Конец 1940 – начало 1941 года Монке провел во Франции, где его полк выполнял обязанности оккупационных войск, а 5 марта получил приказ отправиться под Бухарест – вермахт готовился в операции «Марита» против Югославии. 5 апреля 1941 года немецкие войска атаковали позиции югославской армии. Во главе 2-го батальона «Лейбштандарта» Монке в составе передовых частей перешел югославскую границу и взял курс на Белград, но уже в самом начале кампании ему не повезло. На следующий день во время авианалета штурмбаннфюрер СС был тяжело ранен в ногу. Монке был эвакуирован в госпиталь. Проведя обследование, врачи объявили ему, что ранение настолько серьезное, что ногу спасти не удастся и ее придется ампутировать. Монке категорически отказался от операции, и ему удалось спасти ногу.[69]

Более полугода Монке предстояло провести в различных госпиталях и санаториях. Боль в ноге была настолько сильной, что врачи для того, чтобы хотя бы притупить ее, стали использовать значительные дозы морфия. Впоследствии, когда врачи посчитали, что он вылечился, от морфия отказались, но сильные боли продолжали мучить Монке до конца его жизни. Сам же Монке после выписки стал сильно выпивать, пытаясь заглушить боль с помощью алкоголя. 15 сентября 1941 года он получил серебряный знак «За ранение» (Verwundetenabzeichen 1939 in Silber), а 26 декабря 1941 года был награжден Золотым Германским крестом (Deutsches Kreuz in Gold).

Только в начале 1942 года ему удалось вернуться на действительную службу. Ему было поручено возглавить формирование новой части дивизии СС «Лейбштандарт Адольф Гитлер» – 1-го танкового батальона СС. Монке со всей присущей ему энергией взялся за дело (вместе со своим адъютантом Ральфом Тиманом) и лично составил список офицеров «Лейбштандарта», которые должны быть переведены в его батальон. На встрече с Зеппом Дитрихом уже 14 января 1942 года он представил этот список своему командиру. Дитрих прочитал бумагу и поставил внизу свою подпись – этот день стал днем рождения танкового батальона (а позже полка) «Лейбштандарт Адольф Гитлер». Три месяца ушло на различные организационные мероприятия, и фактически с начала февраля 1942 года Монке уже командовал 1-м танковым батальоном СС. Однако когда дело дошло до официального назначения командира, кандидатура Монке была отклонена – состояние его здоровья (а также злоупотребление алкоголем) вызывало у командования определенные сомнения в его пригодности для руководства ударным боевым соединением. Выбор был сделан в пользу штурмбаннфюрера СС Георга Шёнбергера.[70] Однако без должности штурмбаннфюрер СС Вильгельм Монке не остался, и 16 марта 1942 года состоялось его назначение командиром полевого запасного батальона «Лейбштандарта». Во главе батальона Монке оставался до сентября 1943 года, успешно занимаясь подготовкой пополнений для всей дивизии. И хотя его деятельность была крайне важна и обеспечивала боевым частям «Лейбштандарта» постоянный приток хорошо подготовленных кадров, Монке все же пока оставался на вторых ролях – в боевых операциях этого периода участия ему принять не привелось. Тем не менее 21 июня 1943 года он все же был произведен в очередное воинское звание оберштурмбаннфюрера СС.

