К тому времени самолет успел около 20 раз подняться в воздух. Конструкторам удалось разработать план реконструкции двигательной и топливной систем. Планировалось удлинить мотораму, модифицировать систему выхлопа, в двигательном отделении установить несколько противопожарных переборок, изменить местоположение маслобака, а также изменить конфигурацию топливо- и маслопроводов.

Несмотря на то, что программа была полностью составлена очень быстро, в металле ее воплощали не спеша и полностью осуществили лишь на машинах Не 177A-3.

Самолеты нуль-серии послужили базой для создания следующих прототипов. Так, Не 177А-05 стал Не 177 V9 (DL+AT, 00023), а Не 177А-06 (DL+AU) и Не 177А-07 (DL+AV) — V10 и V11. Самолету Не 177 V9 позднее присвоили новый бортовой код GA+QQ и направили в Рехлин для испытания двойного шайбового хвостового оперения. Самолет V10 (новый бортовой код GA+QR) до 28 июня 1944 года использовался для испытания герметической кабины. Гермокабину испытывали и на V11 (GA+QS).

Три самолета, построенных фирмой Arado, также стали экспериментальными прототипами. Не 177V15 (5001) использовался для испытания аэродинамических тормозов в пикировании. На Не 177 V16 (5004) испытывалась различная радиоаппаратура. На Не 177 V17 (5005) в 1942 году испытывалось торпедное вооружение.

Нуль-серийный Не 177А-02 (DL+AQ).

Аэродинамические тормоза на Не 177A-1.

Сборка фюзеляжа самолета Не 177A-3 (VN+KH) на заводе Heinkel в Эгер (Хеб), Чехия. Самолет VN+KH представлял собой переделку из серийной машины A-1. Видна вставленная дополнительная секция фюзеляжа, а также дополнительная огневая точка B-2.

Самолет Не 177А-015 (00030, GA+QX), собранный в Ораниенбурге, вооружили двумя 30-мм пушками MK 101, установленными в передней подфюзеляжной гондоле.

Самолеты Не 177А-1 выпускались на заводе Heinkel в Ораниенбурге. Хвостовое оперение и заднюю часть фюзеляжа с марта 1942 года выпускал завод Heinkel в Мельце. Завод Arado в Варнемюнде выпустил серию из 130 машин. Последний самолет сборки Arado был закончен 18 июня 1943 года. Серийные номера самолетов Не 177А-1 лежали в диапазонах 335001335005, 135006-135024, 15151-15280.

Стандартное вооружение самолетов этой серии состояло из пулемета Mauser MG 81I, установленного в лобовом обтекателе кабины, 20-мм пушки MG FF, установленной в передней подфюзеляжной гондоле, дистанционно управляемой башенки FDL В 131/1А, расположенной на верхней стороне фюзеляжа (два пулемета MG 131), и хвостового пулемета MG 131, обслуживаемого стрелком.

Самолеты Не 177A-1/R1 были дополнительно вооружены сдвоенным пулеметом MG 81Z, установленным в задней части передней подфюзеляжной гондолы. На самолетах Не 177A-1/R2 и R3 пулеметы MG 81Z в подфюзеляжной гондоле не ставили, зато они имели там огневую точку с пулеметом MG 131, обслуживаемым стрелком. На самолетах Не 177A-1/R4 вооружение было как на Не 177A-1/R1, но в задней нижней огневой точке стоял пулемет MG 131A1.

Самолеты Не 177А-1 были приспособлены для сбрасывания бомб в пике.

На крыльях самолета стояли аэродинамические тормоза.

К сожалению, машины Не 177А-1 продолжали преследовать проблемы с двигателями. При этом летные качества самолета признавали хорошими. Выпуск серии завершили в середине октября 1942 года. Как следует из рапорта, 20 машин находилось на аэродроме Бранденбург- Брист, 12 в Фассберге, 7 в Лехфельде, 19 в Людвигслюсте, 25 в Люнебурге, а 14 находилось в ремонте в Эгере (Хеб) в Чехии. Еще шесть машин ремонтировалось в Эрфурте. Три самолета из числа находившихся в Эрфурте, временно использовала разведывательная эскадрилья Ob.d.L., возглавляемая подполковником Теодором Ровелем. Несколько самолетов передали в Versuchsverband Ob.d.L. (отряд испытания прототипов). Один самолет использовался для тестирования двигателей DB 610, предназначенных для бомбардировщика Ju 288.

Шасси и двигатель DB 610 самолета Не 177A-5 W.Nr. 550043 из II./KG 40, Бордо, 1944 год.

Экипаж самолета Не 177A-3: пилот, бомбардир, штурман и механик-стрелок. Хвостовой стрелок находился в отдельной кабине.

Серийный выпуск самолетов Не 177А-3 шел на заводе Heinkel в Ораниенбурге и на фирме Arado. По сравнению с A-1 на машинах серии А-3 мотораму удлинили на 200 мм. Кроме того, удлинили и фюзеляж на 1600 мм за счет дополнительной секции, установленной сразу за бомбоотсеком. Верхняя огневая точка представляла собой башенку FDL В 131/ А2 с двумя пулеметами MG 131 калибра 13 мм и боекомплектом 750 выстрелов. На самолетах стояли моторы DB 610, которые представляли собой спарку двигателей DB 605. Прототипом для Не 177A-3 был Не 177 V19 (332101, VF+QA).

Первые сто самолетов серии собирали с середины октября 1942 года. Эти машины обозначались как Не 177A-3/R1. До 17 декабря 1942 года на аэродром Бранденбург-Брист прибыло 12 машин. Предполагалось довести месячный выпуск до 70 самолетов. Однако необходимость постоянной доработки бомбардировщика ограничивала месячный выпуск 5 машинами.

Самолеты Не 177A-3/R2 оснащались ножами для перерезания тросов аэростатов, так называемыми Kuto- Nase. Вместо 13-мм пулемета MG 131 в хвостовой огневой точке на самолеты ставили 20-мм пушку MG 151/ 20. Самолеты Не 177A-3/R3 были приспособлены для транспортировки летающих бомб Hs 293, для чего оборудовались системой дистанционного управления FuG 203d. Самолеты Не 177A-3/R4 оснащались подфюзеляжной гондолой увеличенного объема, в которой монтировалось устройство дистанционного управления летающими бомбами Hs 293 FuG 203b «Kehl III». Предварительно, это устройство испытывалось на прототипах Не 177 V6 (00019, GA+QM). Испытания проводились на аэродроме Карлсхаген на острове Узнам (Пенемюнде). В программе испытаний участвовал самолет Не 177А-0 и два A-1. Первый пуск управляемой летающей бомбы Hs 293 с борта Не 177 провели 22 июня 1942 года.

Хвостовое оперение самолета Не 177А-5 (W.Nr. 550077) из II./KG 40, Франция, 1944 год.