Министр торговли и промышленности князь В. Н. Шаховской докладывал Императору и Императрице о переписке М. В. Алексеева с А. И. Гучковым и М. В. Родзянко. Эта переписка, по словам князя В. Н. Шаховского, привела Алексеева к политической деятельности.

С. П. Белецкий на допросе следственной комиссии Временного правительства говорил, что «Штюрмер и Протопопов боялись влияний Алексеева, а через Алексеева А. И. Гучкова, с которым он был в хороших отношениях».

Назначение М. В. Алексеева на должность начальника штаба Императора Николая II состоялось в том числе по рекомендации единомышленника А. И. Гучкова генерала А. А. Поливанова. 16 августа 1915 г. Поливанов писал царю «о необходимости безотлагательно приблизить генерала Алексеева к верховному главнокомандующему».

Активное вовлечение Алексеева в деятельность против царя началось с отставкой С. Д. Сазонова и назначением сначала на должность министра иностранных дел, а потом и главы правительства Б. В. Штюрмера. Это назначение ломало планы оппозиции, которые находили отклик в душе М. В. Алексеева.

С зимы 1916 г. А. И. Гучков поддерживал генерала Алексеева в его кампании против Б. В. Штюрмера. Алексеев активно содействовал «шпионскому» делу вокруг людей, по тем или причинам сотрудничавшим с Штюрмером: И. Я. Гурлянда, Д. Л. Рубинштейна, И. Ф. Манасевича-Мануйлова. По согласованию с Алексеевым вышеназванные лица были арестованы генералом контрразведки Н. С. Батюшиным. За арестами кроме Алексеева стоял и Гучков.

С помощью интриг Алексеев всячески способствовал падению престижа Государя в глазах главнокомандующих фронтами. Император Николай II решил отправить на покой главнокомандующего армиями Юго-Западного фронта генерала Н. И. Иванова. Сам Иванов уже неоднократно жаловался на своё здоровье и усталость. Николай II посоветовался с генералом Алексеевым, и тот высказался в пользу отставки генерала.

17 марта 1916 г. эта отставка состоялась. 31 марта М. В. Алексеев при встрече с Н. И. Ивановым сказал ему, что тот уволен вследствие большой интриги из Петрограда, «по приказанию Государя, Распутина и Вырубовой». Дезинформированный Алексеевым недалёкий Иванов, которого Государь оставил при Ставке в качестве своего генерал-адъютанта, затаил неприязнь к Николаю II. Нет сомнений, что эта неприязнь сыграла не последнюю роль в неудаче «бумажного» похода Иванова на Петроград 27 февраля — 2 марта 1917 г.

Пока Гучков «обрабатывал» М. В. Алексеева, другой лидер оппозиции М. И. Терещенко активно склонял на свою сторону генерала А. А. Брусилова.

В этот же период стали регулярными встречи князя Г. Е. Львова с М. В. Алексеевым, на которых обсуждалась возможность ареста царя в Ставке. Тогда же этими же лицами планировался арест императрицы Александры Фёдоровны, её ссылка в Крым и принуждение царя «согласиться на министерство „доверия“ во главе со Львовым».

В ноябре 1916 г. М. В. Алексеев передал доверенному лицу Г. Е. Львова, что «всё, о чем он просил, будет выполнено».

А. Ф. Керенский демонстрирует в своих воспоминаниях поразительную осведомлённость в том, что касается планов Львова и Алексеева. Вполне возможно, Керенский знал об этих планах из своего источника в Ставке, военного цензора штабс-капитана М. К. Лемке. По сведениям русского контрразведчика генерал-майора Н. С. Батюшина, бывший эсер, историк и журналист М. К. Лемке попал в Ставку «благодаря своему очень давнему знакомству с генерал-квартирмейстером при верховном главнокомандующем генералом Пустовойтенко».

М. К. Лемке писал, что «около Алексеева есть несколько человек, которые исполняют каждое его приказание», в том числе и арест государя в Могилёвском дворце.

