Белецкий выхлопотал опальному полковнику перевод в столицу помощником начальника Петроградского охранного отделения, поручив ему наблюдение за Распутиным и его охрану.

В семье Распутина Комиссаров вскоре стал своим человеком, и домочадцы любовно называли его «наш полковник». Распутину, который, по своему обыкновению, заговорил с новым человеком о божественном, Комиссаров предложил бросить эту скучную канитель, а лучше выпить. Такой подход Распутину понравился. В этом отношении Комиссаров, которого по прежней службе в столице знали все владельцы злачных мест, был настоящей находкой. Белецкий договорился с градоначальником, что в наиболее известных ресторанах для Распутина и его компании будут отведены отдельные кабинеты. А для конспиративных встреч с Хвостовым и Белецким наняли подходящее помещение в переулке, выходившем на Фонтанку.

20 января 1916 года царь записал в дневнике: «После чая принял толстого Хвостова. Обедали одни. Григорий посидел с нами часок». Ясно, что Распутин был царю ближе, чем Хвостов.

Император виделся с Распутиным также 26 января, 24 февраля и 23 апреля. Следующая встреча произошла только 21 октября, так как в связи с начавшимся наступлением войск Юго-Западного фронта и последующим вступлением в войну Румынии Николай находился в Ставке. В этот день он записал в дневнике: «Около 10 ч. поехал к Ане – видел Григория; пили вместе чай». Точно так же 26 ноября «вечером сидели у Ани с Григорием до 11 час.».

2 декабря Николай записал: «Вечер провели у Ани в беседе с Григорием». Император не знал, что эта встреча – последняя.

Для охраны Распутина, кроме филеров Петербургского охранного отделения, Комиссаров подобрал отряд из доверенных полицейских чинов. В Царском Селе считали, что жандармы будут охранять Распутина. Однако Хвостов уже собрался ликвидировать «старца». Он открыто говорил Комиссарову о необходимости физического устранения Распутина, но Михаил Степанович не рискнул организовать покушение, понимая, что потом всю ответственность все равно свалят на него как не обеспечившего охрану Распутина. По мнению Белецкого, министр хотел избавиться от компрометирующей зависимости от «старца», о которой все больше говорили в обществе.

Хвостов видел единственный выход в убийстве Распутина, после того как не смог уговорить его уехать из столицы в паломничество по святым местам. Белецкий советовал шефу использовать компромат на Распутина, в том числе с его оскорбительными высказываниями в адрес царской семьи. Товарищ министра вместе с полковником Комиссаровым и начальником Петербургского охранного отделения К.И. Глобачевым срочно подготовил для министра выписки из дневников наружного наблюдения. По утверждению Хвостова, эти материалы были переданы им Николаю II, но не возымели никакого действия. Белецкий же настаивал, что министр побоялся доложить царю компромат на Распутина.

Планируя покушение на Распутина, Хвостов поручил Белецкому общее руководство, а Комиссарову и его отряду непосредственное исполнение. Комиссаров счел эту авантюру слишком опасной для себя, поскольку, независимо от того, удалось бы покушение или провалилось, его неминуемо ждала бы позорная отставка.

После отказа организовать убийство Распутина и последовавшего за этим скандала в марте 1916 года Комиссаров был назначен градоначальником в Ростов-на-Дону. В августе того же года его уволили в почетную отставку в чине генерал-майора по артиллерии.

После Февральской революции Комиссаров был арестован, допрашивался Чрезвычайной следственной комиссией. В тюрьме Комиссаров познакомился с большевиками, попавшими туда после июльского выступления. Когда большевики были освобождены, они попросили заодно освободить и Комиссарова.

В 1920 году Комиссаров отправился в Германию, где выдавал себя за представителя генерала Врангеля и обманом получил от монархистов 100 000 марок. В 1922 году он работал в интересах советского правительства в Болгарии, где имел отношение к проведенным правительством Стамболийского арестам белоэмигрантов.

