При крещении маврам было обещано в течение первых сорока лет не подвергать их преследованиям инквизиции на том основании, что они недостаточно хорошо усвоили начала христианской религии и их прегрешения могут объясняться не столько злой волей, сколько обыкновенным незнанием.

На деле, однако, освобождение морисков от инквизиции оказалось пустым звуком, и уже в 1507 году великий инквизитор выработал ряд инструкций в их отношении; при этом всякий должен был доносить инквизиторам об известных ему случаях тайного соблюдения мусульманских обрядов. С этого времени среди обвиняемых и предаваемых смертной казни и другим наказаниям преступников все чаще фигурируют крещеные мавры.

После подавления восстания в Гранаде там наступило затишье, и в течение свыше двадцати лет инквизиционный трибунал, который сюда был перенесен из Хаэна, ограничивался немногими жертвами. В 1532 году генерал-губернатор провинции маркиз Мондехар даже обратился к королю Карлу I (он же император Священной Римской империи Карл V) с просьбой ликвидировать трибунал из-за отсутствия для него поля деятельности. Супрема восприняла просьбу Мондехара с негодованием, трибунал сохранили, и, оправдывая свое существование, он энергично взялся за морисков. Таким образом, губернатор, сам того не желая, спровоцировал гонения на морисков. Денежные штрафы и конфискации налагались в основном за старые вины. Супрема заявила, что все виновные могут покаяться в своих грехах и тем самым избежать наказания, но исповедь должна быть сделана не на ухо священнику, как обычно, а в письменном виде и засвидетельствована нотариусом, то есть в будущем она могла быть предъявлена в суде. Мориски, поддерживаемые маркизом Мондехаром, обратились к Карлу с просьбой об общем прощении без необходимости предварительной исповеди, но в этом им было отказано. В 1543 году мориски пообещали внести в королевскую казну 27 000 дукатов, если только их освободят от необходимости каяться, но великий инквизитор отверг это предложение. Тогда ставки были подняты: в октябре того же года мориски посулили Карлу I 120000 дукатов, и эта сумма весьма понравилась королю. Великий инквизитор и Супрема, однако, продолжали стоять на своем. Между Карлом и инквизицией произошел спор, который давал морискам некоторую надежду, и в течение нескольких последующих лет они слали депутацию за депутацией то к генерал-губернатору Гранады, то к Карлу.

После отречения в 1556 году Карла от испанского трона мориски отправили депутацию уже к Филиппу II. Они жаловались, что из всех данных им обещаний ни одно не исполнено, и просили гарантий от конфискаций, открытого судопроизводства инквизиции и возможности для всех неосведомленных в религии обучаться догмам христианства. За это мориски предлагали единовременно предоставить на нужды инквизиции 100 000 дукатов и вносить по 3000 дукатов ежегодно. Супрема, однако, не только не дала на это своего согласия, но еще суровее стала преследовать морисков, в особенности с возобновлением в 1565 году старого закона о лишении феодалов права давать убежище бегущим от инквизиции. После этого началось расследование, не являются ли живущие на дворянских землях мориски или их предки беглыми еретиками; оно привело к многочисленным арестам. С 1 января 1567 года вступил в силу закон, запрещавший говорить, читать и писать по-арабски, все документы на арабском языке теряли силу, а мориски в течение трех лет обязаны были научиться испанской грамоте. Все арабские книги следовало выдать члену Супремы Педро де Десе, назначенному надзирать за морисками. Этим же законом запрещалась любая одежда, сшитая по арабской моде, — шелковая одежда должна была быть изношена в течение одного года, другие платья в течение двух лет; женщинам запрещалось носить покрывало на лице. Помолвки и свадьбы предписывалось совершать только согласно католическим обрядам; двери домов, где происходили свадебные, религиозные или иные церемонии, следовало держать открытыми. Не разрешались никакие арабские имена или прозвища. Все арабские бани, публичные и частные, приказано было уничтожить. И т.д.

