После заключения Кампоформийского мира (17 октября 1797 года) и окончания войны с 1-й антифранцузской коалицией, продолжавшейся 5,5 лет, Лефевр, уже отдавший военной службе 25 лет, подал в отставку, но получил отказ. Военный министр лично начертал на поступившем к нему рапорте «гражданина генерала», что «еще не пришло время выпускать из рук оружие».

Весной 1799 года, когда началась новая война, на этот раз со 2-й антифранцузской коалицией, Лефевр возглавил авангард Дунайской армии (генерал Ж. Журдан). Во главе его он успешно сражался при Гольцкирхене, Нейвиде, Зибене и Бахауптене. Доблестно сражался в сражении при Остерахе (21 марта 1799 года), где в очередной раз был ранен.

В сражении при Штокахе (25 марта 1799 года) с 8-тысячным отрядом выдержал мощный натиск 30-тысячного австрийского корпуса. Но в этом несчастливом для французов сражении Лефевр вновь был ранен. Ранение оказалось тяжелым, и храбрый генерал был вынужден покинуть действующую армию, будучи эвакуирован в глубокий тыл.

Оправившись через несколько месяцев от раны, Лефевр прибыл в Париж, где был принят Директорией с большим почетом и назначен командиром 17-й дивизии, составлявшей парижский гарнизон (август 1799 года). На этом посту он сыграл одну из ключевых ролей в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого был свергнут режим Директории и к власти во Франции пришел генерал Наполеон Бонапарт. До этого времени пути Лефевра и Бонапарта нигде не пересекались, и старый служака не был лично знаком со знаменитым генералом, имя которого тогда было у всех на устах.

Положение Лефевра накануне переворота было таково, что кандидату в диктаторы, каковым по существу являлся Бонапарт, крайне необходимо было заручиться поддержкой командующего столичным гарнизоном или хотя бы нейтрализовать его. От позиции Лефевра зависело очень многое. Он мог без особого труда подавить любое выступление против существующей власти, и Бонапарт это прекрасно понимал. Поэтому его окружение бросило все силы на то, чтобы привлечь на свою сторону Лефевра. Наконец подход к последнему был найден, и Бонапарт приглашает командующего парижским гарнизоном на обед в свою резиденцию — особняк на улице Победы. Здесь корсиканец в полном блеске проявляет свои дипломатические способности и актерский талант. Наговорив генералу кучу любезностей и, добившись его расположения, Бонапарт сразу же переходит в лобовую атаку. «Итак, Лефевр, вы из тех, кто поддерживает Республику. А хотите ли вы, чтобы она погибла в руках всех этих “адвокатишек”? Я призываю вас присоединиться ко мне, чтобы спасти ее!»

С этими словами он снимает с себя привезенную из Египта драгоценную великолепной работы саблю и протягивает ее Лефевру. «Держите! Эта сабля была со мной в сражении при Пирамидах, и я вручаю ее вам как свидетельство моего уважения и доверия!» При виде такого щедрого подарка не раз смотревший смерти в лицо старый вояка до того растрогался, что на его глазах выступили слезы. Приняв от Бонапарта бесценный подарок, он тут же заверил его, что «перетопит всех этих адвокатишек в Сене».

С переходом Лефевра на сторону Бонапарта успех переворота был обеспечен. Директория оказалась беззащитной перед лицом заговорщиков, и ее судьба была предрешена. На следующий день Лефевр предоставил расквартированные в столице и ее окрестностях войска в полное распоряжение Бонапарта. Резиденция Директории — дворец Тюильри — была окружена войсками, а 6 тыс. солдат, возглавляемых Лефевром, двинулись в Сен-Клу, где проходили заседания республиканского парламента (Совета пятисот и Совета старейшин).

