Подводная лодка № 9 затонула 22 мая 1931 г. в Финском заливе в результате таранного удара от подлодки № 4[154]. Расследованием обстоятельств трагедии, повлекшей гибель 47 человек, занимался Особый отдел ОГПУ Морских сил Балтийского моря.

В результате проведенного расследования Особый отдел Морских сил Балтийского моря направил в Центр документы, в которых делались выводы: 1. Виновность в гибели подводной лодки № 9 целиком лежит на командовании подводной лодки № 4. 2. Команда подводной лодки № 9 геройски вела себя до конца. 3. Все возможные меры касательно спасения лодки приняты. 4. Нездоровых настроений во флоте в связи с катастрофой подводной лодки № 9 нет. 5. Следствие по делу ведется «в ударном порядке и будет закончено в ближайшие 2–3 дня». Виновными в гибели были признаны командир и штурман подводной лодки № 4[155].

Расследованием гибели подлодки «Металлист» занимался Особый отдел Черноморского флота совместно с прибывшими из Москвы сотрудниками центрального аппарата ОГПУ. 10 июня 1931 г. заместитель начальника Особого отдела Черноморского флота П.П. Паэгле передал записку по прямому проводу, в которой сообщил, что 10 июня 1931 г. в 7 час. 45 мин. подводная лодка была извлечена на поверхность. В результате этого было спасено три человека, а также извлечено 17 трупов, 9 человек не были найдены. Паэгле сделал предположение, что они, очевидно, спасаясь через рулевой люк, погибли, в том числе и командир лодки. По словам спасшихся, после столкновения командир лодки растерялся и не принял мер к организованному спасению лодки. Командование миноносца приняло все меры к избежанию столкновения, но предотвратить аварию было уже поздно. Он также сообщил о настроениях краснофлотцев подводного плавания, оценив его как «удовлетворительное» и подчеркнув, что 10 июня «четыре человека записались на сверхсрочную службу и десять — вступило в партию»[156].

В июле 1935 г., выполняя упражнения по учебно-боевой подготовке, погибла подводная лодка Б-3[157] Балтийского флота, протараненная линкором «Марат»[158]. В расследовании причин катастрофы приняли участие сотрудники Особого отдела Балтийского флота. 2 августа лодка Б-3 была поднята и к 5 часам утра отбуксирована в Кронштадт. Первыми на борт поднялись представители Особого отдела Балтийского флота. На следующий день в НКВД СССР была направлена докладная записка: «3 августа, после доставки подводной лодки в Кронштадт, было немедленно приступлено к осмотру материальной части ее и розыску корабельных документов. Розыск документов был сопряжен с необычайными трудностями, так как вся начинка лодки была разрушена, все оборудование кают поломано и смещено со своих мест, обломки труб, дерева и оборудования волной были сбиты в нос и корму корабля. Все успело покрыться слоем ила, мазута и масла. Между этих развалин удалось разыскать обрывки корабельных документов и восстановить по ним поведение лодки перед катастрофой»[159].

В ходе проведенного предварительного расследования была установлена вина каждого участника трагедии, в числе которых были командиры подводной лодки и линкора «Марат».

Следует отметить, что в центральных газетах было опубликовано сообщение ТАСС[160] следующего содержания: «25 июля с.г. в Финском заливе во время учения Балтийского флота, при выполнении сложного маневрирования, на подводную лодку Б-3, находившуюся в подводном положении, наскочил надводный корабль. Лодка затонула. На лодке находилось 55 человек команды и курсантов морских училищ. Люди все погибли. […] Правительство постановило выдать семьям всех погибших командиров и краснофлотцев по 10 тыс. руб. единовременно каждой и установить персональные пенсии. Приняты меры к подъему лодки. Похороны погибших будут произведены в Кронштадте с надлежащими воинскими почестями»[161].

Сотрудники Центрального аппарата НКВД СССР и Особого отдела Северного флота приняли участие в расследовании обстоятельств гибели в 1940 г. подводной лодки СФ Д-1[162] с экипажем из 55 человек.

Из спецсообщения 9-го отдела ОО НКВД СССР от 14 ноября 1940 г.: «13 ноября с.г. подлодка типа «Декабрист» (Д-1) Северного флота в районе Мотовского залива[163] проводила практические занятия, в задачу которых входило погружение с подныриванием.