В дальнейшем, на протяжении всего периода гражданской войны, в состав Реввоенсовета Республики в разное время входили: Н. И. Подвойский, Д. И. Курский, И. В. Сталин, В. М. Альтфатер, В. И. Невский, А. И. Окулов, Л. П. Серебряков, В. А. Антонов-Овсеенко.

Помимо участия в заседаниях Реввоенсовета и выполнения отдельных поручений члены РВСР в большинстве своем выполняли обязанности начальников управлений Народного комиссариата по военным и морским делам и членов реввоенсоветов фронтов. Нередки были случаи совмещения обязанностей члена Реввоенсовета Республики с ответственными руководящими постами в других народных комиссариатах. Последнее обстоятельство не только подчеркивало значимость РВСР в масштабе страны, но и ускоряло решение многих оперативных вопросов производства оружия и боеприпасов, а также снабжения воинских частей. После окончания гражданской войны, когда был образован Союз Советских Социалистических Республик, армия перешла на мирное положение, переформированию подвергся и Реввоенсовет Республики. Состав его значительно расширился. В 1923 году впервые был соблюден принцип представительства в Реввоенсовете СССР со стороны союзных республик.

В годы гражданской войны РВСР фактически был высшим коллегиальным органом военно-политического руководства обороной страны. Председатель Реввоенсовета Л. Д. Троцкий являлся членом Политбюро ЦК партии, а РВСР проводил свою работу исключительно на основе указаний Центрального Комитета РКП(б) и под его непосредственным контролем. Членами Реввоенсовета Республики назначались, как правило, видные военно-политические работники партии.

Реввоенсовет готовил и выносил на утверждение высших органов государства проекты декретов и постановлений по вопросам строительства советских вооруженных сил и организации обороны страны; издавал приказы, распоряжения, уставы, наставления и другие руководящие документы, обязательные для исполнения всеми органами вооруженных сил и всеми военнослужащими армии и флота; устанавливал и изменял организацию и структуру органов военного управления; издавал в соответствии с действующим законодательством необходимые распоряжения по вопросам, связанным с прохождением военной службы. Это обилие вопросов вынудило создать в ноябре 1918 года Совет Рабочей и Крестьянской Обороны (Совет Обороны) — чрезвычайный орган Советского государства. Его возглавил председатель Совнаркома В. И. Ленин. Членом Совета Обороны, наряду с другими, был и председатель Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкий.

Реввоенсовету подчинялись все органы и должностные лица военного ведомства — Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики, Всероглавштаб, Полевой штаб РВСР, Высшая военная инспекция, Всероссийское бюро военных комиссаров и другие главные и центральные управления. И конечно, полностью охватить все вопросы Реввоенсовет и его председатель физически не могли. Поэтому вряд ли будет правильным приписывать все ошибки и неудачи на фронтах гражданской войны лишь РВСР и его председателю. Тем более что главкому принадлежала полная самостоятельность во всех вопросах стратегическо-оперативного характера в пределах директив высших органов Советской власти. При этом приказы Главкома Вооруженными Силами Республики скреплялись подписью одного из членов Реввоенсовета. Во всех остальных вопросах главком пользовался правами члена РВСР. На должность главкома сначала был назначен И. И. Вацетис. В 1919 году на этом посту его сменил С. С. Каменев, который занимал его до упразднения этой должности (1924 г.).

К моменту организации РВСР определились три основных фронта. Это: 1) Северный фронт — от Ленинграда до Вятки (штаб фронта располагался в Ярославле); 2) Восточный фронт, включавший в себя Туркестанскую армию (штаб в Арзамасе); 3) Южный фронт, который состоял из Брянского, Курского, Воронежского, Балашово-Камышинского участков, Северо-Кавказской армии и Астраханской группы (штаб в Козлове).

