В ходе восстания Кондрат Булавин приехал к Запорожской Сечи и уговаривал запорожцев присоединиться к нему. Кошевой атаман Петро Сорочинский резко отказал Булавину. Но запорожцы быстро собрали Раду и прогнали Сорочинскрго, а взамен его избрали Константина Гордиенко. Но и Гордиенко отказал в помощи Булавину, сказав, что Войско Запорожское выступит, лишь когда Булавин достигнет значительных успехов, а пока пусть набирает себе добровольцев среди запорожцев. Булавин набрал несколько сотен охотников-запорожцев и двинулся на Дон.

Таким образом, в ходе Булавинского восстания Войску Запорожскому удалось сохранить нейтралитет. Однако переход малороссийского гетмана Мазепы на сторону шведского короля Карла XII поставил Сечь в сложное положение.

29 октября 1708 г. гетман Мазепа перебежал к Карлу XII с полутора тысячами малороссийских казаков. Тут отечественные историки уже почти 300 лет ставят точку и переходят к описанию Полтавской битвы. Благо, забывать было что. 31 октября А. Д. Меншиков осадил тогдашнюю украинскую (гетманскую) столицу город Батурин. Петр писал своему любимцу: «Батурин в знак изменникам (понеже боронились) другим на приклад сжечь весь». Письмо запоздало. Когда Алексашка его получил, город уже был разрушен до основания, причем не только казаки, но и все до единого мирные жители (6 тысяч человек, включая женщин и детей) были вырезаны. С остальными городами, где откажутся впустить русские войска, Петр приказал поступать как с Батуриным. Петру и Меншикову удалось запугать большинство малороссийских казаков. Но, устроив батуринскую бойню, Петр оказал России поистине медвежью услугу, вбив огромный клин в отношения с населением Украины, где Батурина помнят и по сей день.

Петр, с одной стороны, пытался задобрить запорожцев, посылая им деньги, а с другой — двинул к Сечи войска. В марте 1709 г. 800 запорожцев столкнулись с тремя драгунскими полками бригадира Кампеля (всего 3 тысячи человек). Запорожцы изрубили 100 драгун и 90 взяли в плен, остальные разбежались. Потери запорожцев составили всего 30 человек.

27 марта кошевой атаман К. Гордиенко был принят шведским королем Карлом XII в местечке Великие Будиша. А 1 апреля отряд запорожцев прибыл под Полтаву. У стен города казаки были обстреляны крепостной артиллерией русских. Тут Гордиенко решил похвастаться шведским офицерам мастерством казаков. По его приказу 100 казаков приблизились на 500 шагов (355 м) к валу и дали залп. На валу упало не менее 40 солдат. На башню выскочил офицер в ярком мундире. Один из запорожцев выстрелил, и тот упал. Заметим, что в русской армии в Крымскую войну предельная дальность стрельбы их пехотных ружей была 300 шагов.

Петр воспользовался пассивностью шведских войск и направил из Киева к Сечи на речных судах несколько тысяч солдат под командованием полковника Петра Яковлева. Берегом шли конные драгуны под командованием полковника Игната Галагана; 14 мая 1709 г. русские начали штурм Сечи.

Казаков в Сечи было мало, так как до 15 тысяч их ушло с Гордиенко к шведам. В ходе штурма Игнат Галаган закричал казакам: «Кладите оружие! Сдавайтесь, то всем будет помилование!» Затем Галаган поклялся на кресте. Запорожцы поверили и сдались. И тут по приказу Яковлева и Галагана солдаты учинили побоище над безоружными. После резни уцелели 278 казаков, 2 монаха и 160 женщин и детей (последние, видимо, укрылись в Сечи из близлежащих зимовников). Из оставшихся в живых 5 человек умерло под пытками, 156 человек казнено — кому рубили головы, а кого вешали на плотах, а затем пускали вниз по Днепру. Надругательствам подвергли могилы казаков и чернецов. Солдаты вытаскивали мертвых из гробов, вешали их, сдирали кожу и т.п.

