Лейденский университет располагал обширной библиотекой, богатой редкими рукописями. Фонды образовывали еще из старых монастырских книгохранилищ и периодически пополняли по дарственным и завещаниям. Неоднократно кураторы делали значительные закупки. Так, в 1629 году была приобретена партия восточных трудов стоимостью 4500 гульденов; в 1690 году за 33 тысячи гульденов приобрели домашнюю библиотеку Исаака Воссия.

Преподаватели и профессора факультетов пользовались в государственных инстанциях высоким моральным авторитетом. Как правило, вне учебного процесса над их работами не довлело никакого контроля. Иногда догматическая свара ученых мужей заставляла помощника бургомистра урегулировать конфликт частным порядком. Случаи официального вмешательства были крайне редки. Зато в материальном отношении профессора, не имевшие личного состояния, находились в незавидном положении. Жалованье каждого определялось в контракте, общего для всех правила в этом отношении не существовало. Среднее статистическое жалованье было скромным (тысяча гульденов в год); в некоторых особых случаях допускались существенные отклонения — в Амстердаме Воссию предложили 2500 гульденов и дом, плата за который составляла 900 гульденов. К этим суммам могли добавляться различные компенсации — за переезд, за дорогу, наградные. Кроме того, преподаватели, равно как и студенты, освобождались от налога на алкогольные напитки в пределах шести бочек пива и двухсот литров вина в год.

Обучение делилось на две части — лекции и диспуты. Каждый преподаватель давал в неделю от двух до пяти часов занятий ex cathedra, которые проводил на латинском (за некоторым исключением) и чередовал с организованными дискуссиями (disputationes). Преподаватели естественных наук устраивали, кроме того, экскурсии в ботанический сад или музей.

Экзамены на докторскую степень проходили в виде диспута на тему работы, представленной кандидатом. Эта церемония обычно проводилась в июне или июле в присутствии публики и представителей местной власти. Иногда о ее начале город оповещали трубачи. Оканчивалась же она парадом и застольем, которое, по утверждению Париваля, часто затягивалось на два дня.

Редко бывало, чтобы молодой человек из аристократической семьи не получал высшего образования. Определенное число богатых студентов всегда образовывало высший слой, противопоставлявший себя скромным бурсакам теологического факультета и кочующей массе бедных студентов, чье существование подтверждают академические реестры. В последних сообщается о лишении прав поступления «по причине бедности», штрафах «в пользу нуждающихся студентов», вмешательствах сената в случае неплатежеспособности. Некоторые студенты подрабатывали, например, цирюльниками.

При поступлении на факультет абитуриент записывался у pedel, фактотума университета, являвшегося одновременно сторожем, привратником, лаборантом, секретарем — царем и Богом. Помимо академических привилегий, запись давала в Лейдене право ходить по улицам в домашнем халате и туфлях при условии ношения парика и шляпы. Если молодой человек жил не с семьей, он искал квартиру в городе. Перед ним открывалось множество возможностей. Снять комнату с полным пансионом у профессора, который был бы рад пополнить таким образом свои доходы; стать на постой к старой деве, которая бы закрывала глаза на беспорядок; осесть на постоялом дворе; снять одну из тех частных квартир, которые в университетских городках составляли предмет оживленного торга. Владельцы жилья не всегда принадлежали к лучшей части человечества. В бытность свою студентом в Амстердаме Тристан Лермит, напившись как-то пьяным, был ограблен собственной хозяйкой, сдававшей ему чердак.

Студенты-иностранцы как в городе, так и в провинции любили объединяться в землячества. «Аборигены» в свою очередь образовывали «национальные коллегии». Внутри таких ассоциаций устанавливались самые дружеские отношения. Студенческая жизнь была довольно бурной. Гвалт на лекциях и даже на торжественных диспутах, шумные выступления против профессоров, не пользовавшихся уважением, — привычки, не имевшие серьезных последствий. Зато «крещение» новичков отличалось иногда такой жестокостью, что в 1606 году Штаты были вынуждены своей властью запретить этот обычай в Франекере. Частые попойки также могли зайти слишком далеко. В Лейдене студенты братались с преподавателями в кабачках «Кедровая шишка» и «Сражающийся лев», что нередко заканчивалось потасовкой. Студенческое пьянство, подстегнутое налоговыми льготами, превратилось в общественное бедствие. Власти были вынуждены многократно запрещать ношение оружия. Дуэли между студентами, запрещенные в 1600 году, на деле никогда не прекращались. Университет действительно отправлял гражданское и уголовное право над своими выпускниками. Ректор и асессоры вместе с бургомистром и эшевенами образовывали академический трибунал. Применяемые наказания — от штрафа до исключения или помещения под стражу на хлеб и воду. Эти силовые меры не могли обуздать рвавшейся наружу энергии студентов, которая выливалась в настоящие мятежи, когда какой-либо конфликт противопоставлял их властям: Лейден — 1594, 1608, 1632, 1682 годы; Франекер — 1623 год; Гронинген — 1629 и 1652 годы.

Ориентированная на практику нидерландская наука выходила за рамки университета. Вне факультетов, за пределами лекционного обучения она выражала себя в технике. Телескоп, микроскоп, термометр, барометр, часы с маятником, логарифмы, интеграл и дифференциал, изобретенные в «золотом веке», достойно представили Нидерланды в истории европейской цивилизации. К ним следовало бы добавить многие достижения в области анатомии, биологии, космографии и географии. Большая часть этих открытий явилась плодом как терпеливого наблюдения, трезвых умозаключений, систематического поиска, так и изобретательного воображения. Увеличительное стекло родилось в темной лавочке оптика. Изобретатель микроскопа Антоний Ван Левенгук из Делфта выставлял свой инструмент на ярмарках. Один лейденский врач случайно наткнулся на это открытие и запустил его в международный научный мир. Телескоп, изобретенный бродячим ученым богемного склада Корнелием Дреббелем, позволил Кристиану открыть в 1655 году пояс Сатурна, а позднее — газовые облака Ориона. Сам он был домоседом, просвещенным любителем, изобрел часы с маятником и создал первую теорию света. Медик Шваммердам использовал микроскоп для изучения мелких насекомых. Дальние путешествия коммерческого или дипломатического характера во многом способствовали такому развитию науки.

Ботаник Бонтий сопровождал Кона на Яву в 1627 году; медик Пизо отправился вместе с принцем Иоганном-Морицем в Бразилию. «Индийские» флора и фауна вошли в область науки. Восток уже с конца XVI века привлекал внимание нидерландских лингвистов и историков. В Лейдене была организована кафедра арабского языка, которую ее выпускник Эрпений благоустроил типографией, специализировавшейся на семитских языках, а также эфиопском и турецком. Его последователь Голий, получив аккредитив в 2 тысячи гульденов, был направлен кураторами в экспедицию, в результате которой три года провел в Оттоманской империи и вывез оттуда самую большую из существовавших в Европе коллекцию восточных рукописей, насчитывавшую 300 томов. По возвращении он составил арабско-латинский словарь, при работе над которым пользовался услугами приглашенных им восточных коллег — дьякона из Алеппо, персидского и армянского ученых. Около 1600 года Голландия стала центром восточных исследований всего мира.