На долю улуса Джагатая выпало гораздо больше неприятностей и беспокойств, чем на долю какой-либо другой части Монгольской империи.

Это случилось не только из-за того, что его окружали более могущественные и влиятельные соперники, но и из-за разительного контраста между оседлым мусульманским населением в западной части и кочевниками в остальных районах. Фактически его подстерегала та же нестабильность, что до него была характерной чертой государства хорезмшахов и каракиданей. На западе, в пустыне, находились бассейны рек Амударьи и Сырдарьи, хотя в нижнем течении они принадлежали улусу Джучи.

Там были такие великие города, как Бухара и Самарканд, выстроенные заново после разрушения. В восточной части, за исключением обработанных земель реки Или, Семиречья и оазиса в бассейне реки Тарим, раскинулись степи, подходящие для кочевого скотоводства. Орда Джагатая и его непосредственных преемников в течение года переезжала по плодородной долине Или в зависимости от сезона.

Джагатай отличался среди остальных монголов суровостью и непоколебимостью. Он был настроен резко против ислама, но покровительствовал христианству и буддизму.

Джагатай сместил Махмуда Ялавача, но назначил сына Махмуда, Масуд-бека, управляющим сельскохозяйственными землями Средней Азии от Уйгурии до Хорезма, каковые обязанности тот исполнял, несмотря на смену ханов, вплоть до 1289 г.

После смерти Джагатая правил его внук Кара Хулагу, пока великий хан не поставил вместо него Есу Мункэ, сына Джагатая. Но когда великим ханом стал Мункэ, он вновь поставил правителем этого улуса Кара Хулагу, потому что Есу Мункэ выступил против него на стороне сыновей Угэдея. В то же время великий хан сместил всех военачальников, которые были его врагами, и занял своими личными войсками всю территорию между Каракорумом и Бишбалыком.

Кара Хулагу умер, оставив улус без собственного хана. После смерти Мункэ Арик Богэ послал сюда другого внука Джагатая, Алгуя, чтобы тот занял улус для него. Алгуй взял руководство на себя, но не стал передавать улус Арику Богэ. Тогда Арик Богэ пошел на Алгуя войной, но не мог добиться победы, пока Алгуя не покинули его военачальники, а самому ему ничего не оставалось, как подчиниться Хубилаю.

Хубилай признал Алгуя ханом улуса Джагатая. Но его не признавали золотоордынский хан Берке и Кайду, большой враг Хубилая, располагавшийся на северо-востоке.

Алгуй умер в 1265 г., и его сменил Мубарак-шах, сын Кара Хулагу, принявший ислам.

Поскольку смена ханов произошла без ведома Хубилая, великий хан послал двоюродного брата Мубарака, Борака, чтобы тот сместил своего родственника. Бораку это удалось, но он сам без ведома Хубилая объявил себя ханом. Хубилай послал войско, которое было разбито. Тем временем Кайду, наследник Угэдея, захватил Семиречье. В 1269 г. Борак и Кайду договорились о том, что старшим правителем будет Кайду.

После этого Кайду стал вести себя в Средней Азии так, как будто он великий хан, по очереди сражаясь против Хубилая, ильханов и даже против Золотой Орды, тем самым усугубляя процесс раскола Монгольской империи.

Сын Кайду, Чапар, не мог удержать власти, и более авторитетным правителем стал Тува из рода Джагатая. После смерти Тувы власть захватил его сын Копек, хотя ханом назначили другого сына, Эсена Богэ. Правители из рода Джагатая вернули себе большую часть земель, захваченных Кайду, но авторитет Эсена Богэ пошатнулся из-за не очень удачных войн против Юань и ильханов, к которым перешел его наследник Ясавур. Следующим ханом стал Копек. Он и его преемники постепенно все больше интересовались своими мусульманскими владениями. Брат Копека, Тармаширин, принял ислам, и в 1334 г. его свергли восставшие монголы. Среди поздних правителей Дженкши и Есун Тимур более благосклонно относились к своим подданным-монголам и проживали в Алмалыке на реке Или. Они также хорошо приняли католических миссионеров. Есуна Тимура сменил ревностный мусульманин Али-Султан, преследовавший христиан. Ханами продолжали становиться представители рода Джагатая, несмотря на соперников из числа мусульман, тюрков и монголов, но их власть уменьшалась. После 1360 г. джагатайских ханов сверг Тимур, монгол не из рода Чингисхана, после чего началась история очередной великой империи. Но поскольку свои походы Тимур предпринимал в основном против Западной Азии и Индии и умер до того, как смог повернуть на восток для завоевания Китая, род Джагатаев в восточной части его империи некоторое время сохранялся.

Сменив своего отца, Джучи, в качестве кипчакского хана Бату унаследовал обширные владения, простиравшиеся от Арала до Восточной Европы. К моменту его смерти в результате всех военных походов западная граница проходила от устья Дуная на север через Карпаты до Холма (совр. Хелм в Польше) и Люблина, а затем на северо-восток до Финского залива и Ладожского озера. Неопределенная северная граница пролегала вдоль лесов, пока он не присоединил верховья Оби. Восточная граница шла на юг от Оби через Иртыш до низовий Амударьи и Сырдарьи. Южная граница шла от Амударьи на запад до берега Каспийского моря у залива Кара-Богаз-Гол, а от западного берега Каспия от Терека на юг и затем на север до Черного моря.

Не все эти территории подчинялись непосредственно хану. За линией от Нижнего Новгорода до точки к югу от Львова располагались владения русских князей; в северном Хорезме часто бывали свои управляющие, а Кавказ едва признавал его главенство. Некоторое влияние хан оказывал и на Болгарию.

Таким образом, улус Бату охватывал большую часть плодородных степей, столь желанных для кочевников, но, за исключением Хорезма и русских княжеств, в нем не было больших городов и обрабатываемых земель. В этом отношении он походил на улус Джагатая и отличался от империи Юань и государства ильханов. Среди кочевников было гораздо больше тюрков, чем монголов, и говорили они тоже, соответственно, на тюркском языке, хотя монгольский использовался для официальных целей, например для ханских «ярлыков». Впоследствии русские стали называть всех кочевников «татарами», поэтому многие авторы называют монголов в России «татарами». Кочевая орда Бату и его преемников располагалась в низовьях Волги, но постоянной столицей считался город Старый Сарай, или Сарай-Бату, на Волге, который сменил Новый Сарай, или Сарай-Берке, выше по течению. Эти города были построены татарами, управлялись ими и зависели исключительно от татар.

Азиатскими территориями управлял старший брат Бату, Орда, которому подчинялись другие братья, Шибан и Тоган Тэмур, а после – их наследники. О них мало что известно, за исключением тех моментов, когда они вмешивались в распри русских князей.

Итальянские торговые поселения в крымских Кафе (совр. Феодосия), Судаке и Керчи продолжали принадлежать генуэзцам и венецианцам. Им была предоставлена некоторая независимость в обмен на услуги. Итальянцы проживали также и в Сарае.

Среди русских княжеств Бату подчинил себе Смоленское, Черниговское, Северское, Переяславль-Новое, Муромское, Рязанское и Ростово-Суздальское на востоке; на западе Новгородское, Полоцкое, Волынское, Галицкое, Киевское и Пинское.