С осени 1943 года Монке оказался опять востребованным: Гиммлер постоянно наращивал темпы формирования все новых и новых дивизий войск СС, и командных кадров для них катастрофически не хватало. В «дело шли» и ветераны, которых ранее из-за ранений предпочитали использовать лишь для обучения эсэсовской молодежи. Таким как раз и был оберштурмбаннфюрер СС Вильгельм Монке. 15 сентября 1943 года он был назначен командиром 2-го моторизованного полка СС «Гитлерюгенд» (SS-Panzer-Grenadier-Regiment 2) – то есть второго полка одноименной дивизии. Этому полку Монке предстояло стать одним из полков новой 12-й моторизованной дивизии СС «Гитлерюгенд». Вообще эта новая дивизия СС по планам Гиммлера должна была стать не хуже, чем первые элитные соединения войск СС. Ее костяк должны были составить выходцы (прежде всего офицеры и унтер-офицеры) из рядов «Лейбштандарта», а оставшийся некомплект в личном составе был восполнен за счет фанатичных добровольцев из нацистской молодежной организации Гитлерюгенд. Новая дивизия становилась как бы младшим братом или воспитанником «Лейбштандарта». И надо заметить, этим планам Гиммлера было суждено осуществиться – «Гитлерюгенд» стала одной из наиболее боеспособных и храбрых формирований войск СС и ее «старшим товарищам из „Лейбштандарта“ не было стыдно за боевые качества ее личного состава. 30 октября 1943 года полк Монке получил новый номер – теперь он был 26-м моторизованным полком СС 12-й моторизованной дивизии СС „Гитлерюгенд“. Здесь Монке пришелся к месту, тем более что во главе дивизии был поставлен Фриц де Витт, с которым Монке начинал службу еще в рядах Штабной стражи „Берлин“ в марте 1933 года.

Монке взялся за подготовку новобранцев, и очень скоро его полк превратился в высокобоеспособную часть, состоящую из фанатичных нацистов. 26-й моторизованный полк СС состоял из трех батальонов. Командиром 1-го батальона (и соответственно заместителем Монке) был назначен штурмбаннфюрер СС Бернгард Краузе, 2-й батальон возглавил штурмбаннфюрер СС Бернгард Зибкен. Наконец, во главе 3-го батальона (наиболее сильного в полку – на вооружении которого состояли бронемашины) был поставлен штурмбаннфюрер Герхард Бремер, однако в последних числах октября 1943 года его сменил штурмбаннфюрер СС Эрих Олбётер.

В апреле 1944 года дивизия была переброшена в Нормандию, а через два месяца союзные войска начали высадку во Франции. С началом боев дивизия была сконцентрирована в районе Дрё, а затем была переведена в района Кана. Наиболее тяжелые бои пришлись на долю дивизии СС «Гитлерюгенд» во время наступления союзников 10–20 июня 1944 года. 7 июня 1944 года Монке, в подчинении которого, кроме его собственного полка, находились также 12-й танковый саперный батальон СС и 12-й разведывательный батальон СС, получил приказ организовать оборону сектора Ротс – Сен-Манвью – Ла-Месни – Патри – Кристот, в 8 километрах северо-западнее Кана. Войска противника, усиленные тяжелой пехотой и танками, при поддержке огня военных кораблей и артиллерии, предприняли попытку окружить и уничтожить группу Монке. В случае успеха англо-американцам удалось бы вбить глубокий клин между 12-й моторизованной дивизией СС «Гитлерюгенд» и учебной танковой дивизией, что в конце концов должно было привести к обрушению всей линии обороны на этом участке фронта. В ночь на 8 июня Монке получил приказ занять линию Кан – Байе. Атака началась в 3.00, несмотря на все свое упорство и большие потери бойцам «Гитлерюгенда» не удалось прорвать позиции располагавшихся перед ними канадцев. На следующий день танки противника вновь перешли в наступление, создав угрозу левому флангу обороны полка, и прорвались на линию Ле-Месни – Патри. 11 июня около 16 часов 35 танков противника при поддержке пехоты атаковали позиции 2-го и 3-го батальонов полка. Монке лично возглавил контратаку (его поддержали части 12-го танкового полка СС под командованием штурмбаннфюрера СС Карла Гейнца Принца). Наступление противника было сорвано, а наступавшая группа практически полностью уничтожена – из 35 танков противник потерял 34. Следующие пять дней – с 12 по 17 июня – противник, отказавшись от лобовых, перешел к практике массированных артобстрелов позиций «Гитлерюгенда». 17 июня левый фланг 26-го полка был вновь атакован превосходящими силами противника, и Монке лично возглавил две контратаки, и вновь смог удержать позиции. 17 июня он был ранен, но после краткого лечения остался в строю. 26 июня британские войска силами трех дивизий обрушились на позиции дивизии СС «Гитлерюгенд» и учебной танковой дивизии. Бой был очень тяжелым, а преимущество противника – абсолютным, и после двух дней боев ему все же пришлось отойти на два километра севернее.