После заключения мирного договора русский отряд выступил из Маргелана и 26 сентября прибыл в Наманган.

Но вновь приобретенные земли еще не были окончательно покорены. Наср-Эддин, заключивший договор с Россией, не в состоянии был поддерживать спокойствие в крае. Абдуррахман-Автобачи, все еще находившийся на свободе, пользовался большим авторитетом у кокандцев. Он вновь поднял восстание, центром которого стал город Андижан. Автобачи удалось свергнуть Наср-Эддина и провозгласить ханом родственника Худояра Пулат-бека (Фулаш-бека).

Для подавления восстания 28 сентября из Намангана был выслан отряд генерал-майора Троцкого в составе 5,5 рот, конной батареи, 3,5 казачьих сотен, всего 1400 человек, а также 4 ракетных станков. В Андижане скопилось около 70 тыс. восставших, не считая 15 тыс. кара-киргизов Пулат-бека, расположившихся вокруг города. Несмотря на такое численное превосходство противника, русскому отряду удалось 1 октября занять Андижан. Но недостаток сил не позволил Троцкому развить успех до полного разгрома восставших, как это было под Махрамом. Разрушив наполовину город, русский отряд в тот же день направился обратно в Наманган, куда прибыл 8 октября.

В конце концов 15 января 1876 г. последовало Высочайшее разрешение «занять остальную часть Кокандского ханства, когда Кауфман признает это необходимым» (6. Т. XIII. С. 25).

Тем временем Скобелев взял Андижан. У Скобелева было 9 рот пехоты, 7,5 сотен казаков, 12 орудий и ракетная батарея, всего 2800 человек. 8 января 1876 г. русский отряд штурмом овладел центральной частью города и высотой Гультюбе, где немедленно была установлена батарея. Потери русских ограничились двумя убитыми и семью ранеными (среди них один офицер). Потери же кокандцев были огромны, а сам Абдуррахман-Автобачи с большей частью своего воинства бежал в Ассаке.

Затем произошло нечто странное. Чтобы не быть обвиненным в предвзятости, я процитирую «Военную энциклопедию»: «9 января войска не встречали уже сопротивления, но так как жители не являлись еще с изъявлением покорности, то вечером был возобновлен артиллерийский огонь, продолжавшийся до утра, а 10-го войска отряда были размещены в городе, который с этого времени уже нами не покидался» (6. Т. П. С. 544).

Получается, что защитники города ушли, а мирные жители были расстреляны из орудий только за то, что тихо сидели по домам.

Жители Ассаке, куда бежал Автобачи со своими сторонниками, быстро перешли на его сторону. Генерал Скобелев 18 января двинулся на Ассаке и, лично руководя артиллерийским огнем, уничтожил остатки кокандского войска. Это поражение наконец-то убедило Автобачи в бесполезности дальнейшего сопротивления, и 24 января он добровольно сдался русским. А 28 января русский летучий отряд захватил в горном кишлаке Учь-Курган и другого виновника волнений в крае — Пулат-бека. Абдуррахман-Автобачи сослали в Екатеринослав, а Пулат-бека повесили в Маргелане.

Хан Наср-Эддин вернулся из России в успокоившийся Коканд и начал было уже принимать меры для утверждения своей власти, но тут Скобелев получил приказание от Кауфмана о присоединении Кокандского ханства к России. Во исполнение этого Скобелев быстро сосредоточил войска у Коканда и 7 февраля 1876 г. арестовал хана. Наср-Эддина сослали в Оренбург.

19 февраля 1876 г. Александр II издал указ о том, чтобы вновь занятую область, составлявшую до 1875 г. Кокандское ханство, включить в границы Российской империи и образовать из нее Ферганскую область.

Теперь только племя кара-киргизов оставалось непокоренным. В апреле 1876 г. генерал Скобелев занял Гульчу и разбил банды кара-киргизов у Янги-Арыка, а летом того же года предпринял экспедицию в долину Большого и Малого Алая. В результате этих действий кара-киргизы были вынуждены «изъявить покорность», и в их племени было учреждено принятое для кочевников управление.