В эти решающие дни Бонапарт целиком полагался на Лефевра, располагавшего реальной военной силой. Когда Бонапарт появился в зале заседаний Совета пятисот (нижняя палата парламента), то был встречен бурей негодования. Отовсюду неслись гневные выкрики типа «Смерть тирану!». Генерала никто не слушал, его голос потонул в невообразимом грохоте, поднятом депутатами. Группа наиболее экзальтированных «представителей народа», вооруженных кинжалами, изрыгая проклятия, бросилась к Бонапарту. Еще несколько мгновений — и кандидат в диктаторы, вне всякого сомнения, разделил бы судьбу Цезаря. Но тут на помощь Бонапарту пришел Лефевр, сопровождавший его с группой солдат охраны. С большим трудом возглавляемые им рослые гренадеры, ощетинившись штыками, вырвали растерянного и обескураженного, находящегося в полубессознательном состоянии, Бонапарта из толпы разъяренных депутатов и почти на руках вынесли его из зала.

Приняв самое активное участие в перевороте 18 брюмера, Лефевр, как и многие другие генералы французской армии, искренне верил, что спасает Республику, спасает власть от погрязших в коррупции, воровстве и разврате продажных политиканов «презренных адвокатишек», которых так ненавидела армия, возрождает идеалы, ради которых и свершалась революция.

С приходом Бонапарта к власти Лефевр сохранил свою должность командующего гарнизоном Парижа. Одновременно он исполнял и ряд других поручений Первого консула Наполеона Бонапарта, в том числе участвовал в усмирении волнений, вспыхнувших в некоторых провинциях Франции.

Заслуги Лефевра на посту командующего парижским гарнизоном были высоко оценены Наполеоном, наградившим генерала почетной саблей, а в апреле 1800 года назначившим его сенатором (членом Сената Лефевр оставался вплоть до падения Империи в 1814 году. Впоследствии Лефевр сменил маршала Келлермана на посту президента Сената).

Став в 1804 году императором, Наполеон осыпал Лефевра почестями и наградами: еще в 1803 году он наградил его вновь учрежденным (19 мая 1802 года) орденом Почетного легиона, в 1804-м — командорским крестом этого ордена и произвел в Почетные маршалы Франции (19 мая 1804 года). Звание Почетного маршала Наполеон учредил дополнительно к основному списку из 14 первых маршалов Империи. Его получили 4 генерала, имевших большие военные заслуги перед Францией в годы Революционных и последовавших за ними войн, имена которых были хорошо известны всей стране. Вторым (после Келлермана) в списке почетных маршалов стоял Лефевр. В феврале 1805 года Наполеон вручил маршалу Лефевру Большой крест ордена Почетного Легиона (высшая награда в наполеоновской Франции).

Лефевр был единственным из 4 почетных маршалов Империи, который на протяжении всех наполеоновских войн (кроме кампании 1815 года) продолжал сражаться в рядах действующей армии. В кампании 1805 года он командовал Резервным корпусом, составлявшим оперативный резерв Великой армии. Во время войны против России и Пруссии (кампании 1806 и 1807 годов) Лефевр командовал пехотой Императорской гвардии (с октября 1806 года), которая в боевых действиях практически не участвовала, хотя и присутствовала на поле боя почти во всех основных сражениях этой войны. В январе 1807 года Наполеон назначил Лефевра командиром вновь сформированного 10-го корпуса, на который в марте 1807 года была возложена осада Данцига… Активные и умелые действия Лефевра при осаде этой мощной прусской крепости, обороняемой сильным гарнизоном, увенчались успехом. 15 (27) мая 1807 года Данциг сдался на капитуляцию. В награду за эту победу Наполеон даровал Лефевру титул герцога Данцигского (28 мая 1807 года). Так Лефевр стал первым из маршалов Наполеона, получившим герцогский титул. Несомненно, в этом широком жесте императора присутствовал и тонкий политический расчет. Возвышая этого маршала на такую невиданную до сих пор высоту, он хотел наглядно продемонстрировать не только перешедшей на службу Империи старой французской знати, но и новому имперскому дворянству, а также всей своей армии, что происхождение не имеет для него никакого значения, что в расчет принимаются только личные заслуги перед Францией. Поэтому первого в Империи герцогского титула и был удостоен сын мельника, бывший малограмотный сержант королевской гвардии Лефевр, а его жена, бывшая прачка, стала герцогиней Данцигской. Взятие Данцига стало звездным часом в боевой биографии маршала Лефевра.