По прибытии во Францию Ланн принял активное участие в перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого к власти в стране пришел Наполеон Бонапарт, ставший первым консулом Французской республики. Сразу же после переворота Ланн возглавил командование 9-й и 10-й дивизиями. Своей твердостью и разумными мерами он быстро нейтрализовал противников Бонапарта в подчиненных войсках и обеспечил их лояльность новому правителю. По возвращении в Париж назначен командующим вновь созданной Консульской гвардией (апрель 1800 года), а затем принял участие в Итальянском походе Бонапарта 1800 года.

Возглавив Резервную армию, Наполеон поручил командование ее авангардом Ланну (май 1800 года). После перехода через Альпы войска французской армии вторглись в Италию, утерянную французами в результате Итальянского похода А. В. Суворова 1799 года. Они сразу же развернули наступление в южном направлении, имея цель разгромить австрийскую армию в Северной Италии и деблокировать осажденную австрийцами в Генуе армию генерала А. Массены.

9 июня у Монтебелло дорогу французскому авангарду (6 тыс. человек) преградили австрийские войска (генерал П. Отт), имевшие тройное превосходство в силах. Завязалось ожесточенное сражение, в ходе которого Ланн проявил исключительное мужество, стойкость и героизм, отразив все атаки превосходящих сил противника и удержав занимаемые позиции до подхода подкреплений (корпус генерала К. Виктора). Столь же геройски Ланн сражался и в битве при Маренго (14 июня 1800 года). Бесстрашно бросаясь в самое пекло сражения, он демонстрировал полное презрение к опасности, проявил выдающуюся стойкость и неукротимую отвагу. Смерть витала совсем рядом, и однажды ее черное крыло едва не коснулось генерала — вражеское ядро пролетело настолько близко от его головы, что сбило шляпу. Но все неимоверные усилия Ланна изменить ход сражения оказались тщетными. Под натиском превосходящих сил врага его войска были вынуждены отступать. Положение спас своевременно подоспевший с одной дивизией своего корпуса на поле битвы генерал Л. Дезе, с ходу атаковавший противника. Чтобы поддержать Дезе, Ланн сразу же повел свои войска в контратаку. Победа была буквально вырвана из рук врага. Сражение при Маренго завершилось блистательной победой французов.

Наградой Ланну за проявленный при Маренго героизм стала почетная сабля (такая награда только что была учреждена Наполеоном, и Ланн стал одним из первых ее обладателей). Наполеон тогда назвал Ланна «Роландом армии».

Но после завершения кампании 1800 года в Италии в дружеских отношениях Ланна и Наполеона наступило заметное охлаждение. Не обладавший необходимым интеллектом, Ланн никак не мог понять, что теперь между ним, всего лишь одним из генералов французской армии, и главой государства — первым консулом Французской республики пролегает дистанция огромного масштаба. Он никак не мог взять в толк, что теперь имеет дело не с бывшим близким боевым другом, с которым привык разделять все военные невзгоды, опасности, горечь неудач и радость побед, а с политиком, облеченным властью главы государства. Но Ланн не обращал на это никакого внимания, продолжая по-прежнему демонстрировать свои дружеские отношения с Бонапартом. Иногда дело доходило до курьезов, принимавших скандальный оттенок, когда генерал публично обращался к главе государства на «ты» (от таких фамильярностей на публике воздерживались даже родственники Бонапарта). Наполеон неоднократно пытался объяснить другу неуместность такого поведения в официальной обстановке. Однако привыкший лишь драться с врагом на полях сражений и весьма далекий от понимания «высоких материй» и всякого рода светских нюансов и условностей простодушный сын конюха трактовал все это по-своему. Вывод его был однозначен: бывший друг, которого он когда-то прикрывал своей грудью от смертоносного вражеского свинца и которому бескорыстно помогал взойти на вершину власти, зазнался, предал боевую дружбу и теперь стремился быть «господином», а своим бывшим боевым друзьям хочет отвести роль барских холопов.

