069 году фатимидские дворцы и библиотеки Каира были разграблены непокорной тюркской гвардией.

Начавшийся хаос вынудил ал-Мустансира призвать на помощь Бадра ал-Джамалн, армянского генерала, состоявшего на службе у Фатимидов в Сирии. Бадр прибыл в Каир в 466/1074 году и усмирил тюркский бунт армянскими войсками. Вскоре он сосредоточил в своих руках политическую власть, поскольку принял руководство гражданкой, судебной и религиозной администрациями, в дополнение к тому, что являлся «военачальником армий» («амир ал-джуйуш») — наиболее известный его титул. В самом деле, в течение своего долгого правления в качестве везира (около 20 лет) Бадр являлся фактическим правителем государства Фатимидов, и, в основном, его усилиями в Египте воцарился мир и относительное процветание, пришедшееся на последние годы правления ал-Мустансира. Несмотря на то, что Бадр пытался восстановить власть Фатимидов в Сирии и Палестине, они всё же уступили эти регионы, вновь сдав их нахлынувшим тюркским войскам. В 471/1078—1079 году Дамаск стал столицей княжества Сель-йжуков, расположенного в Сирии. К концу правления ал-Мустансира от прежних фатимидских владений в Сирии и Палестине оставались только Аскалон и несколько прибрежных городков, таких как Акра и Тир. В Северной Африке к тому времени владения Фатимидов свелись к собственно Египту.

Бадр ал-Джамали, основатель могущественной династии фатимидских везиров, умер в 487/1094 году, передав по наследству свою должность сыну ал-Афдалу. Несколько месяцев спустя в зу-л-хиджжа 487/ декабре 1094 года в Каире умер Абу Тамим Ма'адд ал-Мустансир Би'ллах, восьмой халиф и восемнадцатый исма'илитский имам. Спор поводу того, кто станет его наследником, привел к долговременному расколу исма'илитской общины, последствия которого сказывается до сих пор.

Тосле смерти ал-Мустансира в 487/1094 году объединенный исма'илитский да'ва раскололся на два лагеря. Первоначально, следуя шиитскому правилу насс, ал-Мустансир назначил своим наследником старшего здравствовавшего сына, Абу Мансура Низара (437–488/1045—1095). Однако Абу-л-Касим Шаханшах, более известный под титулом ал-. Афдал, который несколькими месяцами ранее наследовал отцу Бадру ал-Джамали, будучи всемогущим фатимидским везиром и «военачальником армий», имел другие виды. Укрепляя собственные диктаторские позиции, ал-Афдал поддерживал кандидатуру младшего сводного брата Низара, Абу-л-Касима Ахмада (487–495/1094—1101), полностью зависимого от него. К этому времени юный Ахмад был уже женат на сестре ал-Афдала. Ал-Афдал действовал достаточно решительно и через день после смерти ал-Мустансира возвел Ахмада на трон Фатимидов с халифским титулом «Ал-Муста'ли Би'ллах». Поддерживаемый фатимидскими армиями, ал-Афдал быстро привлек на сторону ал-Муста'ли сановников фатимидского двора и лидеров да'ва в Каире. Сохранились весьма противоречивые описания этого важного события. Позднее лидеры исма'илитов муста'литов распространяли различные версии того, что произошло, сообщая о предсмертном назначении, декрете, согласно которому ал-Мустансир утверждал ал-Муста'ли своим истинным наследником47. Историки установили, однако, что ал-Мустансир никогда не отменял наследных прав Низара и что ал-Муста'ли был возведен на трон Фатимидов лишь благодаря махинациям ал-Афдала, совершившего дворцовый переворот. Это объясняет, почему Низар отказался смириться с притязаниями ал-Афдала и бежал в Александрию, где в начале 488/1095 года поднял восстание.

В Александрии Низар заручился значительной поддержкой ряда военных подразделений, подавленных Бадр ал-Джамали. Вместе с истинным наследником трона выступили правитель города и местный исма'илитский кади. Вскоре после этого Низар был объявлен халифом под титулом «Ал-Мустафа ли-Диналлах» и получил поддержку жителей Александрии. Провозглашение Низара как халифом, так и имамом в Александрии подтверждается обнаружением в 1994 году золотого динара, отчеканенного в 488/1095 году. Эта уникальная находка хранится ныне в нумизматическом собрании библиотеки Института исследований исма'илизма в Лондоне. Поначалу Низар пре успевал в своих столкновениях с силами ал-Афдала. Однако к концу 488/1095 года ал-Афдал выступил против Низара, чья коалиция тем временем распалась, и последний был вынужден сдаться. Низара переправили в Каир и там казнили.

Спор по поводу наследства ал-Мустансира надолго расколол исма'илитов на два враждующих лагеря, позднее ставших известными как низариты (низари) и муста'литы (муста'ли). Имамат ал-Муста'ли, установленный в халифате Фатимидов, был признан официальным истеблишмснтом да'ва в Каире, исма'илитскими общинами Египта, Йемена и Западной Индии. Всё это были исма'илиты, зависевшие от Фатамидов. Ведя имамат от потомства ал-Муста'ли, они сохранили свои отно шения с Каиром, служившим с этого времени штаб-квартирой исма'илитского муста'литского да'ва.

На востоке, где Фатимиды утратили политическое влияние, ситуация сложилась совершенно иначе. К 487/1094 году Хасан ас-Саббах возглавил исма'илитов Персии. Во владениях Сельджуков ответственность за поддержку одной из сторон в низаритско-муста'литском конфликте легла на Хасана, который, не колеблясь, встал на сторону Низара. Фактически Хасан основал независимый низаритский да'ва, разорвав связи с государством Фатимидов и штаб-квартирой да'ва в Каире. Вся община исма'илитов Персии и Ирака поддержала Хасана в этом решении. Низар имел сторонников в Египте, но они были быстро подавлены ал-Афдалом. Первоначальная реакция сирийских исма'илитов на споры о наследовании остается неясной. В Сирии были представлены обе фракции, несмотря на сравнительно небольшую местную исма'илитскую общину. Основная масса сирийских исма'илитов, имея прежде тесные связи с центральным правительством, первоначально, возможно, одобрила развитие ситуации в Египте, признав ал-Муста'ли. К 510/1120-м годам, однако, муста'литская исма'илитская община Сирии сравнялась по численности с постоянно растущей общиной низари и со временем была поглощена ею. Исма'илиты Центральной Азии длительное время, как кажется, не были вовлечены в низаритско-муста'литский раскол. Намного позднее в аламутский период исма'илиты Бадахшана и других областей Центральной Азии открыто продемонстрировали свою приверженность низаритскомуда'ва.