В Сечи русские захватили 36 медных и чугунных пушек, 4 мортиры и 12 гаковниц (гаубиц). При штурме Сечи русские потеряли 294 человека убитыми и 142 ранеными.

28 июня 1709 г. в сражении под Полтавой русские войска разгромили армию Карла XII. Часть запорожцев, бывших в шведском войске, бежала вместе с королем в Бендеры, а часть была поймана русскими и казнена по приказу Петра.

Царь повелел «вооруженною рукой препятствовать селиться запорожцам вновь в Сечи или в другом каком-либо месте». Русские войска уничтожали городки и зимовники казаков и убивали всех, не разбирая ни пола, ни возраста.

Запорожцы были вынуждены уйти в турецкие владения. Там в урочище Алешки на Днепре казаки построили новую Сечь, где и жили 19 лет. Затем казаки жили два года у речки Чортомлык, потом опять спустились вниз по Днепру к устью реки Каменки, откуда в 1734 г. с разрешения императрицы Анны Иоанновны вернулись в Россию.

Появление на территории Турции Карла XII и нескольких тысяч казаков (только в Бендерах скопилось 500 малороссийских и 4 тысячи запорожских казаков) сильно осложнило русско-турецкие отношения. Петр ликовал по случаю победы и явно потерял чувство меры. 27 июля 1709 г. русский посол в Стамбуле П. А. Толстой в ультимативной форме потребовал от султана выдать короля Карла XII и гетмана Мазепу. Султан Ахмед III отказался. Правда, вскоре вопрос с Мазепой отпал сам собой, поскольку престарелый гетман 22 сентября 1709 г. умер естественной смертью. Тем не менее напряженность между Россией и Турцией возрастала.

1710 год принес большие успехи русским в Прибалтике. Им удалось взять Ригу, Ревель, Пернов и другие города. На севере был взят Выборг. В связи с этим Петр приказал большую часть войск вывести из Прибалтики и двинуть на юг.

Зимой 1710/11 г. 10 тысяч крымских татар совершили набег на Украину. Турецкие источники сообщают о вторжении русских войск в Молдову и захват там интернированного шведского отряда. Обе стороны предпочитали решать спор силой.

25 февраля 1711 г. в Успенском соборе Кремля в присутствии Петра I был зачитан манифест о войне с Турцией.

Петр решил лично возглавить поход против турок. Он настолько был уверен в успехе, что взял с собой супругу Екатерину. Заметим, что это была не прихоть царя, у которого всегда хватало метресс, а хорошо продуманный политический шаг. Дело в том, что царю с Екатериной Алексеевной пришлось тайно обвенчаться 6 марта 1711 г. Зачем самодержцу потребовалось держать свой брак в тайне? Ведь Петр всегда плевать хотел на мнение своих подданных. Но тут ситуация была слишком уж скандальная. Марта Скавронская родилась в 1686 г. в семье чухонского крестьянина в Лифляндии. В 16-летнем возрасте она вышла замуж за трубача шведской армии, поэтому позже ее часто называли Трубачовой. В августе 1702 г. Мариенбург, где жила Марта, был занят русскими. Марта стала наложницей русского драгуна, позже она перебралась к генералу Р. X. Бауэру, от него — к фельдмаршалу Б. П. Шереметеву. Меншиков выпросил красотку у фельдмаршала, а от Алексашки Марта в конце 1703 г. перешла к Петру. В 1705 г. Марта сменила веру на православную и стала Екатериной Алексеевной.

27 января 1708 г. Екатерина родила Петру дочь Анну, а 18 ноября 1709 г. — Елизавету, а родившиеся в 1705 г. близнецы Петр и Павел, и в 1707 г. дочь Екатерина умерли в младенчестве. Ситуация осложнялась тем, что Марта-Екатерина не была разведена со шведским трубачом. Петр планировал вернуться из победоносного похода на турок и официально представить Екатерину как сподвижницу его великих дел, чтобы иметь хоть какое-то основание для возведения ее в сан императрицы.