Руководить экспедицией в Египет от имени ал-Му'изза должен был Джаухар, раб славянского происхождения, освобожденный Фатимидами и высоко поднявшийся по служебной лестнице за время долгого служения династии. В свое время Джаухар продемонстрировал свои выдающиеся полководческие и административные способности в подавлении мятежных правителей по всему Магрибу. Фатимидская армия вышла из Раккады в раби' I 358/феврале 969 года, после специальной церемонии, на которой присутствовал ал-Му'изз, и вошла в Египет примерно через 4 месяца. Джаухар не встретил никакого сопротивления. Он разбил лагерь на подступах к Фустату, двумя километрами севернее мечети Ибн Тулун, и немедленно вступил в мирные переговоры с делегацией сановников, включавшей главного судью столицы Абу Тахира аз-Зухли, да`и Абу Джа'фара и глав родов Хасанидов и Хусайнидов Алидов Египта, признававших алидское происхождение фатимидских халифов-имамов. Джаухар обнародовал также указ — охранную грамоту (аман), гарантировавшую возврат к подлинной Сунне Пророка и безопасность паломнических путей. Позднее Фатимиды постепенно ввели исма'илитский мазхаб, требовавший внешних изменений части ритуалов. Но Фатимиды никогда не пытались обратить кого-либо в исма'илизм силой, и потому большинство египтян оставалось суннитами, принадлежа к мазхабу шафи'и; в стране оставалась и значительная община христиан коптов. Весьма показательно, что до Фатимидов ши'иты составляли в Египте меньшинство, и их статус меньшинства оставался неизменным в течение двух веков правления Фатимидской династии.

Джаухар правил Египтом как вице-король 4 года, до 362/973 года. Как и после взятия власти Фатимидами в Ифрикийе, Джаухар сохранил от предыдущего режима администрацию и чиновников, занимавшихся правовыми вопросами, включая везира Ибн ал-Фурата и главного судью Абу Тахира аз-Зухли. Однако к каждому высшему чиновнику государства был приставлен специальный человек из берберов кутама в качестве лица, инспектировавшего деятельность чиновника. Всё это сделало переход к правлению Фатимидов и восстановление экономики более мягким и реально осуществимым. В рамках устремлений династии на восток Джаухар послал в мухарраме 359/ноябре 969 года основную часть подразделений фатимидской армии на завоевание Палестины и Сирии. Однако успехи Фатимидов в Сирии были недолгими. В 360/971 году карматы Бахрейна в союзе с Бундами и другими силами нанесли Фатимидам поражение в Дамаске, ставшее первым в ряду многочисленных позднейших неудач Фатимидов в Сирии. Воодушевленный своей победой и впечатляющей коалицией союзников, ал-Хасан ал-'Асам, племянник Абу Тахира ал-Джаннаби, командующий карматскими силами в большинстве кампаний, сам вторгся в свою очередь в Египет и подступил к воротам Фустата, но в 361/971 году был вынужден отойти. Эти события послужили началом многочисленных военных столкновений между Фатимидами и карматами Бахрейна, отдалив установление власти Фатимидов над Палестиной и Сирией еще на несколько десятилетий.

Между тем лагерь Джаухара под Фустатом быстро превращался в городок, первоначально названный Мансурийей, как и его тезка в Ифрикийе, где тогда все еще находился ал-Му'изз. Последний сам утвердил план нового города, в котором, как и в его предшественнике в Северной Африке, были предусмотрены северные и южные ворота, соответственно «Баб ал-Футух» и «Баб аз-Зувайла», а также мечеть под названием ал-Азхар. Джаухар выстроил также два дворца, разнесенные на большое расстояние друг от друга, для халифа-имама и его будущих наследников. Специальные террасы и административные пост были возведены для правительственных департаментов и фатимидской армии. К лету 361/972 года ал-Му'изз был готов придать Фустату статус столицы Фатимидского государства в Египте. Прежде чем отправиться в Египет, он назначил Булуггина правителем Ифрикии и всего Магриба. Булуггин, сын амира санхаджа, Зири б. Манада, погибшего во время верной службы Фатимидам, стал основателем династии Зиридов в Магрибе.

В сопровождении всего семейства Фатимидов, исма'илитских сановников, вождей кланов кутама, а также государственной казны, с ал-Кади ан-Ну'маном, ехавшим верхом рядом со своим халифом-имамом, ал-Му'изз пересек Нил и в рамадане 362/июне 973 года вступил в царскую резиденцию своей новой столицы Он привез с собой гробы своих предков — ал-Махди, ал-Ка'има и ал-Мансура. Новая столица ал-Му'изза была названа ал-Кахира ал-Му'иззййа (Победоносная столица ал-Му'изза), кратко — ал-Кахира (Каир). Переносом столицы окончился североафриканский этап Фатимидского халифата (297–362/909—973). Однако сам Египет, как известно, представлял лишь промежуточный этап в ориентированной на восток стратегии династии, которая устремлялась к Багдаду, как конечной цели. Эта далекая цель была воспета придворным поэтом и панегиристом Ибн Хани' ал-Андалуси (ум. 362/973) в произведениях, прославляющих завоевание Египта Фатимидами.

Правление ал-Му'изза в Египте длилось два полных года, прошедших, в основном, под знаком укрепления правления Фатимидов в Каире, а также дальнейшего отражения нападений карматов. В 365/ 975 году ал-Му'изз умер в своей новой столице, превратив фатимидское давла в империю с весьма устойчивым аппаратом да 'ва. Его мавзолей, в котором покоятся такжо его предшественники, наследники и другие члены семьи Фатимидов, украшен лепным орнаментом и 6огатыми драпировками, одна из которых представляет собой совершенно удивительное покрывало из голубого шелка с вышитыми золотом районами и городами, завоеванными под предводительством ал-Му'изза в 353/964 году18.

К концу III/Х века большая часть интеллектуального наследия античностибыла уже доступна мусульманам. Это произошло вследствие итенсивной работы по переводу на арабский язык многочисленных текстов греческих мыслителей. Работы Платона (Афлатун), Аристотеля (Аристуталйс), Галена (Джалйнус), Птолемея (Батламийус) и многих других древнегреческих мыслителей были первоначально переведены на арамейский язык, в основном, христианскими учеными Месопотамии и Сирии, которые затем перевели их на арабский. После спорадических усилий, предпринимавшихся во времена Омейадов, этой тенденции к переводу древнегреческих трудов на арабский язык официально покровительствовали ранние Аббасиды, особенно халиф ал-Ма'мун {198–218/813—833), открывший в своем дворце в Багдаде «Дом мудрости» («байт ал-хикма») с библиотекой, где группа ученых систематически занималась переводами. В результате мусульмане смогли вплотную познакомиться не только с различными направлениями греческой мысли в таких областях, как медицина, физика математика и астрономия, но и с логикой и метафизикой. Будучи проникнуты эллинистическим мировоззрением, эти труды естественным образом повлияли на методологию науки и традиции образования в мире ислама.

К III/Х веку, наряду с трудами великих древнегреческих учителей, на арабский были переведены и прокомментированы сочинения неоплатоников. Арабские переводы этих текстов послужили мощным толчком к развитию исламской философии вообще и исма'илитской мысли фатимидского периода в частности. Неоплатонизм — термин, ныне распространенный в среде современных историков философии, — был введен Плотином (ум. 270 н. э.), известным мусульманам как шейх ал Иунани, который в оригинальной манере переработал сочинения Платона. После ряда разработок нескольких учеников Плотина основная систематизация неоплатонической философии была осуществлена Проклом Афинским (ум. 485 н. э.).