1708 и 1709 годы были, пожалуй, самыми тяжелыми в жизни Петра. Карл наступал настойчиво и упрямо. Нужно было срочно готовить Москву к обороне от шведского нашествия – ведь тогда оно казалось почти неминуемым. После измены Мазепы Петру требовалось во что бы то ни стало удержать под своей властью Украину. Кроме того, необходимо было укреплять позиции в Прибалтике – строить и ремонтировать завоеванные крепости, спускать на воду новые корабли. Ко всему прочему, Петра душила масса дипломатических дел, проблемы внутреннего управления, промышленности, финансов.

И тут, в самые драматические месяцы шведского наступления 1708—1709 годов, на Дону с яростной силой разгорелось восстание Кондратия Булавина. В какой-то момент возникла даже угроза соединения восставших с наступающим врагом и сторонниками Мазепы (Запорожской Сечи). К восстанию Булавина привела внутренняя политика Петра в первые годы Северной войны. Она отличалась особой жесткостью и неумолимостью при взыскании налогов, изъятии всего необходимого для армии, войны. Следствием стало разорение крестьян и их сопротивление властям. В источниках отмечены многочисленные случаи разбоев, нападений на помещичьи усадьбы и государственных чиновников. Но более всего против политики царя крестьяне «голосовали ногами» – они бежали из деревень на юг и на запад. Верхнее течение Дона и его притоков с давних пор было местом, где укрывались беглые из Центра. Именно беглые давали основную массу добровольцев, пополнявших ряды донского казачества. Донские казаки – отважные и смелые люди, спаянные боевым братством, – придерживались золотого для них правила: любой человек, пришедший на Дон, становился свободным. В этом они справедливо видели неиссякаемый источник существования вольного донского казачества.

Однако деспотичный Петр с этим считаться не желал и, получая от помещиков и местных властей сообщения о бегстве крестьян на Дон, распорядился летом 1707 года послать отряды «сыщиков» для поимки и возвращения беглых. Командовал операцией князь Ю. В. Долгорукий. С самого начала он действовал грубо и бесцеремонно, не считаясь с традициями и обычаями казаков. Отряды Долгорукого творили безобразия на Дону. Как писал впоследствии в своем воззвании Булавин, люди Долгорукого «многия станицы огнем выжгли и многих старожилых казаков кнутом били, губы и носы резали и младенцев по деревьям вешали, также женска полу и девичья брали к себе для блудного помышления».

Действия Долгорукого вызвали недовольство, а потом и восстание донцов. В ночь на 9 октября 1707 года атаман Кондратий Булавин с двумя сотнями казаков убил Долгорукого и его людей. С тех пор пошло грубоватое народное выражение «разбила кондрашка». После неудачной для Булавина и его сторонников зимы 1707—1708 годов восстание вновь и с большей силой запылало весной 1708 года. А тем временем шведы перешли границу и двинулись на Москву. Опасность соединения врагов усилилась. Начальником карательного отряда, посланного на Дон, царь назначил брата убитого Юрия Долгорукого, князя Василия, которому Петр поручил немедленно раздавить мятеж. Движимый местью, В. В. Долгорукий был беспощаден. В указе, данном подчиненным, он писал: «Ходить по тем городкам и деревням… которыя пристают к воровству, и оныя жечь без остатку, а людей рубить, а заводчиков на колесы и колья, дабы сим удобнее оторвать охоту к приставанью».

Такие жестокости лишь раздули пламя мятежа. Булавин вступил в столицу Донского войска город Черкасск. На казачьем кругу он был избран войсковым атаманом. Восстание быстро разрасталось, к Булавину пришла подмога – отряд запорожских казаков. Казачьи отряды вышли на Волгу, захватили Царицын, сподвижник Булавина Игнатий Некрасов осадил Саратов. Реальная угроза нависла над Азовом, Таганрогом и Азовским флотом. Петра особенно беспокоила ненадежность гарнизонов русских крепостей на юге. Ведь в них в тяжелых условиях служили и работали на укреплениях бывшие стрельцы и многие политические ссыльные. Падение Азова и Таганрога означало бы для Петра катастрофу. Это могло привести к выступлению Крыма и Турции против России. Все так неудачно совпало: 6 июля 1708 года булавинцы подступили к Азову, а через два дня, 8 июля, Карл XII разбил корпус Репнина под Головчиным. Но булавинцам не удалось взять Азов. Они попали под огонь с кораблей и из крепости и были вынуждены отступить. Седьмого июля часть казаков решила переметнуться к царю и, чтобы доказать свою верность, привезти с собой пленного Булавина. Однако в ночной стычке Булавин не дался им в руки. Он знал казачий обычай выдавать вождей-неудачников – и был убит.

Восстание пошло на убыль. Сопротивляться регулярным частям, снаряженным артиллерией, казакам было затруднительно. Князь Долгорукий свирепствовал в донских городках и станицах. По Дону поплыли плоты, уставленные виселицами. С Волги на Дон двигались отряды князя Хованского, выжигавшие все на своем пути. Отправляя пленных казаков с Дона в Астрахань, на казнь, один из сподвижников Петра писал царю о казачьих женах и детях, которые остались на пепелищах: о них беспокоиться не следует – «сами исчезнут», то есть их убьет голод и наступавший холод. Около двух тысяч казаков под командой Некрасова, с женами и детьми, бежали в Турцию, и только через два с половиной века их потомки вернулись на Родину.

Положение армии Карла XII на зимних квартирах в Украине было весьма тяжелым. Во-первых, зима 1708—1709 годов выдалась необыкновенно суровой, и много солдат гибло от холода. Во-вторых, Петр не давал шведам с комфортом разместиться в украинских селах – тактика выжженной земли оказывала свое действие. Наступающие шведские войска находили только пепелища или укрепленные городки, которые им приходилось брать с большими потерями. Армия Карла таяла на глазах. Мало помощи получили шведы и от Мазепы. Он обещал королю всеобщую поддержку казаков, бесчисленные запасы провианта и фуража, но ничего этого не было. В конце 1708 года Мазепа пытался вступить в переговоры с Петром и вымолить пощаду. В залог своей верности он обещал сдать русским пленного Карла. Петр, как опытный политик, от контактов с Мазепой не отказался, но переговоры по непонятным причинам прервались.

Весна 1709 года застала шведскую армию за осадой крепости Полтавы. Со взятием ее у шведов открывался путь на Харьков и Белгород, а также в Крым и в турецкий Очаков. Наконец, Карл надеялся здесь выманить Петра и сразиться с ним в чистом поле. Расчет короля оказался верен. Осада Полтавы сделала невозможным дальнейшее отступление русской армии. Петр не мог допустить сдачи Полтавы ни с точки зрения стратегии, ни по моральным соображениям. Комендант Полтавы А. С. Келин и его гарнизон геройски оборонялись 7 недель, и бросить их Петр считал недопустимым.