Модифорд как губернатор имел право избрать Совет Ямайки из двенадцати персон или продлить полномочия того, что уже был избран до него; издавать законы по согласованию с не менее чем пятью лицами из названного Совета, но так, чтобы они не вели к умалению прав и интересов колонистов «в их свободе владеть товарами и скотом» или к уменьшению членов Совета; учреждать гражданские суды и назначать судей с установленным окладом; собирать и командовать военными силами и объявлять военное положение на острове; обладать всеми вице-адмиралтейскими полномочиями; строить форты, порты, города и пр. и делить остров на лордства или иные земельные участки по своему усмотрению; гарантировать хартии цехам со свободой устраивать ярмарки и рынки; проводить ревизию уже дарованных земель и договариваться с жителями относительно оставшихся с правом предоставлять такие же дарения под публичной печатью, предусмотрев умеренную арендную плату в пользу короля; прощать или смягчать наказания до или после вынесения приговоров (исключая дел, связанных с государственной изменой или преднамеренным убийством), исполнение которых он мог отсрочить на год в ожидании решения короля; созывать ассамблеи и с их согласия издавать законы, сохраняя за собой право вето; взимать налоги с жителей и приезжих; получать оклад в 2000 ф. ст. в год, выплачиваемый поквартально из казны в Вестминстере.

В инструкциях, данных Модифорду 18 (28) февраля, предписывалось еще до его отбытия с Барбадоса просить лорда Уиллоуби (со ссылкой на письмо короля) предоставить ему всяческую помощь, в частности, поощрять местных плантаторов к переезду на Ямайку; получить от полковника Эдварда Моргана, который был назначен вице-губернатором Ямайки, оружие, амуницию и 3000 ф. ст., в том числе 1000 ф. ст. — в качестве годового жалованья для себя, 600 ф. ст. — для вице-губернатора, 300 ф. ст. — для майора и 600 ф. ст. — для своего телохранителя и общественного арсенала; оставшиеся 500 ф. ст. выделялись на инвентарь и различные инструменты «для раздачи жителям по разумным расценкам». Полковник Морган был особо рекомендован ему «для дружбы и полезного использования».

Прибыв на Ямайку, губернатор должен был собрать Совет и обнародовать свое пожалование; следить за тем, чтобы никто не нарушал свободу вероисповедания; производить расследования в гражданских и уголовных судах и учредить адмиралтейский суд в соответствии с полномочиями, полученными от верховного лорда-адмирала герцога Йоркского; запретить выдачу каперских свидетельств; поощрять торговлю и особенно сохранять добрые отношения с испанскими колониями; организовать топографическую съемку гаваней и сухопутных мест и возвести новые фортификации за общественный счет; зарезервировать 400 000 акров земли за королевским доменом для лучшего поощрения плантаторов, а тем, кто будет обрабатывать землю в течение пяти лет, даровать земельный участок; следить за тем, чтобы иностранцы не проживали в колонии отдельно от прочих, но только вперемешку с королевскими подданными; всех плантаторов и сервентов снабдить оружием, периодически собирать их и проводить военные учения; не взимать пошлины с ввозимых и вывозимых товаров в течение 21 года; товары с острова, перевозимые в Англию, объявить свободными от пошлин в течение пяти лет; расходы правительства Ямайки в сумме 2500 ф. ст. должны были покрываться за счет продажи колонистам спиртных напитков, «если они будут, однако, сдерживаемы от чрезмерного и порочного их употребления».

Модифорд мог давать разрешения на открытие рынков и ярмарок, и обязан был заботиться о сохранении поголовья дикого рогатого скота, лошадей, свиней и овец, лицензируя или запрещая охотникам вести охоту на них; особое внимание надлежало уделить улучшению посевов какао и ремонту домов в Сантьяго-де-ла-Веге. Следовало также позаботиться о том, чтобы плантации разбивали недалеко одна от другой и от морского побережья — «для лучшего предотвращения вражеских вторжений».