Кроме этого, существовал еще и Западный район обороны. Этот район охватывал местности к западу от Москвы — от Ленинграда до западной границы Южного фронта. Во главе фронтов были поставлены реввоенсоветы, командующими фронтами назначены военные специалисты: Д. П. Парский, В. Н. Егорьев, П. П. Сытин, А. Е. Снесарев. Все они были бывшими генералами царской армии.

Назначение их командующими фронтами свидетельствовало о высочайшем доверии, которое оказывали им и Реввоенсовет Республики, и ЦК, и Совнарком. Дело в том, что командующему фронтом были даны очень широкие права. Он мог самостоятельно принимать решения оперативного характера, перемещать командный состав, кроме командующих армиями, изменять состав армий своего фронта, образовывать новые армии и т. д. Ответственность командующий фронтом нес только перед Главнокомандующим Сухопутными и Морскими Силами и Реввоенсоветом Республики. Конечно, на практике не всегда так бывало. Случалось, что некоторые военные работники партии — члены РВС фронтов присваивали себе функции командующего фронтом, выражая ему недоверие. В этих случаях приходилось вмешиваться Реввоенсовету Республики, Центральному Комитету партии. Возникали конфликтные ситуации и между некоторыми членами РВС фронтов и РВСР, между командующим фронтом и главнокомандующим по вопросам разработки конкретных боевых операций. Примером могут служить события на Южном фронте, когда РВС фронта во главе с И. В. Сталиным отстранил от должности присланного из Москвы командующего фронтом бывшего генерала царской армии П. П. Сытина. Так же незаслуженно был обвинен в саботаже и другой бывший генерал — А. Е. Снесарев — военный руководитель Северо-Кавказского военного округа.

Центральный Комитет партии вынужден был принять специальное постановление, которое обязывало всех подчиняться решениям, исходящим из центра, и выполнять требование ЦК, чтобы не было никаких конфликтов по этим вопросам. Правда, и это постановление не ликвидировало назревавший тогда конфликт между РВС Южного фронта и председателем РВСР Л. Д. Троцким. Последний потребовал, чтобы ВЦИК и СНК немедленно отозвали Сталина и Ворошилова с Южного фронта. И только вмешательство В. И. Ленина остановило дальнейшее развитие конфликта.

Наиболее распространены были случаи конфликтов между командующими армиями и членами РВС армий. Об этом подробно говорил Л. Д. Троцкий во время выступления на совещании политработников 12 декабря 1919 года. Как пример он привел жалобу М. Н. Тухачевского на политического комиссара штаба армии Мазо, который отменял резолюции и приказы командующего 1-й армией. РВСР, изучив сложившееся положение в 1-й армии Восточного фронта, признал действия Мазо неверными и отстранил его от обязанностей комиссара.[3]

По решению VIII съезда партии в апреле 1919 года при Реввоенсовете был учрежден Политический отдел, который в мае был преобразован в Политическое управление (ПУР). В ведении ПУРа находилась вся партийно-политическая и культурно-просветительная работа в армии и на флоте, армейская печать, подготовка кадров политработников. Политуправление назначало и утверждало военных комиссаров, направляло коммунистов на политработу. Начальниками ПУРа в разные периоды гражданской войны были И. Т. Смилга, Л. П. Серебряков, С. И. Гусев, В. А. Антонов-Овсеенко.

Но все же основным аппаратом Реввоенсовета Республики, через который он осуществлял руководство вооруженными силами, был Полевой штаб. Он был образован 6 сентября 1918 года вместо расформированного штаба Высшего военного совета. Первоначально назывался Штабом РВСР, а затем 8 ноября 1918 года был переименован в Полевой штаб.

Полевой штаб осуществлял сбор и обработку сведений, необходимых для проведения военных операций, передачу в войска распоряжений Главного командования, руководство военными действиями, а также эксплуатацию железнодорожной сети театра военных действий.

Полевой штаб состоял из нескольких управлений: оперативного, административно-учетного, регистрационного, центрального управления военных сообщений, полевого управления авиации, управлений инспекторов: пехоты, кавалерии (с 1919 г.), артиллерии, инженеров и бронечастей (с 1920 г.).