Один из первых походов, правда, еще довольно вялый и нерешительный, Иннокентий III организовал против служившего у правителя Священной Римской империи Генриха VI вассала Марквардта фон Анвейлера. После смерти императора в 1198 г. этот полководец и государственный деятель поддерживал вдову своего сюзерена Констанцию в ее притязаниях на Сицилию, которую также желали опекать римские папы. Иннокентий III, готовивший в то время поход 1202–1204 гг., расценил действия Марквардта как нарушение мира в Европе, необходимого для борьбы с врагами Церкви. С его точки зрения, бывший вассал покойного императора таким образом пособлял мусульманам, мешая организации похода. Вот почему папа пожаловал всем, кто выступал против Марквардта и его людей, такое же отпущение грехов, как и тем, кто воевал против неверных в защиту латинского Востока. Подобные оправдания в терминах защиты мира и христианства на самом деле будут характерны для всех призывов пап к крестовым походам против светских властей на Западе.

Как известно, интересы понтификов и императоров пересекались преимущественно в Италии, которую папы, опираясь на «Константинов дар» и лжеисидоровы декреталии, привыкли рассматривать как свою вотчину. Более того, поскольку папа, наместник апостола Петра, считался викарием Христа, то существовавшее в Центральной Италии и возглавляемое римским понтификом Папское государство вообще мыслилось как «наследие Бога». С точки зрения понтификов, придававших таким образом священный ореол войнам против императора, патримоний св. Петра по значимости был сопоставим со Святой Землей, ибо Иерусалим в принципе и был символом Церкви.

Самым крупным конфликтом между «священством» и «царством», духовной и светской властью, в XIII в. было, конечно, противоборство Фридриха II, императора Священной Римской империи и короля Сицилии, с одной стороны, и папами, которые привыкли рассматривать государя как свою креатуру, — с другой. Для организации крестового похода на Восток суверены Святого престола желали использовать Сицилию, которая могла стать важной материальной основой похода, располагая мощным портом и морским флотом. Фридрих II, рано принявший обет крестоносца, медлил с его исполнением и тем самым вызывал жесткую реакцию понтификов вплоть до отлучения от Церкви. Когда в 1228 г. он наконец, не сняв с себя анафемы, вступил в поход в Святую Землю, папа Григорий IX воспользовался его отсутствием, чтобы вторгнуться в Сицилийское королевство. Началась настоящая война. Напряженность в отношениях между светской и духовной властями удалось снять лишь заключением мира в Сан-Джермано в 1230 г., но в конце 30-х гг. XIII в. конфликт вступил в новую фазу. В 1239 г. папа обвинил императора в том, что тот не помогает Святой Земле и Латинской Романии, и на этом основании вновь отлучил его от церкви. Конфликт между ними достиг такой силы, что в 1241 г. Фридрих II привел свои войска в долину Тибра. Он прямо угрожал Риму, а запертый в городе папа Григорий IX вынес на всеобщее обозрение святые мощи, раздал кресты верующим и призвал их сражаться под давним лозунгом папства — во имя освобождения Церкви (libertas Ecclesiae). Папский легат проповедовал настоящий крестовый поход против Фридриха II, и всем, кто принял крест, были пожалованы такие же индульгенции, как и отправляющимся в Святую Землю крестоносцам. Но и на этом дело не кончилось. В 1245 г. в Лионе был созван церковный собор с тем, чтобы низложить императора, а в 1248 г. против него же объявлен новый крестовый поход, целью которого было овладение Сицилийским королевством. После смерти Фридриха II в 1250 г. оппозицию в южной Италии возглавил его сын Конрад IV (1250–1254). Войну против папства продолжил его сводный брат Манфред (1254–1268), а позже и сын Конрада IV Конрадин (1254–1268). Папы сражались с ними с такой же яростью, как и с их отцом и дедом.

