Последовали Троя III, IV и V (2300–1900 годы до н. э.). Эти слои свидетельствуют о периоде упадка в истории древнего города. Город оставался крепостью, кварталы становились все теснее, население беднело. В ту эпоху культуры раннего бронзового века охватил кризис. В Греции и на островах Эгейского моря происходят беспорядки и мятежи, многочисленные племена начинают мигрировать. Меняются торговые пути в восточной части Средиземного моря. Около 1900 года начинается возвышение Крита. В это время индоевропейские племена вторгаются в Анатолию, возникает Хеттская держава.

После разрушения Трои V на это место пришло новое население, имевшее прирученных лошадей, владевшее новыми методами строительства и изготовления керамики. Именно Троя VI, как считают ученые в последнее время, и является гомеровской. В этот период город достиг наибольшего расцвета. Его площадь составила 18 га (для сравнения: площадь Московского Кремля 27,5 га), что больше всех предыдущих и последующих реинкарнаций Трои. Город становится торговыми воротами из Азии в Европу. Идет интенсивный обмен идеями и новациями. Около 1600 года появляются легкие, маневренные колесницы, таран, бронзовое оружие, эффективно поражающее противника на большом расстоянии.

Мощная крепость, господствовавшая над окружающими землями, была разрушена около 1250 года до н. э. в результате сильного землетрясения и войны, описанной Гомером. Лучше всего сохранились восточные стены с воротами в шестом городе: длина стен около 300, а толщина около 4 м. В высоту они достигают 5 м, а местами, по-видимому, были и вдвое выше.

Троя VII (1250–950 годы до н. э) несколько раз частично восстанавливалась и снова разрушалась войнами и пожарами. Начались «темные века». Рушатся державы бронзового века. Война сокрушает и пелопоннесские Микены, и хеттскую Хаттусу, и левантийские города-государства, в частности Угарит. Происходит массовое переселение народов. В восточной части Средиземноморья культура приходит в упадок. Культура прошлых лет во многом была утрачена, письменность забыта. Был забыт и гончарный круг — снова появились грубые, слепленные вручную горшки. Около 950 года до н. э. на холм Гиссарлык пришли греки, снова отстроившие город и назвавшие его Новый Илион (Троя VIII). В 85 году до н. э. его завоевали и разрушили римляне, чтобы позже восстановить, придав ему новый облик (Троя IX) и переделав имя на свой лад — Илиум. В городе появились непременные атрибуты римской культуры — стадион, театр и акведук. После гибели Римской империи Троя стала глухой провинцией, а с падением Византии в 1453 году люди перестали селиться на Гиссарлыкском холме, и вскоре даже местоположение знаменитого города было забыто — вплоть до открытия Шлимана.

Надо отметить, что ни один археолог и ни одно археологическое открытие не пользовались такой широкой популярностью, как Генрих Шлиман и его находки. Шлимана знали все — от коронованных особ до уличных мальчишек. Но на его долю выпало столько же восторженных похвал, сколько и уничижительных порицаний, и следует признать, что и те и другие вполне заслужены. Он действительно открыл гомеровскую Трою, но, открыв, сам ее и разрушил.

Да и судьба самого Генриха Шлимана — это интереснейший роман, полный приключений, героизма, страшных падений и головокружительных взлетов. Сын бедного, а под конец жизни совершенно разорившегося пастора, Шлиман с малых лет жил самостоятельно. В поисках средств на пропитание он служит помощником в лавке, юнгой на корабле, путешествует пешком из города в город, просит милостыню, попадает в самые отчаянные и безвыходные положения. Наконец устраивается агентом в торговый дом в Амстердаме. В 1846 году судьба забросила Генриха в Россию, где ему в конце концов улыбнулась удача. Здесь он ведет самостоятельные коммерческие операции и на поставках селитры в русскую армию во время Крымской войны наживает миллионное состояние. Сделавшись миллионером, совершает путешествия в Америку, Африку, Индию, Китай и Японию. Но и прося подаяние, и наживая миллионы, Шлиман ни на минуту не забывает о своей мечте. Мечта эта — найти гомеровскую Трою. Идея эта вынашивалась Шлиманом, если верить его автобиографии, с восьмилетнего возраста, когда он впервые прочитал Гомера и увидел изображение Трои. И хотя картинка была чистым вымыслом художника, Шлиман всю жизнь представлял Трою именно такой — и такую ее искал.

В 1870-х годах сведения о Трое и в целом о культуре и истории Греции до начала I века до н. э. ограничивались свидетельством Гомера в приписываемых ему двух поэмах — «Илиаде» и «Одиссее», а также несколькими легендами и мифами. Одни ученые считали все это безусловным вымыслом, другие допускали элементы действительности. Шлиман же доверял Гомеру безоговорочно.

Вопрос о местонахождении Трои был спорным. Среди современных Шлиману историков была распространена гипотеза о том, что Троя находилась на месте турецкой деревни Бунарбаши. Об этом писал еще в конце XVIII века французский ученый и путешественник Лешевалье. Шлиман приехал в это место и усомнился в том, что древняя Троя находилась именно здесь: окрестности Бунарбаши не соответствовали окрестностям Трои, описанным в «Илиаде». Ведь от ахейского лагеря, лежавшего у моря, до стен Трои было совсем недалеко. Греческие воины успевали по несколько раз в день побывать и в своем лагере, и под стенами города: греки слышали звуки флейт из Трои. А деревня Бунарбаши лежала на расстоянии 13 км от моря! Как мог бы Гектор, преследуемый Ахиллом, три раза обежать вокруг Трои, если местность вокруг Бунарбаши изобиловала крутыми обрывами? Где два ключа (один с холодной, другой с горячей водой), о которых упоминается в «Илиаде»? Нет, Трою надо искать не здесь!

Впервые тождество холма Гиссарлык с гомеровской Троей предположил в 1822 году Чарлз Макларен. Сторонником его идей был Фрэнк Калверт, который начал на Гиссарлыке раскопки за 7 лет до Шлимана. По иронии судьбы, участок холма, принадлежавший Калверту, оказался в стороне от искомого места. Генрих Шлиман, который был знаком с Калвертом, начал целенаправленное исследование другой половины Гиссарлыкского холма. Здесь все совпадало с описаниями Гомера!

Почти сразу археологу-неофиту посчастливилось найти остатки древних строений. Он был в упоении и не сомневался, что цель всей его жизни близка. К этому времени, в 1870 году, Генрих обосновался в Афинах. Здесь он женился на семнадцатилетней девушке по имени София, правда, жалея, что ее имя не Елена или Ифигения, о которых говорилось в гомеровских поэмах. Однако это «несоответствие» он вскоре исправил, дав своим детям имена Агамемнон и Андромаха. Гречанка София, преданный друг, разделила все трудности беспокойной жизни мужа. Она же носила и многие бесценные украшения, которые откапывал Генрих Шлиман. Ведь поначалу его археологические раскопки были наполовину подпольными, что нередко приводило к судебным распрям.

Получить разрешение на раскопки Гиссарлыка было чрезвычайно трудно. Турецкое правительство недоверчиво относилось к просьбам Шлимана. Турки, которым принадлежала бо́льшая часть холма и которые использовали его как пастбище для коз, запросили неслыханную цену и бесконечно тянули с переговорами. Правда, уже во время этих переговоров, в апреле 1870 года, хитрецу Шлиману удалось провести пробные раскопки. В северо-западной части холма он обнаружил мощные стены, которые не колеблясь признал стенами дворца Приама!