Главную роль в проведении новой церковной реформы играл Феофан Прокопович (в миру — Елеазар). Личность эта была крайне одиозной. Родившийся в Киеве, в семье купца, принадлежавшего к господствующей церкви, он в юности постригся в монахи в униатском монастыре с наречением имени Елисей. Учился он в Киеве, Владимире-Волынском, а после пострижения — в Риме, откуда бежал и в 1702 году был присоединён к господствующей церкви. Вернувшись на родину, он снова постригся в монахи в 1705 году с именем Феофан, которое взял в честь своего дяди. Преподавал риторику, философию, затем «высшее богословие» в Киевской академии. В 1706 году, после того как он прочёл торжественное слово по случаю Полтавской победы, его заметил Пётр I, который через несколько лет вспомнил о нём. Тогда Феофан был назначен ректором академии, в которой стал насаждать протестантское богословие. После жалоб преподавателей Пётр I потребовал Феофана к себе, и с тех пор тот стал верным соратником императора. По личному указанию Петра Феофан был посвящён в епископы, а в 1718 году — в архиепископы с номинальным наречением Псковским, но с проживанием в Петербурге. Вскоре он стал вице-президентом новоучреждённого Синода. И после смерти Петра Феофан, будучи хитрым и жестоким политиком, сумел завоевать расположение новых правителей, пользовался большим почётом у императрицы Анны Иоанновны. По словам историка Н.И. Костомарова, Феофан «стал… ужасным тираном, не разбиравшим никаких средств… стал безжалостным мучителем, который тешился страданиями своих жертв даже и тогда, когда они переставали быть для него опасными». Замечательная характеристика этого человека содержится в тайных записках новообрядческого епископа Никодима (Казанцева), опубликованных посмертно после 1905 года: «По одиночному своему усмотрению Пётр избрал для сочинения устава Синоду архиерея Феофана Прокоповича, которому не следовало и быть архиереем. Он отрекался от православия, был католиком, потом лютеранином и снова возвратился в православие. Такому ли, шатающемуся верою, быть сочинителем устава православному правительствующему Синоду?..»

Однако именно такой человек и стал главным идеологом синодальной реформы и автором важнейших для новообрядческой церкви сочинений — знаменитого «Духовного регламента» и трактата «Правда воли монаршей», в соответствии с которыми уничтожались последние остатки принципа соборности в управлении господствующей церковью. Феофану принадлежит и ещё один трактат, оправдывавший одно из самых чудовищных догматических нарушений новообрядческой церкви, — «Истинное оправдание правоверных христиан, крещением поливательным во Христа крещаемых…», изданный в 1724 году с благословения Синода. Дело в том, что согласно Апостольским правилам таинство крещения в христианстве должно совершаться в три погружения, что имеет глубокий символический смысл, и только в этом случае может считаться действительным таинством. Католики же, а затем и отколовшиеся от них протестанты со временем стали нарушать это непреложное правило и ввели у себя крещение поливанием и даже окроплением. Из-за этого и греки, и русские до никоновской реформы принимали католиков и протестантов в свою церковь только через повторное трёхпогружательное крещение. Первым данное правило отменил Большой московский собор 1666–1667 годов, что как нельзя лучше свидетельствует о прокатолической сущности никоновско-алексеевской «реформации». Впоследствии, начиная с Петра I, добавились ещё «дипломатические» соображения, окончательно закрепившие это правило. Надо было налаживать международные связи, чему способствовали многочисленные династические браки между представителями дома Романовых и европейских царствующих домов. И чтобы обойти «острые углы» в вопросах вероучения, приём в православие невест-протестанток осуществлялся без требуемого перекрещивания. Так что получалось, что матери всех последующих царей из дома Романовых с точки зрения православных канонов фактически оставались некрещёными.

Ещё одним важнейшим изменением в жизни новообрядческой церкви были ограничение права свободного выбора мирянином своего духовного отца и отмена такого древнего института, как «покаяльная семья». Проводя в жизнь церковные реформы, утверждённые Большим московским собором 1666–1667 годов, власти пытались поставить этот институт под жёсткий контроль. «На соборе 1667 года принцип “покаяние вольно есть” был ограничен, а в начале XVIII века фактически отменён, тайну исповеди начали нарушать сперва в интересах уголовного расследования, а затем и политического; исповедь окончательно стала частью исключительной компетенции именно приходского священника, и духовничество превратилось в приходской институт»[72].

Одновременно, согласно постановлениям собора 1666–1667 годов, «приходские священники должны были следить за соблюдением новых обрядов, за правильностью богослужения, за чистотой и благочинием в церквах, за тем, чтобы прихожане регулярно постились, исповедовались, причащались; на них же возлагалась обязанность вести книги с записью крестившихся прихожан, венчавшихся, умерших и просто состоящих в приходе; за нерадение, “нестроения” в церкви и в пастве и за недонесение (!) на “ослушников и безчинников” духовенству грозила “церковная казнь без всякия пощады”. В совокупности с постановлениями собора 1666–1667 годов устанавливался комплекс мер и норм, делавший приходского священника инструментом религиозного контроля над мирянами. В практике епархиального управления фактически приход понимается уже как низшая церковная административная единица, и соответствующим образом управляется приходская жизнь, а деятельность приходского священника наполняется бюрократическим содержанием»[73].

На Западе уже с эпохи Возрождения культура лишь по имени была христианской, по сути же носила чисто светский характер. Это была культура расцерковленная, которая при этом считала себя единственной культурой. Всё, что находилось вне её, в том числе и культура церковная, вообще не считалось культурой. Было принято считать, что церковь исключает культуру. Начиная с Петра, эти представления всё более широко внедряются и в России. «Просвещённое» общество, в основном дворянство, реформированное Петром по своему вкусу, отрывалось от церкви и от народа, отрывалось от своего прошлого и от своей истории. «Пышный, мечтательный и смутный век “просвещения” мог терпеть веру только “рационализированную”, которую и несла расцерковленная “христианская” культура. В свете её Церковь начинает представляться инородным и даже враждебным культуре телом, рассадником суеверий и тьмы, с которыми борются государство и просвещённое общество»[74]. С другой стороны, оказывалось всяческое покровительство представителям иноплеменных конфессий (взять хотя бы главную улицу Петербурга — Невский проспект: каких здесь только не было построено храмов!). Под особое и преимущественное покровительство государственной власти и законов попал протестантизм, по образцу которого была проведена петровская «реформация».

Вторично реформированная Петром господствующая церковь решила приступить к активной миссионерской работе по обращению старообрядцев в своё лоно. Миссионеры начинали видеть в старообрядцах серьёзных конкурентов. Уже с начала XVIII века вновь разгорается полемика господствующей церкви со старообрядцами, усилившаяся после учреждения Синода. Эта полемика позволила старообрядцам начать систематический сбор церковно-археологических свидетельств в защиту старой веры. Результатом этой деятельности явились такие фундаментальные полемико-догматические трактаты, как «Дьяконовы ответы» на 130 вопросов нижегородского архиепископа Питирима (1719) и «Поморские ответы» на 106 вопросов синодального миссионера Неофита (1723). В создании этих произведений первостепенную роль сыграл Андрей Дионисьевич.