Все это переполнило чашу терпения морисков, и в декабре 1568 года они восстали. В течение нескольких дней в их руки перешло 182 селения, причем почти везде они разрушили церкви, пытали и убивали христиан, а женщин захватывали для того, чтобы продать их как рабынь в Африку. Все это развязало руки властям. Вместо маркиза Мондехара, склонного к примирительной политике, Филипп назначил главнокомандующим своего побочного брата Хуана Австрийского, который дал солдатам полную свободу грабить и убивать. К солдатам присоединились низы общества, и началась вакханалия убийств и грабежей, заставившая морисков взяться за оружие теперь уже поголовно. Пламя мятежа охватило всю Гранаду. Безумная бойня, стоившая Испании неимоверного количества людей и денег, прекратилась только к началу 1571 года, когда у морисков иссякли силы к сопротивлению.

Тем не менее было ясно, что мориски хотя и сдались, но не покорились. Поэтому, по предложению Десы, решено было оторвать их от родных мест и расселить по всей Испании, не делая различия между виновными и невинными. Начали с квартала Альбаисин в Гранаде: мужчин заковывали в цепи, партиями запирали в тюрьмы, их женам давали время продать имущество (что по большей части не удавалось), а затем всех вместе, как стадо овец, гнали на север. От 7 до 8 тысяч человек было отправлено таким образом; многие по дороге умерли с голоду, немало погибло от рук стражников или было продано ими в рабство.

Затем наступила очередь других городов, причем любое сопротивление жестоко каралось. Даже местности, оставшиеся совершенно в стороне от восстания, не избежали общей участи и должны были выдать всех морисков для отправки в дальние провинции. Обыкновенно отправлялись партии в 1500 человек, которых сопровождали 200 пехотинцев и 20 кавалеристов.

Их земли и дома, если они только не принадлежали феодалам, поступали в собственность казны. На новых местах переселенцев рассеивали среди христиан; без королевского разрешения они не могли менять место жительства и даже, чтобы провести ночь вне своего дома, нуждались в разрешении местной администрации, которая в своих действиях руководствовалась особым законодательством о высланных морисках. Среди прочего в нем говорилось, что мориск старше шестнадцати лет, приблизившийся к Гранаде на расстояние менее десяти миль, подлежит смертной казни; мальчик от десяти с половиной лет и девочка старше девяти лет за это же преступление обращаются в рабов; дети моложе указанного возраста отдаются христианам на воспитание. Такие же наказания налагались за приближение к границам Валенсии, Арагона и Наварры с той лишь разницей, что смертная казнь заменялась пожизненной каторгой. Схваченный вне пределов отведенного ему жительства мориск наказывался ста ударами розог и четырьмя годами каторжных работ.

Но вскоре возникла новая проблема. В 1582 году в официальном докладе о положении переселенцев говорится, что число морисков неимоверно быстро растет к вреду коренного населения; рост этот объяснялся тем, что они не принимали участия в войнах и не вступали в духовное звание, с которым связан обет безбрачия. При таком положении, говорилось в докладе, мориски представляют угрозу, и даже высказывалось опасение, что через каких-нибудь двадцать лет коренное население может оказаться у них в порабощении. В 1587 году Мартин Сальватиера, епископ Сегорбе, жаловался, что некоторые мориски сумели стать сборщиками королевских податей и что уже встречаются среди них богачи; из его вопля, обращенного к королю, следовало, что, если не будет принято никаких мер, мориски скоро окажутся и многочисленнее, и богаче старых христиан. Подобные речи звучали все чаще: предлагалось отдать всех морисков во власть инквизиции и даже кастрировать всех мальчиков. Особенно ревностным в деле изобретения средств, как избавиться от морисков, был некий брат Бледа, который в своем сочинении «Defensio fidei» («В защиту веры») доказывал, что если хорошо постараться, то можно убить всех морисков в один день или ограничиться убийством всех взрослых мужчин, а остальных обратить в рабство. Бледа предпочитал убийство изгнанию как более верное и, по его мнению, благочестивое предприятие, которое послужит надежным средством для предупреждения появления новых еретиков любых мастей. Книга Бледы была одобрена испанским духовенством, напечатана за счет казны и одобрена папой Климентом VII. При таких обстоятельствах вопрос об изгнании морисков напрашивался сам собой, и неоднократно советники короля предлагали ему прибегнуть к этому средству. Филипп II, однако — вероятно, памятуя о гранадском восстании, — все откладывал и откладывал, тем более что дворянство, опасаясь лишиться рабочей силы, изгнанию морисков противилось.