Еропкин совместно с Козыревым, блестяще овладев у Белопольского тонкостями спектрального анализа, взялись за решение сложных геофизических проблем, имеющих народно-хозяйственное и оборонное значение. Они опубликовали две значительные статьи, содержащие результаты экспедиционных работ по исследованию спектральным методом полярных сияний, свечения ночного неба и зодиакального света. При интерпретации наблюдений земной атмосферы ими была применена астрофизическая теория лучевого равновесия. Эти работы рассматривались в те годы как весьма актуальные, они дополняли общий комплекс геофизических атмосферных исследований, предпринятых советскими учёными. Однако инициатива пулковских астрофизиков не нашла поддержки у директора обсерватории Герасимовича, что причинило много неприятностей и молодым астрономам, и директору. Конфликтная ситуация усугублялась.

События развёртывались следующим образом. В мае 1934 года умер академик А. А. Белопольский, высоко ценивший деятельность Д. И. Еропкина как научного работника и учёного секретаря КИСО[81], находящейся в подчинении Отделения математических и естественных наук АН СССР. Герасимович добился перевода работ названной комиссии в ведение ГАО и стал её полноправным руководителем. Таким образом, Еропкин и Козырев оказались полностью во власти директора Пулковской обсерватории. «Троица» к тому времени распалась, и критика с их стороны в адрес директора поутихла. Правда, Еропкин, оставаясь учёным секретарём КИСО, настоятельно предлагал включить в план ГАО тему по исследованию земной атмосферы. Руководитель обсерватории, Герасимович, признавая «важность этой темы для народного хозяйства и обороны страны», всё же противился включению её в исследовательский план ГАО, как не соответствующей профилю учреждения. Формально Герасимович был прав, но страдала важная для страны исследовательская работа, которая могла вестись успешно только опытными учёными Козыревым и Еропкиным. Герасимович пытался получить из Академии наук дополнительное финансирование для проведения этих работ, но его запрос насчёт дополнительного ассигнования по геофизической тематике ГАО оставался без ответа.

Тем не менее с 25 июля 1935 года Еропкин и Козырев отправились на два месяца в Таджикистан в Сталинабадскую астрономическую обсерваторию (ныне обсерватория в Душанбе). Директор Сталинабадской обсерватории В. П. Цесевич[82] без Козырева и Еропкина не был способен вести эти спектральные исследования. Приказ об их командировании подписал заместитель директора ГАО Н. И. Днепровский (директор находился в заграничной командировке). В конце сентября им продлили срок командировки до 15 ноября. Кроме наблюдений зодиакального света Еропкин и Козырев стали заниматься влиянием ультрафиолетовой радиации Солнца на запылённость атмосферы. Работы шли настолько успешно, что их результатами по второй теме очень заинтересовались в Наркомздраве Таджикской ССР. В результате для выполнения работ по заданию Наркомздрава республики Еропкин и Козырев были временно зачислены в штат Таджикской базы АН СССР. Об их важной и полезной деятельности писала газета «Коммунист Таджикистана».

По возвращении Еропкина и Козырева в Пулково Герасимович собрал материал об их «инициативных действиях» в Таджикской экспедиции и 6 февраля 1936 года направил «дело Козырева и Еропкина» на семнадцати листах непременному секретарю Академии наук Н. П. Горбунову с представлением незадачливых инициаторов к отчислению от занимаемых ими должностей. Санкция из Президиума АН СССР была получена, и 8 марта 1936 года появился приказ по ГАО такого содержания: «На основании распоряжения непременного секретаря АН СССР, за использование экспедиции, полностью оплаченной ГАО, для выполнения посторонних для обсерватории работ и сокрытие получения на ту же экспедицию вторых средств от другого академического учреждения (Таджикская база АН СССР), учёные специалисты Еропкин Д. И. и Козырев И. А. увольняются с сего числа из состава сотрудников ГАО». Приказ подписал директор Б. П. Герасимович. Одновременно он направил в народный суд дело о «незаконном получении» дополнительных денег по ранее оплаченной экспедиции.

Рассмотрение дела состоялось на судебном заседании 25 мая 1936 года. Свидетельские показания против обвиняемых давал астроном, директор Сталинабадской обсерватории И. П. Цесевич, однако суд отклонил его свидетельства, поскольку счёл Цесевича заинтересованным лицом, указав на его вину в приёме на работу пулковских сотрудников без согласия дирекции ГАО (нарушение правил о совместительстве).

В защиту Еропкина и Козырева решительно выступили профессор В. А. Амбарцумян и научный сотрудник ЛГУ Л. И. Лебединский. Академик В. Г. Фесенков[83] сделал письменное заявление, что выполнение второй работы нисколько не повредило выполнению первой. В результате суд постановил: «делопроизводство прекратить» и при этом вынес частное определение руководству обсерватории ввиду «ненормальных отношений» в коллективе ГАО. Незаконных действий со стороны Козырева и Еропкина судом не было установлено.

Далее начались хлопоты по восстановлению их на работу в Пулковскую обсерваторию. Теперь был суд по иску Еропкина и Козырева. Детскосельский народный суд от 7 августа 1936 года принял решение — «предложить восстановить Еропкина и Козырева на работе». В сентябре должен был состояться суд по иску Герасимовича. Во дворе суда находились многие астрономы, в том числе и Амбарцумян, пришедшие, чтобы выступить в защиту Козырева и Еропкина. После долгого ожидания (слушалось другое дело) судья объявил, что их дело затребовал к себе Генеральный прокурор Советского Союза А. Я. Вышинский, который в эти годы выступал с обвинительными речами, разоблачая «предателей» и «вредителей».

В это время в Пулкове произошло ещё одно событие. Герасимович, которого обвиняли в уходе Амбарцумяна из обсерватории, преследовании Козырева и Еропкина и, вообще, в низком уровне научных исследований учреждения, с целью укрепления научного престижа руководимой им обсерватории пригласил на работу некоего Н. М. Воронова. Распространился слух, что будто Воронов переработал теорию движения больших планет на основе новых наблюдений. Считалось, что ожидаемая работа совершит переворот в теории движения планет. Заведующему отделом небесной механики обсерватории Н. И. Идельсону[84] было поручено отредактировать и опубликовать работу Воронова. Однако Воронов продолжал тянуть время, не представляя результатов. Летом 1936 года стало ясно, что у Воронова нет новой обещанной теории, и в «Ленинградской правде» в июне и в июле появились две статьи — «Лестница славы» и «Рыцари раболепия», посвящённые этой истории и нездоровой атмосфере в ГАО. Герасимович, направляя обе статьи в Академию наук, утверждал, что они инспирированы Козыревым и Еропкиным. Однако сам авантюрист Воронов, «астрономический Бендер», как его прозвали впоследствии, через год был также уволен.