Фердинанд I решил захватить владения Яноша Жигмонда и послал войска в Буду. Началась австро-турецкая война 1540–1547 гг. Сулейман Великолепный выступил в поход под лозунгом защиты прав Яноша Жигмонда, в августе 1541 года снова овладел Будой, в 1543 году захватил Эстергом, Секешфехервар, Тату, Печ и Шиклош, затем еще ряд крепостей между Дунаем и Тисой.

Таким образом, в ходе этой войны Венгрия была разделена уже на три части: центральные и южные районы перешли под непосредственную власть турецкого султана, западные вошли в состав владений Габсбургов (урезанное Венгерское королевство под контролем австрийцев и со столицей в Пожони), а восточные составили владения Яноша Жигмонда. Последние постепенно превратились в новое государство – княжество Трансильвания.

Буда стала центром вилайята Венгрия.

Янош II Жигмонд Запольяи

Правитель Буды носил титул паши и являлся военным, административным и судебным главой вилайята. Он имел право вызывать на помощь войска соседнего, созданного ранее вилайята Босния.

Далеко не все венгры оказывали сопротивление завоевателям: крестьяне юго-востока воспринимали турок как освободителей от засилья местных феодалов, обложивших их непосильными поборами. Со своей стороны, турки стремились обеспечить себе поддержку венгерских крестьян и обращались с ними достаточно мягко. Особенно они старались оказывать покровительство городам. Дань в Трансильвании была невелика, на землях султана венгерские крестьяне тоже не были чрезмерно обременены налогами. Никаких гонений на христианскую веру в венгерских владениях османов не наблюдалось, хотя переход в ислам поощрялся.

Трансильвания вообще превратилась в уникальный островок веротерпимости посреди охваченной религиозными войнами Европы. Там мирно сосуществовали католичество, православие, протестантизм и униатская церковь, что было подтверждено Трансильванским сеймом 1571 года в Тыргу-Муреше.

Период османского протектората стал периодом культурного расцвета Трансильвании, который начался уже вскоре после сражения при Мохаче. Тогда же зародился и культ короля Матьяша, чей авторитаризм теперь выглядел как благословение.

В 1566 году Венгрия вновь стала полем соперничества между османами и Габсбургами: престарелый султан Сулейман Великолепный предпринял свой последний поход на Венгрию и умер в ночь с 6 на 7 сентября при осаде крепости Сигетвар – прямо в своем великолепном шатре.

В 1570 году Янош Жигмонд и Максимилиан II Габсбург подписали договор в Шпайере, по которому Янош Жигмонд отрекся от венгерской короны, за что был признан Габсбургами князем Трансильвании с сохранением ее в вассальной зависимости от Венгерского королевства.

Эта структура сохранилась и после смерти Яноша Жигмонда, хотя на нем пресеклась династия Запольяи.

Янош Жигмонд умер 14 марта 1571 года, и он завещал трон своему казначею Гашпару Бекешу. Однако аристократия не признала это решение и выбрала Стефана Батория (Иштвана Батори), будущего короля польского и великого князя литовского. Это привело к короткой гражданской войне, которая закончилась победой Батория (в 1575 году войска Гашпара Бекеша были окончательно разбиты, а его земли конфискованы).

Стефан Баторий (Иштван Батори) вошел в историю как король польский и великий князь литовский. Но он был венгром по национальности, знал венгерский и молдавский языки. Положение же дел в Венгрии стало совсем запутанным. Сами венгры выбрали королем и короновали Яноша Запольяи, воеводу Трансильвании. Другая часть венгров выбрала в Пресбурге Фердинанда, что повело к продолжительной борьбе за Венгрию, осложнившейся еще и вмешательством турок. Потом соединение Венгрии, Чехии, Моравии и Силезии с наследственными габсбургскими землями создало обширную Габсбургскую монархию, которая для Западной Европы являлась прикрытием со стороны турок.