Губернатор обязан был регулярно присылать в Лондон отчеты о численности плантаторов и сервентов, потребностях острова, его основных продуктах, необходимом улучшении и вероятных выгодах, которые могли быть получены. Он мог утверждать дарения, уже выданные плантаторам, их наследникам и порученцам, а сервентам — только после четырех лет службы; 30 акров земли следовало даровать каждому плантатору за каждого доставленного на остров сервента, и 30 акров — любому сервенту после окончания срока его службы. Модифорд должен был также содействовать торговле монопольной Королевской Африканской компании, как он это делал, когда находился на Барбадосе. Наконец, ему разрешалось «делать все, что не было упомянуто в этих инструкциях», но, естественно, для блага короля и Ямайки.

15 (25) июня 1664 года Генри Беннет писал из Уайтхолла Модифорду: «…Мы весьма надеемся увидеть новое и гораздо лучшее обличье, которое тот остров приобретет под вашим разумным управлением. К сему прилагается распоряжение Его Величества о сдерживании разбоев и грабежей, продолжающихся в отношении испанцев, шум от коих бесконечно неприятен Его Величеству, и он рекомендует вам впредь предотвращать оные. Не хочу больше распространяться на эту тему, лишь замечу, что возврат кораблей и освобождение людей можно было бы осуществить, хотя имеется опасение, что возврат товаров, особенно уже перевозимых, осуществить не удастся; но в этом — после того, как вы сделаете то, что возможно, — не может быть вашей вины…».

Распоряжение короля, приложенное к упомянутому письму и датированное тем же числом, гласило:

«Чарлз К[ороль].

Верному и возлюбленному, поклон от нас.

Невозможно выразить наше неудовлетворение от того, что мы слышим ежедневные жалобы на насилия и грабежи, совершаемые кораблями, приписанными к нашему острову Ямайка, в отношении подданных короля Испании, посредством захвата их кораблей и вторжений на их территории, во вред тем добрым отношениям и связям с ними, которые мы так часто рекомендовали тем, кто должен был осуществлять управление там от нашего имени. И хотя мы не можем сомневаться в том, что вы уже делаете на своем посту то, что вам поручено, с целью удержания всех под вашим послушанием… жалобы оттуда ежедневно продолжают поступать к нам; посему мы… приказываем и повелеваем вам весьма строго не только запретить продолжение всех подобных насилий в будущем, но и позаботиться о том, чтобы наказания были наложены на тех, кто это делает, а также осуществить полный возврат всех кораблей и товаров вместе с освобождением и удовлетворением лиц, которые уже захвачены или будут после этого захвачены вопреки нашему распоряжению; объявляю также, что мы желаем, дабы вы приговорили к заслуженному наказанию всех тех, что нарушит сие».

Назначение на пост губернатора Ямайки и королевские инструкции должен был доставить Модифорду на Барбадос сэр Эдвард Морган, получивший, как уже упоминалось, должность вице-губернатора. В период Тридцатилетней войны (1618–1648) этот храбрый вояка служил наемником в Нидерландах и Германии, а в годы Английской революции (1640–1660) сражался на стороне роялистов против войск парламента; жена его была дочерью саксонского дворянина Иоганна Георга, барона фон Пёльница.

27 февраля были подписаны инструкции Эдварду Моргану, обязывавшие его сесть на корабль «Уэстергейт» и доставить сэру Томасу деньги, «предназначенные для королевской службы на Ямайке, с полномочием использовать их самому в случае смерти или недееспособности сэра Томаса Модифорда». Через два дня вице-губернатору был передан черный ящик с документами, которые он должен был взять с собой на корабль; в ящике находились назначение и инструкции для сэра Томаса Модифорда, письма ему от короля и госсекретаря Беннета, назначения на посты вице-губернатора и майора, письма сэру Чарлзу Литлтону от короля и госсекретаря Беннета, письмо губернатору Барбадоса лорду Уиллоуби от короля и инструкции Моргану о том, как вести себя в этой поездке и в случае отказа, смерти или недееспособности Томаса Модифорда.