В конце 1942 года была организована для заброски в тыл немецких войск оперативная группа 4-го Управления НКВД из 10 человек — девять разведчиков и радист. В эту группу под командованием капитана пограничных войск НКВД Пигушина был зачислен и Алексей Ботян. Вместе с такими же группами Петра Перминова и Виктора Карасева их переправили в январе 1943 года под Старую Руссу (Новгородская область) для перехода линии фронта.

В первый раз перейти линию фронта не удалось. Фронтовая разведка наткнулась на немецкие посты. Довелось советским бойцам попасть и под сильную немецкую бомбежку, но никто не пострадал. На вторую ночь в немецкой обороне была найдена брешь, и бойцы опергруппы спокойно, без боя, прошли через немецкие заграждения. Остановились отдохнуть в ближайшей деревне, но когда местные жители рассказали, что немцы с утра уже побывали здесь, чекисты двинулись в путь и, пройдя лесами, оказались на территории, занятой партизанскими отрядами. В бои омсбоновцы не ввязывались. Их ждало особое задание. Они должны были проникнуть на Украину, где (в отличие от оккупированной территории РСФСР и Белоруссии) еще не было массового партизанского движения, особенно в южной части. Советские разведывательные группы, забрасывавшиеся на Украину в 1942 году, захватывались немцами почти сразу же, при активной помощи местного населения. Этому способствовала соответствующая политика немецких оккупационных властей, которые до поры заигрывали с украинскими националистами, пленных красноармейцев-украинцев в начале войны отпускали домой.

Перед тремя группами была поставлена задача — организовать базу для ведения разведывательно-диверсионной работы на Украине, в том числе и в Киеве. В Мухоедовских лесах, на границе Житомирской, Киевской и Гомельской областей, в районе, уже занятом партизанами (действовала там и разведгруппа командира-омсбоновца Евгения Мирковского), в 5 километрах от небольшого немецкого гарнизона, и осели разведгруппы 4-го Управления НКВД. Рядом, на Лысой горе, был устроен аэродром; куда прибывали советские самолеты, доставлявшие оружие, взрывчатку и подрывников.

Бойцы сразу же начали обживаться на новом месте. С помощью местных жителей были построены землянки, баня. Этим занимался хозяйственный взвод. Был в отряде и врач, также из Москвы — Нина Николаевна Рогачева.

С базы отправлялись группы в Киевскую, Житомирскую и Курскую области для подготовки диверсий на железных дорогах. Эта задача была особенно актуальна, немцы как раз готовили наступление в районе Белгорода. Так, только группа из 7 человек во главе с Францем Драгомерецким[3] совершила более 25 взрывов поездов в районе под Винницей, Жмеринкой и Шепетовкой — за 300 км от базы отрада.

Разведка отряда во главе с Петром Романовичем Перминовым[4] пыталась установить контакт с заброшенными ранее в немецкий тыл диверсионными группами. Для передвижения по оккупированной территории требовались документы (аусвайс). Их готовил художник из местных жителей. Также были привлечены к сотрудничеству с советской разведкой (проще говоря, завербованы) многие служащие местной полиции, созданной оккупантами. Потом они воевали с немцами уже в составе отрада.

В октябре 1943 года после изменения линии фронта отряд Виктора Карасева, в котором было уже 2 батальона и кавалерийская сотня,[5] из Житомирской области перебрался под Ровно. Там же располагалась база другого отряда Четвертого управления Лубянки — «Победители», которым командовал знаменитый впоследствии Дмитрий Медведев. Как раз в это время он вел бои с немцами, пытавшимися окружить партизан. Бойцы отряда Карасева вместе с отрядом Медведева сражались с немцами, затем отдельно отступили на север, где под деревней Целковичи организовали базу. Там Ботян встречался с секретарем Черниговского подпольного обкома партии Алексеем Федоровичем Федоровым[6] и знаменитым впоследствии разведчиком Николаем Кузнецовым.

В феврале 1944 года отряд Виктора Карасева захватил железнодорожную станцию Матийов, прервав линию военных сообщений Вермахта.

Передвигаясь дальше на запад, по Ровенщине и Волынщине к Львову, советским партизанам пришлось вступать в бои не только с немцами, но и (практически каждый день) с отрядами бандеровской «Украинской повстанческой армии» (УПА).[7] От их рук партизан погибло больше, чем в боях с немцами. Многие были ранены, в том числе и комиссар отряда Михаил Филоненко, которого Алексей Ботян по приказу Виктора Карасева перевез за линию фронта в медсанбат Красной Армии. Одна из причин этих потерь — хорошо поставленные у бойцов УПА связь и разведка, а также поддержка местного населения.

Более лояльно относились к советским бойцам поляки. Местное польское население находилось в непримиримой вражде с бандеровцами. Но все же многие поляки были настроены антисоветски. Не способствовали согласию и взаимные претензию на Западную Украину (особенно на Львов), до 1939 года входившую в состав Польши. Впрочем, для Алексея Ботяна контакты с поляками облегчались его знанием польского языка. Выполняя разведывательные задания в Сарнах (в том числе и по подрыву немецких поездов), он действовал под именем железнодорожника Лексейки Колеяша (фамилия переводится как «железнодорожник»).

Возглавить разведывательно-диверсионный отряд Алексея Ботяна вынудил случай. Командовать он не любил, предпочитая лично ходить на боевые задания.

Когда бригада форсировала Буг, то попала под интенсивные бомбежки. Для спасения людей Виктор Карасев принял решение разделить подразделение на три группы и двигаться вперед с интервалом в один-два дневных перехода. Командиром первой группы назначил Алексея Ботяна. Когда новый командир спросил у выстроившихся бойцов, кто желает идти с ним, то вызвались все, кто знал его. А это о многом говорит.