Чтобы помочь офицерам и улучшить постановку дела, по соглашению между начальником гарнизона генералом Голицыным и прокурором суда общее наблюдение за розыском тел в районе Ганиной ямы было возложено на товарища прокурора Н. Магницкого. Последний, ознакомившись с положением, создавшимся у Шереметьевского, пригласил для выяснения технических причин неудовлетворительности откачки воды из шахты горного инженера Валериана Сергеевича Котенева, который сразу определил, что шахта через подземные расщелины все время питается водой из Ганиной ямы. Следовательно, чтобы обезводить шахту, надо выкачать воду из Ганиной ямы.

Работа оказалась значительно серьезнее, чем предполагали офицеры, но Котеневу удалось добыть на Верх-Исетском заводе паровую машину, привести ее в порядок, и 15 августа началась выкачка воды из Ганиной ямы и одновременно из шахты. Вода в шахте быстро пошла на убыль.

Напряженное, тревожное ожидание охватило всех офицеров; с каждым часом вода в шахте уходила все ниже и ниже, росло нетерпение, а с ним усиливалось нервное возбуждение от острого желания и вместе с тем ужаса стать лицом перед величием тайны мученической смерти.

19 августа открылось дно шахты – тел Августейшей Семьи в шахте не оказалось. Не было и в Ганиной яме.

Ил со дна шахты собрали, промыли и в нем нашли: человеческий отрезанный палец и два кусочка человеческой кожи; жемчужную серьгу Государыни Императрицы; верхнюю вставную челюсть доктора Боткина; еще кусочек жемчужины – по-видимому, от парной, но разбитой серьги Государыни; застежку для галстука; шанцевую лопатку и несколько мелких предметов, таких как пряжки, пуговки, крючки и т. п.

Удар для офицеров был страшный, все были уверены, что тела должны быть непременно в шахте. И вот их нет.

Тогда бросились искать всюду, где только указывалось разными слухами, мнениями, предположениями, досужими сведениями, не считаясь ни с какими другими обстоятельствами и данными обстановки. Это были просто уже метание из стороны в сторону, переброска от одного предположения к другому, вызванные скорее жаждой усиленной деятельности, желанием заглушить боль обманутого ожидания и бессилием в разрешении тайны. Были осмотрены и перерыты разные пункты: Мокрый луг, Березовая избушка, Старые шахты, Красная казарма и другие, называвшиеся другими случайными людьми; прошли облавами добровольцев и бойскаутов всю эту глухую, заброшенную местность, истоптали рудник вдоль и поперек – и ничего не нашли.

Тел членов Царской Семьи не оказалось нигде, хотя товарищ прокурора Магницкий, резюмируя работу, произведенную им с офицерами, чистосердечно признался, «что обследованная нами местность – не обследована, ибо если мне зададут вопрос, где царские трупы – я прямо скажу: я их не нашел, но они в урочище Четырех братьев»; на офицеров эта неудача произвела удручающее впечатление.

Дух упал, явилось сомнение.

Явилось сомнение, легче стали восприниматься разные версии.

Ошибались в версиях – теряли окончательно почву, недоверие возрастало до страшных размеров. Много времени спустя это недоверие еще продолжало чувствоваться. Были случаи, когда дело уже перешло в руки Соколова; вызовет он кого-либо из офицеров из числа тех, которые участвовали в расследовании или близко соприкасались с ним в Екатеринбурге – слышно, как перед дачей показаний они перешептываются между собой: «можно ли ему говорить все, что мы видели».

Неудача, постигшая офицеров в розыске по Царскому делу, породила неустойчивость в них мыслей, мнений. Явилась какая-то растерянность, разбитость, которую использовали те, кому было надо или выгодно затемнять дело, затруднять истине выйти наружу. Офицерство раскололось и стало на путь воспринимания различных версий, лишь бы выйти из того тупика неразгаданной тайны, куда привело их исчезновение тел Августейшей Семьи. Те, кто продолжал твердо верить в совершившееся злое дело, молчали, скрывались от разговоров и расспросов. Другие, не сознавая, ухватились за легенду, подсказанную Янкелем Свердловым: погиб Царь, а вся Семья пощажена и вывезена самими большевиками в надежное место. Третьи, вернувшись в отчаянии к германофильским симпатиям, носились с идеей спасения Царской Семьи немцами и даже называли людей, будто видевших того или другого из членов Царской Семьи в том или другом пункте того или другого иностранного государства.

Во всяком случае, непосредственное и исключительное участие строевого офицерства в самостоятельных розысках по Царскому делу кончилось почти одновременно с неудачей, постигшей их в урочище Ганиной ямы, и в дальнейшем строевой офицер ушел весь в свою прямую, боевую работу против тех, кто нанес ему новое национальное оскорбление в ночь с 16 на 17 июля 1918 года.

Одновременно с образованием офицерской комиссии полковника Шереховского начальник гарнизона генерал-майор Голицын приказал Екатеринбургскому военно-уголовному розыску приступить к обследованию вопроса об исчезновении из Ипатьевского дома Царской Семьи агентурным путем.

Военно-уголовный розыск был, в сущности, тем же военно-контрольным аппаратом, каковые установлены нормальной организацией армии при высших штабах и войсковых частях для борьбы со шпионажем в широком значении этого оружия войны. Но особые условия Гражданской войны и необходимость, кроме подвижных органов военного контроля, следующих при войсках, иметь и неподвижные аппараты такой работы в районах, очищавшихся от Красной армии и остававшихся в тылу войск, привели к созданию при военно-административных управлениях тыловых районов и в крупных центрах также военно-контрольных органов, но соответственно преобразованных и примененных к условиям гражданской борьбы. Эти органы, в отличие от военно-контрольных органов, состоявших при войсках армии, получили название военно-уголовных розысков.

Основные должности в военно-уголовных розысках заполнялись обыкновенно из состава чинов военных контролей штабов армий, корпусов и дивизий, а второстепенные и главным образом так называемые агентурные должности пополнялись преимущественно из местных жителей, благоприятно настроенных к нам, и обыкновенно из числа лиц, имевших по своей прежней службе или деятельности какое-либо отношение к различным полицейским, охранным и сыскным управлениям и учреждениям губернских и уездных органов Министерства внутренних дел.

Такая постановка организации военно-уголовных розысков имела свои положительные и отрицательные стороны: благодаря привлечению в свои ряды лиц местного происхождения военно-уголовные розыски получали почти всегда готовые агентурные сети на местах, что позволяло им довольно скоро и легко нападать на следы скрывавшихся различных местных советских деятелей и извлекать таковых из обслуживаемого района. Но зато эти органы восприняли полностью все отрицательные стороны былых полицейских и сыскных учреждений МВД с тем большим показателем, что лучших и опытнейших былых работников сыска и агентуры на местах уже почти не оставалось, так как они были или изъяты еще в период керенщины, а затем и при большевиках, или бежали куда-нибудь очень далеко от мест своей прежней деятельности. На месте в большинстве удерживался элемент низшего разряда.