Кроме того, Наполеона крайне раздражали неоднократные попытки Ланна вмешиваться в вопросы государственной политики, в том числе и кадровые. Первый консул, являвшийся фактически единовластным правителем государства (два других консула решающей роли не играли), в любом деле ценил прежде всего профессионалов, специалистов своего дела и всегда стремился внимательно выслушивать их рекомендации, мнения и пожелания. Ланн же, абсолютно не разбираясь в существе вопросов, нередко пытался давать первому консулу свои советы (например, по вопросам законодательства, промышленности, международных отношений, финансов и т. п.), которые зачастую оказывались совершенно некомпетентными, а на возражения Наполеона, что они противоречат мнению специалистов, предлагал «поменьше слушать этих людей». Первый консул, конечно, отклонял подобного рода «рекомендации» своего друга, что вызывало с его стороны крайнее недовольство. Чтобы убедить Ланна в несостоятельности выдвигаемых им предложений, Наполеон обычно, проявляя завидное терпение, пытался разъяснить ему свою позицию по тому или иному вопросу, но тот в большинстве случаев проявлял невосприимчивость к любого рода доводам. Поэтому довольно часто все дело заканчивалось тем, что первый консул резко обрывал разговор, не желая тратить время на доказывание очевидных истин. Естественно, консенсуса не получалось. Обладавший взрывным и импульсивным характером гасконец все чаще и настойчивее высказывал Бонапарту свое недовольство складывающимися между ними отношениями, упрекал первого консула в пренебрежении дружбой, беседы между ними нередко заканчивались самой банальной перепалкой.

Со временем личные отношения между Ланном и Бонапартом перестали быть лишь частным делом двух людей. Свои обиды, претензии и недовольство отношением Бонапарта к прежним друзьям, которые помогали ему взойти на вершину власти, свое разочарование в нем Ланн и не думал скрывать. Постепенно вокруг него образовалась целая группа генералов, недовольных первым консулом и установленным им режимом. Они с удовольствием внимали бурным откровениям темпераментного, не сдержанного в эмоциях и поступках гасконца, и всячески настраивали его против Бонапарта. Очень скоро слухи о фрондерстве командующего Консульской гвардией дошли до Наполеона. Терпению первого консула пришел конец. Клубок своих слишком запутанных взаимоотношений с Ланном он решил разрубить одним ударом. Правда, способ, избранный им для этого, был слишком грубый и к тому же циничный. Его с полным основанием можно квалифицировать как самую банальную и притом довольно подлую провокацию. Осенью 1802 года Ланн приобрел в Париже фешенебельный особняк, но денег на его меблировку ему не хватило. Он обратился за советом к своему «другу» Бонапарту. Тот порекомендовал ему позаимствовать деньги в казне гвардии, заверив генерала, что в случае чего он за него поручится. Но как только Ланн взял деньги, нагрянула ревизия финансов гвардии, выявившая недостачу 400 тыс. франков (сумма по тем временам очень большая). Заместитель и старый друг Ланна, тоже гасконец, генерал Ж. Бессьер (будущий маршал Франции), тут же доложил о недостаче Наполеону. Первый консул вызвал Ланна для объяснений и предложил ему немедленно погасить выявленную недостачу. Когда генерал напомнил Наполеону об их договоренности, тот ответил: он и предположить не мог, что речь идет о такой большой сумме и подтвердил свое требование погасить недостачу. Ланн заявил, что таких денег у него нет, и тогда Наполеон раскрыл свои карты. «Ну что ж, тогда долг пусть погасит известная вам клика генералов», — закончил свой разговор с оторопевшим от такого неожиданного удара Ланном первый консул. Только теперь до командующего гвардией дошло, в какую искусно расставленную ловушку он попал. «Генеральская клика» рассчитываться по чужим долгам не пожелала. Более того, почувствовав, что Ланн попал в немилость и дело принимает нешуточный оборот, бывшие «приятели» быстро от него отмежевались. Оказавшегося в крайне затруднительном положении Ланна выручил генерал П. Ожеро (будущий маршал Франции), одолживший ему требуемую сумму денег. А между бывшими неразлучными друзьями Ланном и Бессьером с тех пор будто черная кошка пробежала — они стали непримиримыми врагами. Их взаимная ненависть была настолько велика, что 7 лет спустя, прямо на поле битвы при Эсслинге (Асперне), в виду неприятеля, оба маршала едва не сошлись в смертельном поединке. Их адъютантам с большим трудом удалось не допустить этого. А тогда, осенью 1802 года, Наполеон отстранил Ланна от командования гвардией и убрал его с глаз долой, назначив послом в Португалию (ноябрь 1802 года). Должность командующего гвардией была упразднена. Вместо нее учреждены 4 должности командующих ее отдельными частями: кавалерией (Бессьер), гренадерами (Даву), легкой пехотой (Сульт) и артиллерией (Мортье). С 1804 года каждый из этих генералов стал именоваться генерал-полковником соответственно — гвардейской кавалерии, гвардейских гренадеров, гвардейской легкой пехоты и гвардейской артиллерии.