Когда Мануэл, находившийся в то время вне столицы, узнал о лиссабонских событиях, он приказал строго наказать виновных. Главные зачинщики погрома, 46 или, по другим данным, 47 человек, были повешены, еще нескольких четвертовали и обезглавили; два доминиканских монаха, подавшие сигнал к убийствам, были задушены, и тела их сожгли; лиссабонские обыватели, признанные виновными в грабежах и убийствах, были подвергнуты телесному наказанию, а имущество их конфисковано; у должностных лиц, не препятствовавших погрому, конфисковали пятую часть имущества; сам город Лиссабон, пользовавшийся привилегиями и особым титулом, был лишен на три года всего этого, у него также было отнято право самоуправления.

Мало того, король, словно мучимый угрызениями совести, издал 1 марта 1507 года эдикт, в силу которого маранам было дано право в любое время оставлять пределы Португалии, переправлять за границу свое имущество и деньги; этим же эдиктом Мануэл отменил все ограничительные меры по отношению к маранам и уравнял их с прочими христианами. 13 марта король возобновил привилегию, данную маранам 30 мая 1497 года, и обещал им, что в течение еще двадцати лет их не будут привлекать к суду по обвинению в ереси. Это обещание было подтверждено им 21 апреля 1521 года, причем двадцатилетняя свобода от преследования за религиозные преступления должна была отсчитываться со дня последнего обещания, то есть фактически к предыдущим двадцати годам были прибавлены новые двадцать. При этом защита королем прав новохристиан вызывала крайнее раздражение черни и духовенства. Чтобы умиротворить их, Мануэл в 1512 году распорядился о прекращении преследований участников лиссабонского погрома, а в 1521 году, незадолго до смерти, снова запретил маранам, под угрозой конфискации имущества, покидать Португалию. Но в целом до вступления на престол его сына и преемника Жуана III (1521—1557) жизнь маранов была защищена, и Португалия считалась убежищем для новохристиан.

Жуан III в отличие от отца был религиозным фанатиком, всецело находившимся под влиянием духовенства. Став королем, он поручил произвести тайное следствие о религиозной жизни маранов. Крещеный еврей Энрике Нунес, который прежде исполнял на Канарских островах обязанности инквизитора, получил задание притвориться человеком, преданным иудейству, и войти в близкое сношение с наиболее видными маранскими семьями. О результатах проведенного таким образом следствия королю был представлен доклад, в котором говорилось, что мараны лишь по форме христиане, а на самом деле они — иудеи, а потому с ними следует поступать так, как поступают с еретиками. Нунес в своих отчетах предлагал ввести инквизицию.

Отчеты Нунеса не только были наполнены самыми злостными нападками на маранов, но и, что вызвало у них ужас, содержали поименный список всех тайных иудеев; среди них был и родной брат Нунеса. Два марана, Диого Вас и Андреас Диас, решили отомстить ему. Переодевшись в монашеское платье, они в июле 1524 года подобрались близко к Нунесу и закололи его; в ноябре того же года их казнили. После убийства Нунеса в стране стали требовать наказать маранов; особенно неистовствовало духовенство. Еще один повод к выступлениям против маранов дал невесть откуда возникший «представитель» мнимого еврейского царя, авантюрист Давид Реубени, который окрылил их россказнями о существующем будто бы в Палестине большом еврейском государстве; многие, наслушавшись его, стали почти открыто исповедовать иудаизм. Но, с другой стороны, речи Реубени, слухи о которых дошли до короля, приостановили осуществление задуманных Жуаном III жестоких мер в отношении маранов, так как португальскому королю пришло в голову с помощью еврейского царя нанести удар турецкому султану Сулейману II, завоевавшему в 1521 году Египет.

Реубени, однако, в конце концов разоблачили как злостного выдумщика, и король велел своему представителю в Риме Брасу Нето вступить в переговоры с папой Климентом VII о введении в Португалии инквизиции по примеру Испании. Все это делалось под большим секретом, так как Жуан III опасался, что мараны покинут Португалию, когда узнают, что в ней будут действовать инквизиционные трибуналы. В самом начале переговоров Нето наткнулся на оппозицию: влиятельный при папской курии кардинал Лоренцо Пуччи заявил, что королем руководит не желание очистить Португалию от еретиков, а желание воспользоваться имуществом маранов. Таких корыстных целей курия, по мнению Пуччи, не должна была поддерживать. Не исключено, что кардинал всего лишь выражал мнение папского престола, который сам надеялся обогатиться за счет португальских маранов. Словом, спор папы Климента VII с Жуаном III в 1531 году сильно напоминал спор в 1478 году Сикста IV с Фердинандом Католиком.

После долгих пререканий, свидетельствовавших о нежелании ни той, ни другой стороны отказаться от богатой добычи, 17 декабря 1531 года папа наконец подписал бреве, коим назначил главным инквизитором Португалии исповедника короля францисканца Диого да Сильва. 14 июня 1532 года был опубликован гибельный для маранов закон, после появления которого возникало лишь два вопроса: кто воспользуется богатством маранов и где будут их сжигать. При таких обстоятельствах, пока закон не вступил в силу, маранам ничего не оставалось делать, как действовать подкупом; тем более что имелся человек, готовый отстаивать их интересы и вхожий в самые разные круги. Это был новохристианин Дуарте да Паз — умный, ловкий и энергичный дипломат, неоднократно исполнявший в Риме щекотливые поручения португальского короля. Но под видом преданного своему государю слуги Паз в действительности вел искусную интригу в защиту маранов. Он подружился с епископом Марко делла Ровере, папским нунцием в Лиссабоне, и не раз передавал ему от маранов деньги; разумеется, что епископ с какого-то момента стал противиться учреждению в Португалии инквизиции. Затем да Паза вошел в доверие к Диого да Сильве, и тот тоже стал брать от него взятки; дошло до того, что да Сильва в конце концов отказался от своей должности. Когда это произошло, папа под влиянием Марко делла Ровере издал 17 октября 1532 года буллу, которой отменил бреве об учреждении в Португалии инквизиции. Более того, 7 апреля 1533 года в еще одной булле он объявил, что это бреве явилось плодом недоразумения и что люди, которые приняли христианскую веру под влиянием насилия, не должны считаться членами католической церкви, а значит, не могут в силу этого подлежать преследованию за нарушение веры. Исходя из этого, папа отменил все репрессивные меры, принятые против маранов, и возвратил им конфискованные земли. После этого между папой и представителями Жуана, действовавшими от имени короля, произошел конфликт: Климента обвиняли в том, что он унижает таинство крещения, забывает, что собор в Толедо одобрял насильственное крещение арабов королем вестготов Сисебутом (правил в 612—621 годах), и позорит католический мир, так как в Португалии никто не сомневается, что он уступает силе денег, а не внутренних убеждений. В ответ папа пригрозил отлучить Жуана от церкви. В июле 1534 года, чувствуя приближение смерти, Климент VII еще раз написал епископу делла Ровере о недопустимости инквизиционных преследований против маранов. Столь твердая последовательность Климента объяснялась, как говорил впоследствии кардинал Антонио Пуччи папе Павлу III, тем, что Климент, раз получив от маранов деньги, считал необходимым защищать их до конца.