В 1775 г. Ушаков был переведен в Балтийский флот.

Одним из пунктов Кучук-Кайнарджийского мира было признание Турцией права свободного плавания русских торговых судов из Черного моря в Средиземное и обратно. Основываясь на этом, Екатерина II в целях усиления флота на Черном море предприняла попытку провести в него под видом торговых судов несколько фрегатов из состава Балтийского флота. Корабли эти, нагруженные разными товарами, под торговым флагом и с убранными в трюм пушками, должны были после некоторого пребывания в Средиземном море проследовать в Константинополь в расчете, что турки пропустят этот «коммерческий» караван через проливы. Экспедиция эта была отправлена в 1776 г., и Ушакову, уже в чине капитан-лейтенанта, пришлось участвовать в ней в качестве командира фрегата «Св. Павел». Почти три года эта небольшая эскадра плавала по Средиземному морю, но в Черное море не попала, потому что Турция, недовольная Кучук-Кайнарджийским миром, под влиянием прежде всего Франции уже начинала готовиться к новой войне против России и подозревала русское коварство в посылке многочисленных «торговых» судов.

С 1783 г. Ушаков служил в новых портах Черноморья: сначала в Херсоне (1783–1785 гг.), а потом (с 28 августа 1785 г.) — в Севастополе.

Эти населенные пункты громко именовались городами, хотя Херсону, когда Ушаков прибыл в этот поселок, было от роду пять лет, а Севастополю еще и того не было. В Херсоне служба была тяжелая. Ушаков много потрудился по борьбе с чумой, которая разразилась там как раз в первый же год его службы. К этому времени уже успела выявиться яркая черта Ушакова, сближающая его с позднейшими нашими замечательными флотоводцами: Лазаревым, Нахимовым, Макаровым. Мы имеем в виду заботу о матросе, о его здоровье, о гигиене на корабле, об общем благосостоянии команды, его неустанную борьбу против разворовывания казенных денег, ассигнуемых на пищу и одежду личного состава флота.

Ушаков выселил всех своих моряков далеко за город на все время, пока не утихла эпидемия. Все работы на несколько месяцев были прерваны.

Когда началась русско-турецкая война 1787–1791 гг., Ушаков еще на подчиненных ролях проявил себя талантливым боевым руководителем. Борьба предстояла нелегкая. Ведь эта война ничуть не походила на русско-турецкую войну 1768–1774 гг., которая тоже была трудная. Турки начали готовиться к реваншу тотчас же после Кучук-Кайнарджийского мира. Султан только тем успокоил свое духовенство (улемов), возбуждавшее недовольство в народе, что мир с русскими — это не мир, а лишь перемирие, передышка; и когда после нескольких лет мира Россия в 1783 г. присоединила Крым, то улемы уже совсем открыто и без препятствий со стороны властей предвещали войну с проклятыми гяурами и несомненное торжество правоверных. Усиленно строили корабли, укрепляли изо всех сил Измаил и другие крепости, набирали и обучали матросов. Да и внешняя дипломатическая обстановка складывалась для Оттоманской Порты благоприятно: к старому другу — Франции — прибавились новые друзья Полумесяца — Англия, Пруссия, Швеция, так что хотя австрийский император Иосиф II и стал на сторону Екатерины, но все-таки настроение в Константинополе было самое воинственное. А на море, где Австрия ни малейшей помощи русским оказать не могла, и подавно позволительным казалось рассчитывать на полный успех турецкого флота над еще только что созданным слабым русским флотом.

Не сразу засияла над Черным морем звезда Ушакова. Первый выход Ушакова в море в августе 1787 г. в эскадре графа Марка Войновича, где он, командуя в чине бригадира кораблем «Св. Павел», был начальником авангарда, окончился неудачей. В поисках турецкого флота эскадра была застигнута у румелийских берегов страшным продолжительным штормом. Один корабль погиб, другой без мачт в полузатонувшем состоянии был занесен в Босфор и здесь захвачен турками: остальные в сильно потрепанном виде вернулись в Севастополь и требовали продолжительного ремонта. В борьбе со стихией Ушаков проявил себя смелым и знающим моряком и, занесенный к кавказским берегам, все же благополучно довел свой корабль до базы.

3 июля 1788 г. на Черном море произошла первая «генеральная баталия» между обоими флотами, где Ушаков в той же должности начальника авангарда блестяще проявил свое тактическое искусство. Встреча противников произошла у острова Фидониси. Против семнадцати линейных кораблей (в том числе пять 80-пушечных) и восьми фрегатов турецкого капудана-паши Эски-Гасана русский флот имел два линейных корабля (оба 66-пушечные) и десять фрегатов. По силе артиллерии и количеству выбрасываемого в залпе металла турки были сильнее почти в три раза.

Но после ожесточенного трехчасового боя противник во избежание совершенного поражения вынужден был отступить и скрыться в беспорядке.

Искусные действия авангарда под руководством Ушакова не дали противнику осуществить его план окружения слабейшего русского флота и использовать свое превосходство в силах. Разгадав намерения врага. Ушаков блестящее отразил нападение его авангарда, связал боем самого Эски-Гасана и тем лишил последнего возможности руководить задуманной атакой.

В стремлении приписать победу своему руководству завистливый и малоспособный Войнович в донесениях о бое затушевал роль Ушакова и подвиги его кораблей. Ушакову пришлось отстаивать себя и заслуги своих храбрых подчиненных, и происшедший на этой почве конфликт с Войновичем неизбежно должен был рано или поздно привести к устранению Ушакова с боевого поприща. Однако вмешательство Потемкина, по заслугам оценившего Ушакова и увидевшего в нем многообещающего флагмана, в корне изменило обстановку. Войнович, проявивший себя и в дальнейшем бесталанным и трусливым начальником, был сменен, а на его место весной 1790 г. был назначен Ушаков.

Не прошло и четырех месяцев, как разгром турецкого флота в Керченском проливе позволил Потемкину с удовлетворением написать своему избраннику: «отдавая полное уважение победе, одержанной вами над флотом неприятельским… приписую оную благоразумию вашего превосходительства и неустрашимой храбрости вверенных вам сил…»2, а полтора месяца спустя Ушаков и флот ответили новой победой под Хаджибеем.

«Знаменитая победа, одержанная черноморскими силами, под предводительством контр-адмирала Ушакова… над флотом турецким, который совершенно разбит и рассыпан с потерей главного своего адмиральского корабля… служит к особливой чести и славе флота черноморского. Да впишется сие достопамятное происшествие… ко всегдашнему воспоминанию храбрых флота черноморского подвигов», — отмечал в приказе Потемкин3.

Годы боевого руководства Черноморским флотом под начальством Потемкина, может быть, были счастливейшими или, во всяком случае, спокойнейшими с точки зрения личной удовлетворенности в жизни Ушакова.

Потемкин был как раз таким начальником, который, нуждаясь в активном помощнике в деле строительства флота, его подготовки и боевого руководства операциями, видел в Ушакове человека, ясно понимающего роль и значение флота в текущей войне, владевшего искусством побеждать на море и способного организатора. И Потемкин, который, нуждаясь в боевом руководителе для флота, вынужден был в течение войны последовательно избавляться от бездеятельного бюрократа Мордвинова, неспособного и трусоватого Войновича, без колебаний остановил свой выбор на Ушакове.