Работников, способных выполнять работу, как черновую, не требовавшую квалификации, так и квалифицированную, непосредственно связанную с постройкой кораблей, не хватало. С завоеванием Азова и строительством флота связано введение новой трудовой повинности; со всей страны были согнаны плотники на верфи и на сооружение Троицкой крепости у гавани в Таганроге. Они оказались в крайне тяжелом положении — без крова в зимнюю стужу и осеннюю слякоть, со скудными запасами сухарей в котомках, они валили лес, пилили доски, расчищали дороги, углубляли фарватер реки, строили корабли. Треть, а то и половина людей, приверстанных к кораблестроению, не выдерживали столь тяжелых условий жизни и спасались бегством. Случалось, бежали все до единого привезенные в Воронеж. Весть об изнурительных условиях работы на верфях достигала уездов, где шла мобилизация работников, и население, дабы избежать этой повинности, разбегалось по лесам. В особенно тяжелом положении оказалось население прилегавшей к Воронежу округи — именно она поставляла основной контингент работников верфей и гавани.

Представление о том, какое количество плотников было необходимо для строительства Воронежского флота, дает штатное расписание, учитывавшее потребность в людях при постройке одного корабля: требовалось иметь одного мастера и одного подмастерья из иноземцев, двух иноземных плотников, двух мастеров-кузнецов из иноземцев, четырех русских кузнецов, 60 плотников «самых добрых, со всякими ж плотничьими снастьми», одного резчика «со всякою снастью», одного столяра, одного лекаря с аптекой и одного живописца или маляра «со всякими красками» — итого 74 человека.

Не подлежит сомнению, что самым трудным делом было укомплектовать штат иноземными специалистами. Их полный комплект отсутствовал во всех «кумпанствах». Во всяком случае адмиралтеец Протасьев в мае 1697 года жаловался Головину, что голландец Франц Тиммерман взял на себя обязательство поставлять мастеров-иноземцев, «но по се число мастеров не поставил ни одного человека». В дальнейшем дело с мастерами несколько выправилось, и Протасьев извещал царя в конце того же 1697 года, что некоторые «кумпанства» уже спустили на воду несколько галер.

Для борьбы с беглецами были приняты крутые меры. Количество беглых отчасти уменьшилось и благодаря средству, предложенному Протасьевым, — введению помесячной смены работников. «И от того, — рассуждал Протасьев) — в деле великая споризма будет и им работникам льготнее, и бегать, мню, что не станут. А то истинно часто бывает, что все уйдут и работы оставят, покамест из городов вышлют, а у меня все дело стоит; и наказание чиним за побег довольное, однакож от того не перестанут».

Воронежское кораблестроение и сооружение гавани и крепости в Таганроге положили начало экстраординарным трудовым повинностям Петровского времени. В последующие годы правительство прибегало к ним столь часто, что остается гадать, из каких источников сельское и городское население черпало ресурсы, чтобы утолить ненасытную жажду казны в деньгах, работниках, рекрутах, подводах для перевозки грузов и т. д.

Обнаружились и технические трудности организации кораблестроения в таком масштабе. В те времена отсутствовала общепринятая теория кораблестроения, и в каждой стране корабли сооружались в соответствии с вековыми традициями и навыками. Именно поэтому приемы кораблестроения в Голландии отличались от английских, а последние — от датских, итальянских или испанских. Сооружение Воронежского флота велось под руководством мастеров разных национальностей, что нередко приводило к конфликтам и недоразумениям: то, что считал правильным датчанин, отвергалось англичанином. А если, например, последнему была предоставлена административная власть, то есть присмотр за несколькими кораблестроителями, то датчанин часто не мог взять в толк, что от него требует англичанин. Мастера вынуждены были, кроме того, поступаться правилами и нарушать хорошо им известные пропорции — дело в том, что корабли предназначались для плавания в море, а сооружались вдали от него, на верфях притоков Дона. Фарватер их даже в половодье исключал возможность продвижения кораблей с глубокой осадкой. Поэтому вынуждены были строить плоскодонные корабли, что уменьшало их мореходные качества, в частности скорость.

Работы выполнялись «кумпанствами» двумя способами: подрядным или хозяйственным, то есть либо заключением контрактов с подрядчиками, в роли которых выступали иностранцы (Франц Тиммерман, Елизарий Избрант, Эндрюс Болдуин и др.), либо артелью русских плотников, организованной населением северных и северо-западных районов, где это ремесло было распространено. Хозяйственный способ кораблестроения возлагал ответственность за своевременную постройку корабля и его оснащения на «кумпанство». В этом случае расходы «кумпанств» становились меньшими, поскольку из них исключалась оплата услуг подрядчиков.

Особую заботу правительство проявляло к обеспечению кораблей! артиллерией. Было решено приобрести в Швеции 600 пушек. Шведский король Карл XI решил преподнести подарок московскому правительству в знак своего участия в борьбе с «неверными» — 300 пушек. Уже после его смерти и восшествия на шведский трон Карла XII пушки были присланы в Нарву, откуда их перевезли в Новгород, затем в Москву и наконец в Воронеж. Эту акцию следует считать отнюдь не бескорыстной: подлинная цель шведской короны состояла в том, чтобы отвлечь внимание России от ее северо-западных границ и намерения вернуть территории, обеспечивавшие ей выход к Балтийскому морю и захваченные Швецией в годы Смутного времени. Кроме того, в Швеции было закуплено 388 пушек, 100 стоп картузной бумаги и 400 пил — «кумпанствам» в целях экономии леса было запрещено обрабатывать доски топорами.

Какова была общая сумма расходов на создание Воронежского флота? Ответить на этот вопрос практически невозможно, ибо на пути исследователя, пытающегося произвести соответствующие расчеты, стоят непреодолимые трудности: главная из них состоит в отсутствии источников с указанием стоимости постройки каждого корабля. Попытка суммировать расходы по типам кораблей тоже бесплодна, ибо даже однотипные корабли имели неодинаковые размеры, оснащение, вооружение, а следовательно, и разную стоимость. Так, за строительство баркалона, по размерам считавшегося вторым после линейного корабля судном, подрядчики брали от 8100 до 9880 рублей, а за баркалон «кумпанства» во главе с князем Яковом Никитичем Одоевским подрядчик Франц Тиммерман взял 5100 рублей. С гостиного «кумпанства» казна запросила по 12 тысяч рублей за корабль, видимо, линейный, и гости согласились уплатить назначенную сумму. Поэтому в порядке прикидки можно назвать приблизительную сумму расходов на сооружение Воронежского флота — не менее полумиллиона рублей. Это немало, если учесть, что доходная часть бюджета страны в 1680 году составляла 2 миллиона 439 тысяч, а в 1701 году — 1 миллион 464 тысячи рублей.

Выше назывался срок готовности Воронежского флота — корабли должны быть спущены в реку Воронеж в период весеннего половодья 1698 года. Предполагалось, что к этому времени на родину из-за границы возвратится Великое посольство и Россия возобновит активные боевые действия против Турции. Но к тому времени внешнеполитическая ситуация коренным образом изменилась. В 1698 году в Карловцах, в Славонии, начал работу международный конгресс, завершившийся подписанием мира между государствами «Священной лиги» (включая Россию) и Османской империей. Вместо борьбы за выход к южным морям предстояло вести борьбу за выход к Балтийскому морю. Это, однако, нисколько не повлияло на продолжение строительства Воронежского флота.