15 июня 1916 г. генерал М. В. Алексеев подал Николаю II секретную докладную записку. В ней генерал предлагал для организации деятельности в тылу ввести должность верховного министра государственной обороны, наделив его чрезвычайными полномочиями. «Лицу этому, — писал М. В. Алексеев, — облечённому высоким доверием вашего императорского величества и полнотой чрезвычайной власти, необходимо представить: объединять, развивать и направлять единой волей деятельность всех министров, государственных и общественных учреждений, находящихся вне пределов театра военных действий».

В свете февральских событий 1917 г. идея начальника штаба о введении военной диктатуры в тылу видится как возможный этап переворота. Став «диктатором», М. В. Алексеев гораздо бы облегчил осуществление парламентаристских планов оппозиции. Идея Алексеева о «диктатуре» солидаризировалась с планами другого кандидата в «диктаторы», начальника ГАУ генерала А. А. Маниковского, который объяснял затруднения в обеспечении армии боевыми припасами и расстройство железнодорожного транспорта отсутствием в тылу «единой твёрдой власти». Похоже, что у идей М. В. Алексеева и А. А. Маниковского были одни те же соавторы из Прогрессивного блока. Его представители Г. Е. Львов и А. И. Коновалов в июне 1915 г. предлагали создать Комитет государственной обороны, глава которого был бы наделён чрезвычайными правами и

был бы ответственен только перед императором. В комитет кроме министров должны были войти представители общественности и законодательных палат. Так как Алексеев не ограничивал «диктатора» только лицами из военной среды, то в подобной роли мог оказаться тот же Г. Е. Львов. Таким образом, Прогрессивный блок при помощи военной верхушки пытался проникнуть во власть.

Несмотря на то что 28 июня на совещании совета министров в Ставке под председательством царя идея М. В. Алексеева о «диктатуре» была отвергнута, Алексеев не прекратил свои контакты с оппозицией.

Вполне вероятны контакты М. В. Алексеева с А. Ф. Керенским через доверенное лицо последнего, подполковника В. Л. Барановского, который являлся штаб-офицером Ставки и одновременно зятем Керенского.

18 сентября 1916 г. императрице Александре Фёдоровне стало известно о переписке между М. В. Алексеевым и А. И. Гучковым, о чём она написала царю в Ставку.

Император Николай II вызвал к себе Алексеева и спросил его: переписывается ли он с Гучковым? Алексеев ответил отрицательно. Но Гучков сам предал огласке своё письмо Алексееву, не спрашивая его согласия, чем поставил Алексеева в очень неудобное положение.

Б. Локкарт в своём донесении в Лондон от 21 декабря 1916 г. передаёт слова Алексеева о Николае II в пересказе Г. Е. Львова: «Император не изменится. Нам надо менять императора».

11 ноября 1916 г. Алексеев уехал на лечение в Крым. По официальным данным, у Алексеева обострилась давняя почечная болезнь. По иным данным, «болезнь» Алексеева имела политическое происхождение и была вызвана всплывшей его перепиской с Гучковым.

В конце 1916 г. заговорщикам активно помогал фактический заместитель генерала Алексеева генерал от кавалерии В. И. Ромейко-Гурко, который, по словам Гучкова, «был настолько осведомлён (о заговоре), что делался косвенным участником».

Гурко был тесно связан с думской оппозицией, благодаря давнему знакомству с А. И. Гучковым и связям своего брата камергера Вл. И. Гурко, члена одновременно Государственного совета и Прогрессивного блока. По совместной договорённости с Алексеевым, Гучковым и своим братом генерал В. И. Гурко в конце 1916 г. несколько раз пытался вести с царём разговоры на политические темы, рассуждая о необходимости удаления Г. Е. Распутина и ратуя за введение ответственного министерства. Однако всякий раз В. И. Гурко получал мягкий, но твёрдый отпор императора. В декабре 1916 г. Николай II приказал В. Н. Воейкову указать В. И. Гурко «по поводу проявления им слишком большого интереса к делам внутренним». Царь при этом добавил, что «делает это Гурко под влиянием Гучкова». Однако Гурко не стал выслушивать Воейкова под предлогом сильной занятости.