Впрочем, Кодрингтон уже успел заключить с Мухаммедом Али соглашение о выводе мусульманских войск и освобождении греческих рабов. Ибрахим хотел выполнить обещание отца, но отказался передавать грекам турецкие крепости Модон (Метони), Корони, Наварин (Пилос), Хлемуци, Патрас (Патры) и Рион, которые были специально исключены из соглашения.

Впрочем, сопротивление оказала лишь последняя крепость, но 3 октября сдалась и она. В Морее больше не осталось вражеских войск, и французы, с легкостью освободившие эти твердыни, принялись их чистить, прокладывать дороги и восстанавливать то, что разрушил Ибрахим. Одним из его последних приказов был приказ об уничтожении Триполиса. И египетские арабы выполнили этот приказ так старательно, что из всех сооружений бывшей турецкой столицы Мореи современный путешественник может увидеть лишь фундамент того, что когда-то было конаком паши.

Чтобы предотвратить новые вторжения на полуостров, союзники подписали 16 ноября специальный протокол, по которому Морея с прилегающими к ней островами и острова Киклады помещались под их совместную охрану до окончательного решения греческого вопроса. Этот протокол позволил Франции держать в Морее некоторое количество войск; остальные вернулись домой. К югу от Коринфского перешейка война закончилась; севернее его грекам удалось вернуть потерянные земли, ибо турки были сильно ослаб лены войной с Россией и мятежом в Албании. Ипсиланти занял Беотию; Салона сдалась; крепость Воница на берегу залива Амвракикос капитулировала; за ними последовали Лепанто (Нафпактос) и Месолонгион. На Крите обе партии заключили перемирие.

А тем временем представители трех держав обсуждали на острове Порос новые границы Греческого государства; их решения были изложены в Лондонском протоколе от 22 марта 1829 года. Договорились, что северная граница Греции пройдет от залива Амвракикос до залива Пагаситикос, а на востоке в состав страны войдут Эвбея и острова, прилегающие к Морее и Кикладам. Греция должна была стать наследственной монархией под управлением христианского короля, который будет избран народом. Этот монарх не должен будет принадлежать к династиям трех стран, составивших этот протокол. Король будет назначен с согласия султана, которого он должен признать своим сюзереном. Короля и его преемников должен будет формально вводить в должность султан Порты, которому они обязаны будут выплатить полтора миллиона пиастров (около 30 тысяч английских фунтов).

Это соглашение глубоко разочаровало и греческих политиков, и их президента; их возмутило то, что в состав Греции не были включены острова Самос и Крит. А султан был недоволен тем, что вместо него Грецией будет править иностранный государь. С другой стороны, Махмуд II согласился отдать Греции лишь Морею и прилегающие к ней острова. И если бы не лорд Абердин, тогдашний министр иностранных дел Англии, испытывавший к туркам симпатию, союзным державам удалось бы навязать туркам нужный договор, и на карте Европы появилось бы королевство Греция.

В этих условиях Каподистрия выполнил свое долго откладываемое обещание собрать Национальную ассамблею. Чтобы добиться большинства голосов на будущих выборах, он совершил предвыборную поездку по Морее, где был очень популярен. Каподистрию избрали своим представителем многие округа; но эти выборы были объявлены незаконными, и вместо прежних были избраны новые делегаты, а «добрые христиане», как их называли избиратели, вручили им свои наказы. Месолонгион, всегда выступавший за свободу, выразил протест против этой карикатуры на представительное правительство; острова Эгейского моря, естественно, голосовали за оппозицию.

С греческих островов, еще остававшихся в руках турок, из Эпира и Фессалии, из Хиоса и Крита приехали депутаты, пожелавшие поддержать Каподистрию на четвертой Национальной ассамблее, которая собралась 23 июля 1829 года в древнем театре Аргоса. В избранном парламенте сторонники Каподистрии имели большинство, и он смог выполнить повеление президента. Каподистрия получил полное право вести переговоры с союзниками; он назначил шестерых и выбрал из списка кандидатов еще двадцать одного члена вновь созданного сената. Этот сенат должен был сменить «Панэллинион», но полномочия его были сильно ограничены. Имя Каподистрии решено было выгравировать на монетах; он должен был стать первым и пока единственным кавалером только что созданного ордена Спасителя.

Только по одному вопросу – ратификации постановлений союзников – Ассамблея не согласилась с президентом, оставив за собой право не одобрять их. Это решение оказалось очень мощным оружием в ее руках. Церковь в своем письме выразила протест против непотизма младшего брата президента, Августиноса, который был его полномочным представителем в Западной Греции, но этот протест был отвергнут. Казалось, что Каподистрия находился на вершине своей власти; даже Меттерних, который недооценивал греческое движение, считал, что устранить Каподистрию будет невозможно.

Через несколько недель после закрытия Ассамблеи многолетняя война греков с турками наконец закончилась. Наступление русских войск на Адрианополь заставило султана вывести все свои войска из Греции; отряду албанцев под руководством Аслам-Бея было приказано сопровождать турок, которые еще оставались в Аттике и Беотии. На своем пути из Афин Асламу предстояло форсировать узкий перевал Петра между Левадеей и Фивами. В ту пору это были Фермопилы Беотии, но теперь, после осушения озера Копаида (Копаис), эта местность стала совершенно неузнаваемой. Здесь Аслам обнаружил Ипсиланти, готового помешать его переходу, и 24 сентября Аслам потерпел сокрушительное поражение от Ипсиланти и Криезотиса. Утром он подписал условия капитуляции, согласно которой турки согласились уйти из Восточной Греции, оставив за собой лишь афинский Акрополь и крепость Карабаба (цитадель города Халкис на острове Эвбея).

Финлей выразился об этом так: «Князь Дмитрий Ипсиланти имел честь завершить войну, которую начал на берегах Прута его брат».

Война за независимость закончилась, осталось лишь установить точные границы страны и назначить ее правителя. За одиннадцать дней до окончания боевых действий между греками и турками Россия заставила султана подписать Адрианопольский мир, в котором он согласился признать Лондонский договор и протокол от 22 марта. В результате этого герцог Веллингтон, в ту пору премьер-министр Великобритании, отказался от идеи превратить Грецию в вассальное княжество и стал сторонником независимости Греческого королевства.

Двадцать пять лет спустя министр иностранных дел в кабинете Веллингтона лорд Абердин признал, что Греция избежала судьбы вассала и получила полную свободу только благодаря Адрианопольскому договору. Герцог верил, что конец Турции не за горами; поэтому было бессмысленно превращать Грецию в вассала слабого государя, который не смог бы ее защитить. С другой стороны, он предвидел дальнейшее усиление России и позаботился о том, чтобы территория Греции, которую считали русофильской страной, не стала слишком большой. Британскому кабинету тех лет нужно было небольшое независимое государство. Эти идеи легли в основу новых протоколов, подписанных тремя державами 3 февраля 1830 года. Они решили, что Греция должна стать совершенно независимым государством, управляемым наследственным монархом, носящим титул суверенный государь Греции. При этом было поставлено одно условие – этот монарх не должен принадлежать к правящим домам Франции, Великобритании и России.