26 июля 1941 года нависла реальная угроза окружения войск одной из армий Южного фронта. Решением Военного совета фронта для предотвращения попыток противника осуществить свои планы был создан сводный отряд из подразделений 43-го резервного и 2-й комендатуры 23-го пограничных полков в количестве 1300 бойцов и командиров. При поддержке подразделений 15-й танковой дивизии отряд активными контратаками отбросил противника с исходного для наступления положения, 23 июля захватил населенный пункт Краснополка. Личный состав 2-й комендатуры в ночь с 23 на 24 июля овладел поселком Берестовец, а 25-го освободил от оккупантов Ивановку. Задача была выполнена, замкнуть кольцо окружения немцам на этот раз не удалось.

Подразделения войск НКВД неоднократно принимали участие в боевых действиях совместно с частями Красной Армии. Так, 3 сентября 1941 года 101-й особый пограничный полк без одного батальона вел ожесточенный бой с противником на подступах к населенному пункту Алакуртин с задачей обеспечить отход на новые рубежи частей Красной Армии. Один батальон полка выполнял задачу в тылу наступающего противника. Задача всеми батальонами была выполнена.

16-й пограничный полк 15–16 октября 1941 г. в районе населенных пунктов Черкасово, Николо-малица на подступах к г. Калинин осуществлял оперативно-боевые действия по очистке лесных массивов от просочившихся мелких групп противника, в последующем занял оборону на фланге 934-го стрелкового полка Красной Армии. Стрелковый полк без должного сопротивления оставил занимаемые позиции, противник вышел во фланг пограничному полку. С большими трудностями пограничникам удалось избежать окружения[99].

В начале осени 1941 г. в прифронтовой полосе ряда фронтов наметилась какая-то определенность в деятельности государственных органов власти, военного командования, исполнении законов военного времени. В этих условиях командованием ряда фронтов были сделаны попытки сформировать общие для всех правила выполнения задач по охране тыла. Так, в начале осени 1941 г. Военный совет Юго-Западного фронта представил Государственному Комитету Обороны СССР проект Положения об охране тыла действующей армии, определяющий первый за время войны свод правил организации служебно-боевой деятельности по охране тыла действующей армии. Документ предлагал осуществлять службу войсками НКВД путем:

а) выставления заградительных отрядов, застав и постов на определенных рубежах, армейских коммуникациях, у населенных пунктов, на мостах и переправах через реки и болота;

б) высылки пеших и конных дозоров для проверки населенных пунктов, дорог и участков местности;

в) проведения облав в населенных пунктах с привлечением к этим мероприятиям сил местных военных гарнизонов, органов НКВД и милиции;

г) прочесывания лесных массивов, кустарников и других участков местности, которые могут служить укрытием для дезертиров, шпионов и диверсантов[100].

Таким образом, несение службы по охране тыла предлагалось осуществлять сугубо войсковыми методами, без учета накопленного пограничниками опыта агентурно-разведывательных действий в охране границы. Проект Положения не был утвержден, но его отдельные положения нашли применение на практике. В частности, легли в основу решений, которые привели фактически к ликвидации кадров разведчиков в пограничных войсках. Имевшиеся в штатах пограничных частей разведывательные отделения оказались не у дел. Личный состав стал использоваться не по назначению, оперативники переводились на другие должности, передавались в состав Красной Армии. На основании приказа НКВД СССР от 25 сентября 1941 года разведывательные отделения были исключены из штатов[101]. Вместо штатных разведчиков в полках были введены должности заместителя начальника штаба, а в батальонах – заместителей командира по разведке, в обязанность которых входила организация войсковой разведки и участие в работе фильтрационных пунктов.

К началу осени 1941 г. сформировалась более или менее единая форма организации службы по охране тыла действующей армии. Распределение и закрепление частей войск НКВД по охране тыла фронтов стало осуществляться на основании приказов НКВД СССР. Назначение рубежей и участков для выполнения служебно-боевых задач личным составом осуществлялось фронтовым Управлением войск НКВД по охране тыла. К тому времени в войсках уже имелся опыт службы в условиях военного времени. Однако организация службы в каждой конкретной обстановке имела свои особенности, в значительной мере зависящие от решаемых фронтом задач и его положения на театре военных действий. Обобщить накопленный опыт, сформулировать единые формы и методы службы по войскам пока еще никому не удавалось.

Так, на центральном направлении в соответствии с решением Государственного комитета обороны приказом НКВД СССР от 13 октября 1941 г. был создан штаб войск НКВД по охране тыла Московской зоны обороны, который формулировал свое понимание служебной деятельности исходя из реальной обстановки. К выполнению задач службы были привлечены шесть батальонов от 11-й и пять от 12-й дивизий войск НКВД по охране особо важных предприятий промышленности, части и подразделения Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения (ОМСДОН), специально созданной для этого 2-й ОМСДОН, части и подразделения 36-й конвойной дивизии НКВД. Помимо обязанностей по несению службы войскового заграждения перед личным составом ставилась задача оборонять занимаемые рубежи на случай появления противника. Охрана железных дорог, станционных и иных объектов в МЗО была усилена подразделениями от 19-й дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений. Московская зона обороны подразделялась на 5 отдельных секторов, в каждом из которых службу войскового заграждения осуществляли по два батальона. ОМСДОН– 2 и часть сил ОМСДОН выполняли задачи по поддержанию общественного порядка и государственной безопасности непосредственно в Москве, усиленный резерв ОМСДОН находился в постоянной боевой готовности на случай высадки десантов противника. Соединение частью сил осуществляло, кроме того, службу по охране правительственной линии связи ВЧ на участках Московской зоны обороны.

Постановлением Государственного комитета обороны от 20 октября 1941 года в Москве и прилегающих районах было введено осадное положение. Перед войсками НКВД и милицией была поставлена задача поддерживать в зоне осадного положения строжайший общественный порядок. При этом войсковые и милицейские наряды наделялись особыми полномочиями: «Нарушителей порядка немедля привлекать к ответственности с передачей суду военного трибунала, а провокаторов, шпионов и прочих агентов врага, призывающих к нарушению порядка, расстреливать на месте»[102].