В 1258 году монгольское войско отправилось в поход на Аббасидов. Аббасидский халиф ал-Мустасим сдался так же малодушно, как и Хуршах. После этого он был казнён. Династия, правившая мусульманским миром (по крайней мере, номинально) на протяжении полтысячи лет, прервалась. Монгольская армия 40 дней грабила Багдад. Во время грабежей погибло около 800 000 мусульман. В 1260 году Хулагу захватил принадлежавшие Айюбидам города Дамаск и Алеппо. Вскоре после этого мамлюкский султан Бейбарс нанёс монголам сокрушительное поражение и изгнал их из Сирии. Опустошения, вызванные нашествием монголов, сказываются и по сей день.

Проповедническая деятельность, инициированная Хасаном ас-Саббахом среди сирийских исмаилитов, привела к тому, что европейцы столкнулись с ассассинами уже во время первых крестовых походов. Легендарный Горный Старец, воспетый трубадурами и наводивший страх на королей, был вождём сирийского ответвления ордена.

Подобно Ирану, Сирия отличается сложной топографией. Здесь также есть горные области, идеально подходящие для размещения стратегических крепостей, как было принято у низаритов. Сирийские горы, долины и пустыни также служили прибежищем для сильно отличающихся друг от друга групп населения, хранивших традиции политической независимости и религиозной раздробленности, включая различные еретические секты. Среди них можно выделить друзов, о которых мы говорили ранее, отколовшихся от исмаилитов, соблюдавших верность Фатимидам. Также нужно упомянуть нусейритов, шиитов-экстремистов двунадесятнического толка, которые верили в то, что Али есть Бог, а Мухаммед Пророк его. В нусейритское вероисповедание вошли некоторые элементы валентинианских и манихейских гностических верований. Эта секта была основана в IX веке и существует в Сирии по сей день.

В политическом отношении Сирия созрела для низаритской проповеди. К тому моменту, когда сюда начал засылать своих эмиссаров Хасан ас-Саббах, то есть после 1090 года, сельджукские султаны уже долгое время вели борьбу с Фатимидской империей и захватили власть над большей частью страны. Следует помнить о том, что в 909 году именно в Сирии вышел из своего убежища скрытый имам, явив себя миру и положив начало династии Фатимидов. Это обстоятельство указывает на давнее присутствие в Сирии весьма сильной исмаилитской общины. Появление тюркских войск могло привести только к раздражению местного населения, как это уже произошло в Персии, где власть иноземных захватчиков вызвала бурную волну негодования.

В 1095 году, после смерти сельджукского правителя Сирии Тутуша, брата Малик-шаха, страна оказалась разделена на несколько соперничающих государств, возглавляемых различными сельджукскими князьями. Важнейшими княжествами управляли два сына Тутуша: Ридван в Алеппо и Дукак в Дамаске. Низариты развернули в Алеппо активную деятельность. Первоначальным успехом усилия сирийских низаритов увенчались во многом благодаря поддержке Ридвана. В Алеппо жило много шиитов, приверженцев разных сект, которые по общей численности превосходили суннитское население. До низаритов Ридван поддерживал фатимидского имама ал-Мустали.

В 1097 году на сцене появляются крестоносцы. Орды неверных пронеслись по Палестине, сокрушая всё на своём пути. Деятельность сирийских ассассинов облегчалась слабостью Фатимидов и их неспособностью противостоять как тюркам-сельджукам, так и крестоносцам. Появление последних могло только повысить склонность местного населения прислушиваться к проповеди скрытого низаритского имама.

Однако в то же время аламутские проповедники находились в невыгодном положении. В Сирии низаритские миссионеры, подобно сельджукам и крестоносцам, были чужаками, прибывшими из Персии по приказу Повелителя Аламута. На всём протяжении истории сирийской общины ассассинов её вожди назначались аламутским правителем. Успехи низаритов чередовались с провалами, так что потребовалось почти полстолетия, прежде чем им удалось прочно обосноваться с этой стране, создав плацдарм для дальнейших действий.

Вторжение крестоносцев вызвало распри среди местных сельджукских князей, споривших о том, какие земли они способны будут удержать под натиском захватчиков. Союз с низаритами помог Ридвану в борьбе с соперниками. Например, в 1103 году ассассины во главе с Хакимом ал-Мунадджимом, известным под прозвищем Врач-астролог, были обвинены в убийстве Джанах ад-Давлы, правителя Хомса и врага Ридвана.

Первый засвидетельствованный контакт ассассинов с крестоносцами состоялся в сентябре 1106 года. Танкред, князь Антиохии, напал на недавно приобретённый низаритами замок Апаке близ Алеппо. Христиане разгромили низаритов и наложили на секту дань. Танкред захватил нового главного даи Сирии Абу Тахира «Золотых дел мастера» и заставил его внести за себя выкуп. В 1110 году низариты уступили Танкреду ещё часть своей территории. Несмотря на эти потери, сирийские ассассины помогли Ридвану изгнать крестоносцев из некоторых крепостей, чего не сумел добиться в то время больше ни один сельджукский правитель.

После смерти Ридвана в 1113 году к власти пришёл его сын Алп Арслан. Под давлением верховного сельджукского султана Мухаммеда Тапара и идя на поводу общенародных антиисмаилитских настроений, он дал разрешение уничтожить низаритскую общину в Алеппо. Он отдал приказ казнить Абу Тахира и бросить в тюрьму или убить более 200 исмаилитов. Имущество казнённых и пленённых было отобрано в казну. К 1124 году из Алеппо были изгнаны все низариты, сумевшие пережить гонения.

Вторым по важности городом, который низариты стремились превратить в свою сирийскую базу, был Дамаск. Впрочем, секте никак не удалось там закрепиться. Однако в 1125 году низаритские солдаты под началом верховного сирийского даи Бахрама доказали свою незаменимость в борьбе с франками. Сельджукский правитель Дамаска Тугтегин, главный визирь которого, ал-Маздакани, выказывал определённую склонность к низаритам, передал Бахраму пограничную крепость Банияс. Бахрам получил также здание в самом Дамаске, служившее его городской штаб-квартирой. Он немедленно начал укреплять замок Банияс и рассылать проповедников, одновременно проводя военные операции по всей Сирии. Во время одного из таких походов он был убит; его голова и руки были увезены в Каир, а доставившие их люди были щедро вознаграждены Фатимидским халифом.

В 1128 году умер Тугтегин, и в Дамаске поднялась волна антиисмаилитских возмущений, напоминавшая гонения в Алеппо. Сын Тугтегина Бури перешёл в наступление, казнив визиря ал-Маздакани и выставив его отрубленную голову на всеобщее обозрение. Это событие послужило сигналом к резне, в которой погибло около 6000 исмаилитов. Ходили слухи, что ассассины заключили союз с франками и собирались сдать им Дамаск в обмен на Тир. Хотя это было не так, преемник Бахрама ал-Аджами написал Болдуину II, королю Иерусалимскому, письмо, предлагая ему сдать Банияс в обмен на какое-либо убежище, в котором его сторонники могли бы укрыться от своих гонителей-суннитов. Ал-Аджами умер в изгнании у франков в 1130 году. В 1131 году два низарита, посланные из Аламута, убили Бури. Это произошло в тот же период (1130-е годы), когда Бузургуммиду удалось умертвить Фатимидского халифа ал-Амира, тем самым положив конец деятельности в Сирии исмаилитов-мусталитов.