Василий Яковлевич Костылев, назначенный на должность российского консула в Нагасаки 33-летним в 1881 г., пробыл здесь недолго, его сменил П. Румин. После него короткое время обязанности российского консула исполняли Григорий Александрович Де-Воллан (1890–1892) и Михаил Михайлович Устинов, переведенный в 1897 г. в Нагасаки из Хакодате. Одной из важных составляющих деятельности как российского, так и других иностранных консульств, была защита интересов иностранцев, проживающих в Нагасаки. Особенно это касалось экстерриториальности, сохранения иммунитета от японских законов. Возможно, иностранцам и на руку была такая привилегия, но она вовсе не означала, что они были вольны совершать преступления. Консульства крупных стран служили судами в случае уголовных и гражданских правонарушений, а консул выступал как судья. Каждое консульство в Нагасаки нанимало полицейского, чьей задачей было поддерживать порядок, арестовывать лиц, подозреваемых в преступлениях, и препровождать их в тюрьму, которая имелась в каждом консульстве.

Моряки хорошо знают, какой бедой грозит судну любой пожар, поэтому регулярные корабельные учения отрабатывают действия каждого по борьбе с огнем, доводя их до автоматизма. Выучка и отвага русских моряков не раз помогали при тушении пожаров в Японии. В этой стране, где большинство построек сооружалось из дерева, а техника тушения огня была очень примитивной, пожары превращали в пепелища не только маленькие селения, но и большие города. Еще в 1858 г. моряки с «Аскольда» продемонстрировали японцам слаженные и умелые действия при тушении пожара в Десиме. И вот 25 января 1874 г. экипаж корвета «Богатырь» под командованием капитана 2-го ранга Д. П. Шафрова еще раз доказал, что в борьбе с огнем русским морякам нет равных.

Казалось, что огонь нельзя остановить. Домишки лепились друг к другу, и пламя мгновенно охватывало все новые и новые строения. Огонь перелетал даже через узкие улицы. Легкие жилища нагасакцев пожирались пламенем одно за другим. Люди уже перестали бороться с пожаром и просто бежали, чтобы спасти жизнь. Естественной преградой для огня был канал с переброшенным через него мостом. Командир «Богатыря» сразу понял это и расставил матросов на подступах к мосту. Казалось, люди вот-вот дрогнут перед натиском огня, но моряки отважно стояли на месте, понимая, что если они отступят, то город перестанет существовать. И люди выдержали… Губернатор Нагасаки в знак благодарности прислал на борт «Богатыря» бочонок саке и 500 яиц. Командир Шафров, правда, отказался принять дар и попросил от имени экипажа передать его тем горожанам, которые больше всего пострадали от пожара.

Этим происшествием не закончились приключения моряков с «Богатыря». Им довелось принять участие и в международном конфликте, выступив в роли защитника интересов Японского государства, когда в конце января 1874 г. в г. Сага провинции Хизек (о. Кюсю) произошли большие волнения. Местный гарнизон, будучи не в силах оказать сопротивление, разбежался. В ночь с 8 на 9 февраля 1874 г. на «Богатырь», уже готовый к выходу в море, прибыл германский консул. Он сообщил капитану, что около пяти тысяч восставших находятся в 17 милях от города, и попросил оказать помощь, высадив на берег десант. Д. П. Шафров согласился и даже предложил принять на борт иностранных жителей Нагасаки. «Кронштадтский вестник» по этому поводу писал: «Переходя к плаванию наших судов за границей, мы опять напомним уже сообщенную нами депешу о беспорядках, вспыхнувших в Японии, причем, как уже известно нашим читателям, русский 8-ми пушечный фрегат «Богатырь» принял на себя в Нагасаки охрану телеграфной станции большого северного телеграфного Общества Сибирско-Японского телеграфа».

На другое утро командир «Богатыря» под видом учений высадил на берег десант. Русские моряки строем прошли до Немецкого консульства, а потом вернулись на корабль. В течение нескольких дней положение оставалось критическим, и губернатор Нагасаки попросил русских моряков взять на сохранение городскую казну с 40 тыс. долларов. В случае опасности он собирался и сам укрыться на «Богатыре». Через некоторое время из Шанхая подошли английские канонерские лодки, а также американский и японский корветы, а японский военный гарнизон увеличился на полтысячи солдат: дополнительно сюда были посланы силы из Осаки, Токио и Фукуоки. Только 25 февраля, когда капитан «Богатыря» получил известие, что восстание подавлено, судно вышло в море.

В середине 1865 г. российским консулом в Хакодате был утвержден Евгений Карлович Бюцов. Несмотря на молодость, он был опытным дипломатом. С 1856 г. он занимал должность секретаря по дипломатической части при генерал-губернаторе Восточной Сибири и участвовал в переговорах, предшествовавших заключению Айгуньского договора с Китаем, с 1858 г. числился в штате Министерства иностранных дел, затем работал в дипломатических и консульских представительствах в Китае. Приехав в Японию, Бюцов сразу понял, что Российское консульство, которое по сути являлось посольством, находится в неудачном месте. Здесь отсутствовали прямые связи с Европой и США, торговля находилась в зачаточном состоянии. Об этом он написал в своем донесении от 18 января 1867 г. Кроме того, близость Хакодате к российским берегам, которая при открытии консульства казалась огромным преимуществом, не могла компенсировать отдаленности этого порта от японской столицы, что существенно затрудняло ведение дипломатических дел. Но и находясь вдали от Эдо, Бюцов сумел принять участие в решении важных проблем, например, внести изменения в Трактат 1858 г., которыми была снята значительная часть ограничений в торговле с Россией. Японцы получили возможность без посредников торговать с русскими, использовать новый таможенный тариф. В конце декабря 1867 г. такое соглашение было им подписано. Бюцову выпала роль и продолжить переговоры по разграничению Сахалина, начатые Гошкевичем. Он был в постоянном контакте с начальником Сахалинского отряда подполковником В. де Витте, который сообщал консулу об условиях жизни на Сахалине, количестве проживавших там японцев и их основном поселении Кусуна-Катани.

Летом 1868 г. Бюцов узнал о предполагаемом переводе консульства в Йокогаму, но помешала вспыхнувшая в Японии гражданская война. Тем временем в Азиатском департаменте Министерства иностранных дел приняли решение об учреждении в Йокогаме Российского генерального консульства, по сути дела, посольства. Вскоре Е. К. Бюцов уехал в Йокогаму, а его место в Хакодате занял А. Е. Оларовский.