В этот период плавать по морю — часто означало сражаться, и шкипер де Рейтер получил свою долю военных приключений. Молодым моряком он был ранен в голову и попал в плен к испанским приватирам в Бискайском заливе. Попав на берег, он бежал вместе с двумя другими моряками и пробрался по суше домой через всю Францию. Позднее в качестве капитана корабля он показал себя отважным, но благоразумным командиром. Подводя итог этой фазы карьеры де Рейтера, Брандт пишет: «Его осторожность, отвага и везение, или, говоря более христианским языком, божественная поддержка, всегда благоприятствовали ему, позволяя добиваться хороших результатов и избавляя его от величайших опасностей».

В декабре 1640 года, после 60 лет оккупации, Португалия восстала против исконного врага Нидерландов — Испании. Генеральные Штаты решили послать на помощь инсургентам 20 кораблей. «De Haze»[6] шкипера де Рейтера был зафрахтован адмиралтейством Зеландии для участия в этой экспедиции. Сам де Рейтер был избран контр-адмиралом маленького флота. Это назначение подтвердило высокую репутацию, которую он успел приобрести. Попытка перехватить конвой из Ла-Платы привела к нерешительному бою у мыса Сент-Винсент с превосходящими силами испанского флота. Однако вскоре начались колониальные проблемы, которые вынудили Голландию прекратить помощь португальцам. Де Рейтер об этом не сожалел. Хотя он сам действовал очень хорошо, ему не понравились действия военного флота, и после возвращения домой в 1642 году он с удовольствием возвращается к карьере торговца.

Де Рейтер был не только хорошим моряком, он оказался неплохим дельцом. К 1652 году он добился некоторых успехов. В январе этого года он женился в третий раз (перед этим дважды овдовев) и решил, что наступило время расстаться с морем. Судьба решила иначе.

Годом раньше англо-голландское торговое соперничество привело к тому, что британский парламент принял Первый Навигационный акт, направленный против голландской торговли. Летом 1652 года началась война. Голландская республика быстро поняла, что на карту поставлено все ее будущее. В результате началось спешное строительство военного флота и вербовка способных моряков. Люди с таким богатым опытом, как де Рейтер, были нужны на квартердеке, и совет провинции Зеландия обратился к нему с просьбой поступить на службу во флот.

Сначала шкипертвердо отказался, у него были собственные планы. Однако власти продолжали настаивать, взывая к его патриотизму в самых льстивых выражениях. Де Рейтер был глух к лести, но призыв к патриотизму не мог оставить его равнодушным. Впервые выйдя в море в качестве капитана военного корабля в 1641 году, он писал: «Я буду действовать искренне, как честный капитан, в надежде, что бог благословит работу, ради которой мы посланы во имя нашей дорогой Отчизны». Его преданность «Отчизне» оставалась непоколебимой. Хотя де Рейтер знал, что состояние военного флота значительно улучшилось, в основном усилиями Маартена Харпертсзона Тромпа, он предвидел «будущие несчастья, внешние и внутренние». Внешние — потому что британские корабли были крупнее, более многочисленны и более сильны, чем голландские. Английские моряки были лучше обучены и более опытны в боях. Внутренние — потому что страну разъедали противоречия, в основном между дворянским регентским советом, который возглавляли братья Иохан и Корнелис де Витты, и простым народом, который желал правления Оранского дома. Последний штатгальтер Вильгельм II скончался в начале 1650 года, оставив после себя маленького сына принца Вильгельма III. Регенты, которые жаждали власти, не желали назначения нового штатгальтера. Они отвергли предложение Оранского дома назначить молодого принца генерал-капитаном и генерал-адмиралом, чтобы кто-то из представителей Оранской династии управлял от его имени, пока Вильгельм не достигнет совершеннолетия. Эти раздоры мешали подготовке флота, который сохранял сентиментальную верность Оранскому дому.

Наконец де Рейтер поддался на убеждения и согласился совершить одно плавание, хотя, как он писал, «с большой неохотой и беспокойством». В результате 29 июля 1652 года совет провинции назначил «нашего дорогого верного капитана Михеля де Рейтера за его особые качества и его проверенную верность, отвагу и опыт в морской войне» вице-коммодором. Это не было постоянное звание, он давалось главному помощнику вице-адмирала Витте де Витта в составе флота под командованием Маартена Тромпа.

Для де Рейтера начинающаяся кампания стала началом череды боев, которая тянулась более двух десятилетий. По словам Брандта:

Первое из этих сражений произошло 26 августа 1652 года возле Плимута, когда де Рейтер отразил попытку англичан перехватить направляющийся на запад конвой, шедший под его эскортом. В 1652 году он командовал арьергардом голландского флота во всех трех крупных сражениях этого года: Трехдневном бое (28 февраля — 2 марта), бое на банке Габбард (12–13 июня) и бое у Шевенингена (8 — 10 августа), где нашел свою смерть Тромп. Бой у Шевенингена стал последним крупным морским сражением войны, которая в апреле 1654 года завершилась подписанием Вестминстерского мира.

11 ноября 1653 года де Рейтер получил звание вице-адмирала Амстердамского адмиралтейства. На сей раз он решил остаться на службе после заключения мира и в последующее десятилетие он участвовал в экспедициях в Балтийское море, Северную Атлантику и Средиземное море, чтобы защищать голландские интересы в войнах со Швецией, Португалией и берберийскими государствами. В 1660 году он получил датское дворянство в награду за свое участие в захвате союзниками у шведов в прошлом году острова Фёнен.

Как мы видим из географии действий де Рейтера, морская торговля Голландии быстро оправилась от удара, полученного в Первой англо-голландской войне. Амстердам оставался финансовой столицей Европы, и корабли под трехцветным голландским флагом все еще играли главную роль на мировых торговых путях. Разумеется, это не могло ускользнуть от внимания Англии. В 1660 году республику сменила монархия, была реставрирована династия Стюартов. Однако Карл II, как выяснилось, не меньше Кромвеля желал покончить с голландским торговым превосходством. В 1663 и 1664 годах были отправлены экспедиции, которые, без формального объявления войны, должны были атаковать голландские колониальные владения. Вскоре военные действия перекинулись и на европейские воды, и в январе 1665 года Нидерланды объявили Англии войну.

Первое крупное сражение Второй англо-голландской войны произошло 13 июня, когда голландский главнокомандующий ван Вассенаар ван Опдам атаковал английский флот герцога Йоркского. Бой завершился катастрофой для голландцев. После 12 часов сражения они были вынуждены бежать, потеряв 17 кораблей и 4000 человек, тогда как англичане потеряли только 1 корабль и 800 человек. Среди убитых оказался главнокомандующий — его флагманский корабль погиб почти со всем экипажем при взрыве порохового погреба. Был убит и второй по старшинству командир — лейтенант-адмирал Эгберт Мюссен Кортенар. Известие об этом поражении, самом серьезном поражении голландцев на море, погрузило всю страну в траур.