Эмоционально и откровенно говорилось об этом в одном из писем (апрель 1918 года) петроградского священника М. В. Галкина в адрес управделами Совнаркома В. Д. Бонч-Бруевича: «На почве издания декрета уже по местам возникали эксцессы, уже пролилась человеческая кровь, которой можно было бы избежать… Часть вины за эту кровь я чувствую на себе. Может быть, я недостаточно настойчиво стучался в Ваши двери, чтобы повторить Вам о том, от чего Вы все равно не уйдете, — о необходимости координировать действия различных комиссариатов, направленные к ликвидации вековой связи между церковью и государством, в каком-то особом аппарате, каким должна явиться особая ликвидационная коллегия, непременно в Москве… Объединение вокруг клерикальных кругов политических элементов страны идет столь быстрыми шагами, что Вы бы ужаснулись, увидев эту картину во весь грозный рост. Отсутствием разъясняющих положений уже ловко пользуются ваши политические противники… Создается и уже создана организация, вплоть до приходских, губернских и всероссийского церковных „комиссаров“. Организации надо противопоставить организацию. Слову — убежденное слово. Силе, если угодно, ту правовую силу, которая могла бы заставить служителей алтаря стоять у алтарей и не вторгаться со специфическим „восторговским“ духом в несродную их званию и сану область чистой политики»[50].

Нельзя сказать, что новая власть «не видела» этих процессов. Думается, совсем не случайно ЦК РКП(б), рассматривая на своем заседании 19 мая 1918 года вопрос об «агитации духовенства», предложил к использованию следующие меры: «Повести против духовенства усиленную письменную агитацию. Поручить ее ведение тт. Сосновскому, Ем. Ярославскому и Демьяну Бедному, ассигновав необходимую сумму из кассы ЦК. Одновременно поручить тт. из президиума Московского совета принять меры по вселению городской бедноты в монастырские и иные духовные дома. Сообщать об этом решении ЦК партийным работникам, едущим на места для проведения его в жизнь»[51].

Осознала власть и необходимость создания специального органа в системе государственного управления, который взял бы на себя координацию действий в центре и на местах по реализации норм и положений декрета. Первоначально эти обязанности были возложены на образованную в апреле 1918 года межведомственную комиссию при Наркомюсте. В ее состав вошли представители комиссариатов внутренних дел, просвещения, призрения, а также от православной, старообрядческой, римско-католической, греко-католической и других церквей.

Несколько позже, 8 мая 1918 года, по поручению Совнаркома Наркомюст образовал специальный отдел (порядковый номер среди отделов — VIII) по проведению декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви в жизнь во главе с П. А. Красиковым. За ним закрепилось и иное наименование — «ликвидационный отдел». Подразумевалась, конечно, не «ликвидация религий и церквей», а тех правоотношений между церковными сообществами и государством — «традиционных» для клерикального государства, что существовали на протяжении столетий в царской России.

Отдел должен был в своей работе опираться на комиссию, состоящую из представителей заинтересованных государственных ведомств и религиозных организаций и имеющую характер консультативного органа. 14 мая состоялось первое заседание VIII отдела, на котором обсуждался план ближайшей его деятельности. Ведший его В. Д. Бонч-Бруевич отмечал, что деятельность отдела затрагивает «интимные интересы миллионов граждан Российской Федеративной Советской Республики, причем, несмотря на наблюдаемое ослабление влияния религии на население, оно продолжает относиться с болезненной восприимчивостью ко всяким незаконным посягательствам на свободу религиозных убеждений и отправление религиозного культа».

А потому перед отделом была поставлена задача руководить «деятельностью мест и властей Российской Федеративной Советской Республики, направленной к установлению новых, созданных Октябрьским переворотом, отношений между государством и исповеданиями на обеспечиваемых декретом Совета Народных Комиссаров началах свободы совести и отправления религиозных обрядов»[52].

Отныне все вопросы, касавшиеся взаимоотношения государства с Российской православной церковью, а также и другими религиозными объединениями и требующие решения правительства, предварительно обсуждались в этом отделе. Разъяснения и указания отдела вплоть до сентября 1918 года были единственными правовыми документами, регламентировавшими порядок разрешения практических вопросов, связанных с отделением церкви от государства. На отдел же возлагалась задача по борьбе с нарушениями законодательства о культах со стороны как духовенства и церковных организаций, так и местных органов власти[53].

2 июля 1918 года начала работу третья сессия Собора. Собралось всего 150 человек, из них лишь 16 епископов. Поскольку к этому времени здание Московской духовной семинарии было национализировано и там проживали делегаты V Всероссийского съезда Советов, то участников Собора разместили при московских церквях и монастырях. Соборные заседания проводились либо в Епархиальном доме, либо на Троицком подворье, где располагались патриарх и органы высшего церковного управления.

На Соборе продолжилась работа по выработке определений о деятельности высших органов церковного управления. Рассмотрен был вопрос о Местоблюстителе Патриаршего престола. Его избрание в случае «освобождения патриаршего престола» предполагалось в соединенном заседании Священного синода и Высшего церковного совета. Местоблюститель возглавляет церковь в период междупатриаршества и главная его обязанность состоит в проведении в трехмесячный срок Поместного собора для избрания патриарха. В специальном определении от 13 августа 1918 года устанавливался порядок избрания патриарха. В общих чертах он соответствовал процедуре избрания патриарха Тихона.

Некоторые определения Собора касались вопросов организационно-административного порядка и устройства церкви, финансово-хозяйственной деятельности. Среди них: о временном Высшем церковном управлении на Украине, об устройстве Варшавской епархии, о церковных округах, об учреждении новых епархий и викариатств, о монастырях и монашествующих, о привлечении женщин к церковному служению, о прославлении местных святых и восстановлении празднования Дня памяти Всех Святых Российских, о церковных сборах, имуществе, хозяйстве и т. д.

В то время как на соборных заседаниях обсуждались и принимались решения о внутреннем устройстве церкви, за стенами Епархиального дома в Лиховом переулке шел процесс государственного обустройства новой страны — Российской Советской Федеративной Социалистической Республики.