В своей борьбе против императора и его преемников понтифики прибегли к введенному еще Иннокентием III и подтвержденному каноном Четвертого Латеранского собора принципу «наделения трофеями». Так, используя Карла I Анжуйского, брата французского короля Людовика Святого, в конфликте против Гогенштауфенов, папы предложили принцу в качестве «трофея» — вознаграждения за участие в крестовом походе против врагов папства — Сицилийское королевство и титул короля, а также пожаловали все полагающиеся крестоносцу привилегии. Помощь анжуйцам рассматривалась папством как еще один шаг на пути утверждения сюзеренитета над Сицилией. Под эгидой Святого Престола Карл I Анжуйский развернул наступление на Гогенштауфенов в южной Италии и Сицилии. В марте 1266 г. в битве при Беневенто сын Фридриха II Манфред был разгромлен и погиб, после чего французский принц подчинил себе Сицилию и начал хозяйничать в Италии. Однако гибеллины не смирились с ситуацией и на этот раз объявили королем Сицилии внука Фридриха II Конрадина, у которого было немало приверженцев даже в Риме. Конфликт вступил в новую фазу. В 1268 г. Конрадину удалось разгромить войска Карла Анжуйского в долине реки Арно. Но в том же году папский ставленник предпринял решительное наступление на Сицилию, поддержанное активной проповедью крестового похода, благодаря которой армия принца пополнялась все новыми и новыми воинами. В августе 1268 г. битве при Тальякоццо армия Конрадина была разгромлена, а самого короля и его близких и сторонников ждала жестокая казнь. Но и этим дело не кончилось. После победы Карла I Анжуйского практически вся Южная Италия, включая Сицилию, оказалась под его властью, которой он воспользовался по своему усмотрению, вводя французские образцы правления и ущемляя интересы итальянцев новыми поборами и налогами. В результате недовольные господством Анжуйской династии сицилийцы в 1282 г. подняли мятеж против ненавистных французов — этот эпизод известен в средневековой истории как «Сицилийская вечерня» — и предложили сицилийскую корону правителю Арагона Педро III — родственнику Манфреда, супругу его дочери Констанции Гогенштауфен. В связи с этими событиями в 1285 г. новый папа Мартин IV (1281–1285) организовал очередной крестовый поход теперь уже против арагонского короля, поддержав анжуйцев индульгенциями. Длительная война между французами и Арагонским домом завершилась лишь в 1302 г. подписанием мира в Кальтабелотте, по которому собственно Сицилия оказалась по существу в руках арагонцев. По условиям этого мира сам остров, теперь уже независимый от материка, превращался в папский фьеф, держателем которого была арагонская корона, а материковая часть передавалась анжуйцам. По существу после 1302 г. можно говорить о двух независимых государствах — Неаполитанском (с Анжуйской династией) и Сицилийском (с арагонским домом).

Во время долгих сицилийских войн папство, поддерживая своих сторонников, начало регулярно облагать Церковь поборами в пользу крестового похода. Так, на Лионском соборе 1274 г. было принято решение о сборе «крестовой десятины» в течение шести лет, и большая часть собранных в этот период денег пошла на папские войны. Перераспределение средств, предназначенных для Святой Земли, в пользу политических походов вызвало недовольство мирян, и особенно латинских государств, но механизм использования «крестовых денег», как и самого института крестового похода, в интересах папской политики уже был запущен. Поразительно, но со временем папы стали использовать инструмент крестового похода даже в борьбе против своих же собратьев — церковных иерархов! Об этом свидетельствует, например, конфликт рода Каэтани, к которому принадлежал избранный в 1294 г. папа Бонифаций VIII (1294–1303), с одной стороны, и древнего римского рода Колонна, из которого вышли многие влиятельные кардиналы и соперники этого понтифика — с другой. Вскоре после вступления на Святой Престол Бонифаций VIII объявил официальный крестовый поход против семьи Колонна и при этом почерпнул средства для него из тех самых источников, из которых обычно финансировались военно-религиозные экспедиции на Восток. В результате похода действующего понтифика земли представителей рода Колонна были захвачены, их главный город — Палестрина — разрушен, а сами они попали в плен, где их ждала жестокая расправа.