Полковник Буцкий проделал исключительно большую работу в начальный период организации полигона. Своим трудолюбием и добросовестным отношением к делу он завоевал большое уважение и доверие у коллектива. Однако случилось непонятное. Когда Алексей Иванович вернулся из командировки с «Камы» (Камчатки) и докладывал маршалу Неделину о состоянии развертывания строительных работ и условиях жизни гарнизонов, то в конце беседы маршал сказал, что Буцкого придется заменить, так как он не имеет достаточного опыта руководства штабом полигона.

Нестеренко в ответ заявил: «Может быть, целесообразно заменить начальника полигона, а не начальника штаба, поскольку считаю, что Буцкий своей должности вполне соответствует». Неделин ответил: «Это вы зря, товарищ Нестеренко. Мы вам подберем достойного начальника штаба, например полковника Карася». На это Нестеренко сказал, что полковника Карася хорошо знает еще по Великой Отечественной войне как одного из лучших командиров гвардейских минометных полков, смелого и храброго офицера, но нет никакого основания для того, чтобы заменять Буцкого. На этом разговор был окончен.

Через некоторое время был получен приказ, которым полковник Буцкий освобождался от занимаемой должности. На эту должность назначался начальник штаба ГЦП полковник А. Г. Карась, а на место Карася назначался полковник Буцкий — их поменяли местами. Чтобы как-то сгладить обиду того и другого, они оба были награждены ценными подарками за хорошую работу.

Как потом стало известно, эта замена произошла по требованию С. П. Королева. Буцкий не понравился Королеву лишь по той причине, что Сергей Павлович был включен в состав первого рейса самолета Ан-2, отлетающего из Джусалы в Москву, а не в состав четвертого, тогда Королеву не пришлось бы ждать других, летящих в Москву. Списки составлял генерал А. Г. Мрыкин. В то время Буцкий еще не знал главных конструкторов и других чиновников и не знал, кому какая принадлежит роль в распределении мест «за барским столом». Мрыкин же прекрасно знал эту бюрократическую субординацию и непростой характер Королева, но не предупредил Буцкого и не нашел в себе мужества сказать, что списки составлял он, а не Буцкий.

Так что эта замена ничем не была оправданна и принесла только лишние трудности. По своим деловым качествам эти офицеры были совершенно равноценны. Оба были переведены без особого желания, и самолюбие их было сильно ущемлено. Не слишком здоровому полковнику Карасю не хотелось ехать в более суровые климатические условия (кстати, через год он был освобожден от занимаемой должности по состоянию здоровья и назначен на должность консультанта в НИИ-4).

Такое решение задело и самолюбие Нестеренко, так как не было принято во внимание его мнение. Стало также ясно, что маршал Неделин находится в зависимости от С. П. Королева.

Кроме начальника штаба полковника А. С. Буцкого заместителями начальника полигона были назначены: по опытно-испытательным работам — подполковник А. И. Носов, по научно-испытательной работе и службе измерений — полковник А. А. Васильев, главным инженером — подполковник А. П. Метелкин, заместителем по строительству — подполковник Н. Н. Васильев, начальником тыла — полковник В. А. Лебедев, заместителем по режиму и охране — полковник Н. Д. Силин, заместителем начальника штаба — полковник Д. П. Ковель, начальником оперативного отдела — подполковник А. М. Войтенко.

Все заместители были участниками Великой Отечественной войны, удостоены высоких правительственных наград. Даже склонный к покровительственно-задиристому поведению по отношению к военным заместитель Королева Л. А. Воскресенский всегда вел разговор с замами начальника полигона в уважительно-корректном тоне.

Основным органом управления космодрома являлся штаб. В 1955 году он состоял из шести отделов. Отдел планирования и обеспечения научно-испытательных работ и испытательных полей (подполковник А. М. Войтенко) с первого дня своего существования стал организующим и планирующим органом штаба, осуществляющим постоянную связь и взаимодействие со всеми службами полигона. А. С. Буцкий вспоминал: «Главная роль в организации постоянного и действенного контроля принадлежала оперативному отделу штаба. Полковник Войтенко, с присущей ему настойчивостью и требовательностью к себе и подчиненным, успешно справлялся с возложенными на отдел задачами, настойчиво обучал и требовал от подчиненных добиваться изучения истинного положения дел на контролируемом участке, умело использовал опыт работы штаба полигона Капустин Яр, не стеснялся учиться и набираться опыта у своих товарищей».

С момента своего создания штаб полигона занимался вопросами организационно-штатного строительства и развития НИИП-5, такими как: разработка и утверждение штатов и на управление полигона, и на входящих в его состав частей и подразделений; подбор кадров; формирование и укомплектование управления полигона, научно-испытательных отделов, контроль за ходом комплектования личным составом частей и подразделений; организация специальной подготовки инженерно-технического состава; размещение личного состава, семей офицеров, рабочих и служащих; организация снабжения, питания, культурного обслуживания личного состава и населения поселка; контроль за ходом строительства объектов, организация тесного взаимодействия, взаимопомощи и сотрудничества с военными строителями 130-го УИР.

Вот как вспоминает об особенностях работы штаба в 1955 году полковник Алексей Саввич Буцкий: «В таком технически оснащенном учреждении, как НИИП-5, задачи штаба полигона и его работа значительно отличались от работы обычных войсковых штабов. Эта специфика работы особенно проявлялась в периоды формирования частей и подразделений, штатная структура многих из них создавалась впервые, укомплектование их инженерно-техническими кадрами, подготовка инженеров до уровня специалистов, создающих комплексы и системы первой отечественной МКР, бытового устройства подчиненных и их семей в условиях полного отсутствия местных ресурсов на открытой пустынной территории с районами очаговой природной чумы и резко континентальным климатом… Все работы по подготовке сооружений и объектов первой очереди полигона, начиная от формирования штатных подразделений и частей до завершения всех работ, приходилось начинать, как говорится, с нуля…»

Кроме оперативного отдела в состав штаба входили отделы: боевой подготовки и боевого применения (подполковник В. Е. Вельчинский), аэрометеорологический (подполковник В. А. Овчинников), специальных испытательных полей (подполковник Е. Л. Беляев), строевой (майор А. П. Раздоров), секретный (капитан Б. А. Ключников), отделения специальной связи (капитан Н. Ф. Здор). Кроме того, в 1956 году по приказу Нестеренко в состав штаба был включен отдел специальной связи и службы единого времени (полковник Н. М. Крючников), ранее входивший в службу опытно-испытательных работ полигона.

Штабу подчинялись базы специальных испытательных полей: база падения блоков 1-й ступени в/ч 13 961 в Казахстане в районе Ладыженки (подполковник Л. А. Кондратюк) и база падения головных частей и остатков 2-й ступени на Камчатке — 43-я отдельная научно-испытательная станция (ОНИС) (полковник Б. Ф. Козлов, с 24 декабря 1955 года полковник И. К. Павленко). Кроме того, штабу подчинялись батальон связи (командир — подполковник Г. П. Дробышевский), 6-е отдельное авиационное звено (старший лейтенант Н. Д. Лубнин), склад артвооружения (лейтенант В. Е. Деев), военно-почтовая станция.