С присоединением Ферганской области территория Российской империи увеличилась на 1596 кв. миль с населением до 675 тыс. человек.

К 1877 г. туркменские степи огромным клином вдавались в русские среднеазиатские владения, разделяя Закаспийский край и Туркестан и пересекая все русские караванные пути, поэтому сообщение между Красноводском и Ташкентом приходилось поддерживать через Оренбург.

Среди многочисленных туркменских племен самым воинственным были текинцы. Племя занимало оазис Ахал-Теке, представлявший собой небольшую полосу плодородной земли длиной 240 верст и шириной не более 20 верст от подножия хребта Копет-дага, от селения Кизыл-арвата до селения Гяурса. Число оседлых текинцев (чомур) до разгрома их в 1881 г. определялось в 18 тыс. кибиток. Разгром Хивы произвел на текинцев сильное впечатление, и уже в 1876 г. они заговорили о своем подчинении персидскому шаху. Обстоятельство это вынудило русское правительство в 1877 г. послать экспедицию генерала Ломакина (9 рот пехоты, 2 казачьи сотни, 8 орудий, всего 1820 человек) для временного занятия Кизыл-арвата впредь до выяснения вопроса о дальнейших мерах к удержанию в спокойствии и покорности текинского племени.

Наступление было произведено успешно, но текинцы отступили в глубь страны. Русский же отряд за недостатком продовольствия вынужден был вернуться.

В следующем 1878 г. для упрочнения спокойствия в крае русские войска под командованием генерала Ломакина выступили из Чикишляра и заняли селение Чат, расположенное при слиянии рек Атрека и Сумбара. Тут русские выстроили крепость и оставили в ней небольшой гарнизон.

Однако текинцы не смирились, а, наоборот, участили свои нападения. Их отряды стали появляться не только под Красноводском и вокруг Чата, но и на полуострове Мангышлак, а затем даже напали на Чикишляр. Поэтому весной 1879 г. было решено организовать в Чате отряд, достаточный для подчинения текинцев русской власти. По занятии оазиса Ахал-Теке планировалось приступить к занятию по Узбою (старому руслу Амударьи), устроив здесь укрепления в селении Игды или в другом пункте, для обеспечения красноводско-хивинской караванной дороги.

В экспедиционный отряд назначалось 16 с четвертью батальонов, имевших штаты мирного времени по 450 человек, всего 7310 человек, 18 казачьих сотен и два эскадрона кавалерии (2900 человек) и 34 орудия (400 человек). Из этих войск собственно действующий отряд составлял 4 тыс. пехоты, 2 тыс. кавалерии и 16 орудий, остальные предназначались для обеспечения сообщений действующего отряда с базой. Начальником экспедиции был назначен генерал-адъютант И. Д. Лазарев.

Предварительные расчеты по сбору перевозочных средств не оправдались, и поэтому отряд был сокращен в соответствии с грузом, который могли поднять 6700 верблюдов, т. е. до восьми с четвертью батальонов пехоты, десяти эскадронов и сотен и 16 орудий с артиллерийским парком (по 80 патронов на винтовку и половина комплекта снарядов на орудие).

17 июня 1879 г. русский авангард занял Дуз-омул, а затем Каракала, чтобы воспрепятствовать текинцам отвести воду из реки Сумбара.

В 1878 г. текинцы приступили к строительству мощной крепости на холме Денгиль-тепе, который русские называли Геок-тепе. К ней и двинулись русские войска. По дороге 14 августа генерал И. Д. Лазарев умер от жары, и командование принял генерал Ломакин. Любопытный факт: при погребении Лазарева у пушки, производившей салют, вдруг рассыпались колеса, что было растолковано как дурное предзнаменование, хотя ничего сверхъестественного в этом не было — в такую жару и сухость подобные аварии с деревянными лафетами и колесами случались часто.