Комиссаров использовался заграничной резидентурой ГПУ для организации кампании по дезинформации и дискредитации монархического движения. После раскрытия белыми эмигрантами его неблаговидной роли Михаилу Степановичу пришлось уехать из Европы в Америку. Там он опубликовал в 1930 году мемуары. 20 октября 1933 года Комиссаров погиб в Чикаго, попав под трамвай. Не исключено, что в этом ему помог кто-то из советских агентов или, наоборот, из белоэмигрантов, узнавших об истинной роли Комиссарова. Отметим, что коллеги-жандармы характеризовали Михаила Степановича не слишком лестно: «Совершенно беспринципный человек, способный на что угодно, вплоть до убийства мешавшего ему по каким-либо причинам человека, пьяница, развратник, наглец и провокатор…» Эти характеристики Комиссаров вполне подтвердил, сыграв малопочтенную роль советского провокатора в среде русской эмиграции.

Но вернемся к планам покушения на Распутина. Белецкий предложил отравить мадеру – любимое вино Распутина. Комиссаров отправился в командировку в провинцию, привез оттуда несколько пузырьков «яда», сделанного из абсолютно безвредного порошка, позаимствованного полковником из аптечки своей супруги. Еще Комиссаров прочитал Хвостову обстоятельную лекцию о свойствах ядов, вычитанных из учебника фармакологии. Полковник заявил, что опробовал яд на кошке. Хвостов вызвал филера, заранее предупрежденного Комиссаровым, и подробно расспросил его: долго ли мучилась несчастная киска.

В конце концов Хвостов понял, что Комиссаров его обманул. Тогда Алексей Николаевич решил привлечь к организации покушения Иллиодора, находившегося в Норвегии. Связаться с ним Хвостов поручил газетному репортеру Борису Михайловичу Ржевскому-Раевскому, зачисленному по его просьбе платным агентом Департамента полиции. Игрок и мот по натуре, Ржевский был авантюристом и отличался чрезвычайной болтливостью. Он рассказал своей любовнице и знакомым игрокам, что едет с важной миссией в Норвегию. Не успев отъехать несколько верст от Петербурга, Ржевский затеял скандал с пассажирами и был задержан полицией. А жандарму, разбиравшему инцидент, он представился чиновником особых поручений при министре внутренних дел. Разумеется, его миссия тем самым была провалена. Заметим, что кончил Ржевский-Раевский плохо. Он был зарезан в Одессе уголовниками в феврале 1919 года. Осталось неизвестно, то ли он действовал там как агент ЧК, то ли самостоятельно пытался провернуть какую-то авантюру.

Между тем Белецкий решил кинуть своего шефа и перейти на сторону премьер-министра Бориса Владимировича Штюрмера, получившего свое назначение в начале 1916 года с помощью Распутина. На допросе Степан Петрович признался: «… Я хорошо понимал, что Б.В. Штюрмер не примирится с ролью премьера без реальной власти и, как ближайший и любимый сотрудник Плеве, знавший, какими тайниками осведомленности и полнотой власти владеет министр внутренних дел, бесспорно, приложит все усилия к получению еще и портфеля министра внутренних дел. Поэтому я, предвидя борьбу Штюрмера с А.Н. Хвостовым и, оценивши соотношение сил, видел перевес на стороне Штюрмера».

Поэтому Белецкий распорядился арестовать Ржевского-Раевского сразу после его возвращения в Россию. Было установлено, что по распоряжению министра в обход действовавших на военный период правил журналисту выдали крупную сумму в валюте. В квартире Ржевского нашли его письмо Хвостову, которое внесли в протокол. Это прямо компрометировало министра, и Хвостов искренне возмутился: «… Что должны жандармы сделать, найдя письмо, запечатанное на имя шефа жандармов? В зубах они должны доставить его немедленно шефу жандармов, как реликвию оберечь его, а они письмо это вскрыли и приобщили его к делу».