Турецкие и татарские войска заняли Молдавию. Султан отторг от Молдавии значительную часть южной и центральной территории Прутско-Днестровского междуречья – Буджак и Тигинский цинут. Город Тигина с тянувшейся к нему округой были превращены в турецкую райю (так называлась територия, отнятая у вассального правителя и переданная в прямое подчинение турецкой администрации). Молдавское название города и цинута Тигина было заменено на турецкое название Бендеры. Там была сооружена мощная Бендерская крепость.

Утверждаемые султаном господари Молдавии и Валахии должны были держать страну в повиновении туркам и обеспечивать регулярную уплату дани (при Сулеймане она определялась в 30 тыс. золотых дукатов с каждого княжества), различных налогов и повинностей. Контингент молдавского войска после похода Сулеймана был ограничен 10 тыс. воинов, и княжество лишилось собственных крепостей, перешедших под контроль османских гарнизонов. Турки систематически укрепляли Килийскую, Белгородскую и Бендерскую крепости.

В 1538 году, когда основные турецкие силы были отвлечены в Молдавию, между Фердинандом и Запольяи был заключен Варадский мир, по условиям которого власть во всем государстве после смерти Запольяи должна была перейти к Фердинанду или его потомкам. Но перспектива объединения Венгрии под скипетром Габсбургов не устраивала Сулеймана Великолепного. Он не признал Варадского мира и в 1540 году возобновил военные действия против австрийцев и их венгерских союзников.

В 1540—1547 годах Сулейман Великолепный вел войну против Священной Римской империи в союзе с Французским королевством. Воспользовавшись тем, что основные силы императора Карла V были скованы военными действиями в Северной Италии и на восточной границе Франции, турки начали успешное наступление. Они вторглись в Западную Венгрию. В 1541 году турецкие войска в очередной раз взяли Буду, а все захваченные венгерские земли объявили частью Османской империи. Через два года в их руки перешел Эстергом. В сентябре 1543 года капитулировал гарнизон крепости Штульвейссенбург (Секешфехервар), получивший право свободного выхода вместе со всем имуществом. В 1543—1544 годах турки также заняли Печ, Фехервар, Вац, Ноград, Хатван и ряд других венгерских городов, но далеко не все из них смогли удержать.

Буда стала резиденцией наместника султана – паши, в руках которого была сосредоточена вся военная и административная власть. Позже на территории Венгрии было создано пять провинций – эялетов. Во главе их стояли назначаемые султаном бейлербеи, которые держали в своем подчинении всех военно-служилых людей, возглавляли феодальное ополчение и осуществляли на данной территории верховную военную и гражданскую власть. Правда, турецкое правление в Венгрии не отличалось стабильностью. За 145 лет турецкого владычества на посту паши (бейлербея) Буды сменилось 99 человек, многие из которых были казнены султанами либо за финансовые злоупотребления, либо за военные поражения.

Часть населения захваченной турками венгерской территории бежала на территорию габсбургской Венгрии или в Трансильванию. Многие крестьяне, спасаясь от турецких грабителей, бросали свои земли и переходили к полукочевому скотоводству, поскольку в этом качестве пользовались при турецком господстве большей свободой.

В июне 1547 года был подписан Адрианопольский мирный договор, подтвердивший раздел Венгрии между двумя империями. Западная и Северная Венгрия оставались под властью Габсбургов, а центральная часть становилась эялетом Османской империи. К Габсбургам по Адрианопольскому договору 1547 года отошли земли со смешанным венгерско-славянским населением, а к туркам – собственно венгерские и венгеро-румынские области. Вдова и сын князя Яноша Запольяи, правившие Трансильванским княжеством, куда входила Восточная Венгрия, признавались турецкими вассалами.

Капитаны турецких кораблей не были связаны Адрианопольским договором. Сулейман планировал новый поход в Азию и надеялся при помощи флота предотвратить возможные атаки имперских и испанских войск на Балканах.

Однако Адрианопольский мир стал фактически лишь коротким перемирием. В 1551 году началась новая война с Австрией. В 1552 году турки взяли Темешвар и крепость Веспрем, а также города Сечень, Дьярмат и крепость Дрегей. Небольшой гарнизон последней, возглавляемый Дьердем Сонди, героически сражался с превосходящими силами врага и погиб полностью, так и не сдав крепость. Затем турецкие войска заняли Сольнок и осадили город-крепость Эгер, защитники которого оказали османам поистине героическое сопротивление. Турки с их многочисленной артиллерией так и не смогли в ходе нескольких штурмов овладеть Эгером.

Эгер прикрывал пути к горнорудным районам Чехии и Словакии. Когда 9 сентября вокруг города сжалось кольцо осады 80-тысячной турецкой армии, в крепости находилось около 2,1 тыс. солдат. В течение 38 дней осажденные во главе с капитаном крепости Иштваном Добо без какой-либо помощи извне с беспримерной храбростью отражали ожесточенные приступы врага и производили смелые вылазки. Наравне с мужчинами крепость защищали женщины и дети. Они восстанавливали разрушенные стены, а во время штурмов опрокидывали на головы турок камни, горящую смолу и наравне с солдатами с оружием в руках встречали рвущихся на стены янычар. Турки вынуждены были снять осаду из-за начавшихся холодов и больших потерь. Поход на Вену был сорван, равно как и возможный поход в Чехию.

В 1570 году сын Яноша Запольяи, Януш II Запольяи, передал свою ничего не значившую для него корону королей Венгрии Габсбургам, оставшись князем Трансильвании, и год спустя умер.

Европейцы хорошо усвоили, что сильной стороной османов было их численное превосходство и лучшая индивидуальная подготовка бойцов. Поэтому они старались избегать рукопашных схваток, предпочитая, чтобы турки тратили время и силы на осады небольших крепостей. В полевых же сражениях турецкие войска старались остановить и уничтожить с помощью артиллерии и мушкетного огня. Вскоре после смерти Сулеймана эта тактика принесла свои плоды, и началось постепенное отвоевание у Османской империи ее владений в Венгрии и на Балканах.

Побеждать в Европе после битвы на Мохаче Сулейману мешали также объективные географические факторы: слишком растянутые коммуникации (до Стамбула было более 1000 км) и суровый по османским меркам климат Центральной Европы, не позволявший турецкой армии вести успешные боевые действия поздней осенью и весной.

Турецкая армия в походе не везла с собой продовольственные припасы и фураж, чтобы сохранить быстроту перемещения. Поэтому приходилось заготавливать фураж для лошадей и вьючных животных, а это невозможно было сделать в зимнее время и в уже разоренных местностях. Сулейман понял, что Центральная Европа ему не по зубам. Вена и лежащие за ней города оказались вне досягаемости султана.

Осознав, что на сухопутных фронтах в Европе он пока достиг пределов, до которых могла расширяться Османская империя, Сулейман Великолепный обратил свой взор на Средиземное море. Султан рассчитывал нанести решающие поражения европейским флотам. Это не только сулило богатую добычу за счет грабежа судов и прибрежных территорий, но и позволяло надеяться, что, побежденные на море, европейские государи будут более уступчивы и в определении турецких сухопутных границ.